4国库会计制度对外约束力不强。为加强国库会计管理和正确履行职责，人民银行相继制定了《中国人民银行会计核算操作规程》、《国库与财政、征收机关对账办法》、《国库会计核算管理与操作的规定》、《国库会计管理规定（试行）》、《国库会计管理规定》等规章制度，但这些规章制度在执行过程中，对外难以具有约束力。以某地海关办理退库业务为例，《国库会计管理规定（试行）》第四十八条（三）款规定，“办理预算收入退库，经财政或征收机关审批批准后填制收入退还书，送国库审核办理”。也就是说退库凭证要由财政或征收机关送国库办理，由于此规定为国库内部规定，海关不予执行，直到财政部、人民银行、海关总署联合下发《关于海关征收的纳税义务人多缴纳税款及应付利息办理退库的通知》后，某地海关退库业务才由海关部门自己送达国库办理。
5业务创新受到制度约束。随着国库电子化建设进程的加快，信息技术已在国库会计核算中广泛应用，但受到原有制度的制约，信息资源不能得到充分利用。2007年，财政部、国家税务总局、中国人民银行联合发布了，关于印发《财税库银税收收入电子缴库横向联网管理暂行办法》。2014年，全国横向联网电子缴税业务量达到2.48亿笔，电子缴税金额达到8.5万亿元。财税关库银横向联网信息系统已运行数年，可以说海关税收已具备电子信息和入库清单取代纸质凭证的客观条件，但实际操作中，仍未能取消海关税收缴款书。而且，由于TIPS全国横向联网系统未将海关业务纳入其中，人民银行与海关总署未联合制定关于海关电子化缴款方面的制度规定，沿用纸质凭证暴露出的缴款书传递环节烦琐，易影响海关税款及时入库等问题无法解决。
（二）基层国库监管实际操作中遇到的困难
1思想上存在误区。思想上没有充分认识到全面发挥国库监管职能，对促进税款准确、及时入库，库款支拨及时到位，提高国库资金的使用效率，却不过看资金安全的重要意义，制约了国库监管职能作用的发挥。
2从业人员的数量和素质，与工作要求存在一定差距。国库监管范围的扩大和职能的增强，对国库从业人员的数量和素质提出了更高的要求。但多年来，国库部门复合型管理人才缺乏，导致监管工作难以有效开展。基层国库重国库业务管理，轻人员思想管理的情况比较普遍，具体表现为：会计核算人员风险和责任意识薄弱；随着国库业务处理电子化水平的显著提高，基层国库人员现有的知识结构和理论水平，以及对特殊业务的账务处理能力均有所欠缺。
3业务风险难防范。一是预算收入退库风险。《国库会计管理规定》明确规定：退库必须要按照国家规定退还给原缴款单位或个人。任何部门、单位或个人不得截留、挪用退库款项。然而，在实际操作过程中，国库部门将款项提出后，对所退库款是否到位，是否退还给申请单位难以追踪。二是凭证传递、使用和管理风险。随着国库职能的不断强化，国库资金结算呈现出多样化发展，国库直接处于资金清算第一线。但是预算拨款书、退库凭证作为财政、税务部门在人民银行国库部门支付库款的重要凭证，其管理方式却一直没有发生改变，即没有列入重要空白凭证管理，也未规定其使用期限，财政、税务部门在填制预算拨款书、退库凭证时，只是在付款联加盖国库预留印鉴，其他联没有任何印章，因此拨款书、退库凭证的收款联和收款通知，在传递过程中很容易被替换，存在潜在风险。
四、加强和改进国库监管工作的建议
随着人民银行不断加强金融服务的要求，要充分发挥国库在经济社会发展中的重要作用。
（一）完善国库管理制度，加强国库制度的可行性
一是进一步修订《国家金库条例》。随着财政、金融体制改革的不断深化，以及国库职能多元化发展，国库的职能不仅体现在核算、监管上，也体现在国库金融服务上。《国家金库条例>及其实施细则的部分内容，已经不适应当前财税和金融体制改革不断深化而带动的国库管理的发展，需要根据目前国库发展的情况以及今后国库的发展规划，对其进行相应的修订和完善，使其适应国库长期发展的要求。首先，界定国库管理的体制和职责。体制的确立和职责的划分有利于国库部门履职能力的发挥，国库的属性和功能、国库管理体制、国库的运行模式、国库基本权利与职责的重新界定有利于国库管理水平和服务质量的提高。其次，建立系统完善的实施细则与配套制度。在修订《国家金库条例》的基础上，制定与其配套的实施细则或条例以及国库会计管理、国库监督管理、国库统计分析等方面的规章制度，以保证国家财税政策和国库管理制度在不同部门间协调执行。