光了阿根廷的外汇储备，在埃娃死后，庇隆的政策被迫大幅度右转，以寻求美国和欧洲资金的支持。根据1953年8月21日通过的一项法律，外国资本被允许将利润汇至国外。庇隆引进国际资本的作法，并没有缓解阿根廷的经济危机，通货膨胀日益加剧，庇隆拒绝了劳动人民要求提高工资的要求，相反，他要求工人为国家做出牺牲，以更顽强的劳动来提高阿根廷的生产力。
在工人和农民中间，对庇隆政府的不满开始潜滋暗长，而庇隆与天主教会的关系也逐渐趋于恶化，教会对于埃娃•庇隆长期包办慈善基金的作法非常讨厌，而庇隆以“政教分离”的挑衅性口号作为回应，这就导致了庇隆主义与教会长期合作的终结。1955年6月11日，一些教会分子偷偷攀上阿根廷国会大厦，撕碎了国旗，改悬梵蒂冈的旗帜。针对这一闹剧事件，庇隆展开反击，逮捕了两位天主教大主教，梵蒂冈的报复则是剥夺了庇隆的教籍。
6月16日，阿根廷海军司令奥利维埃里发动叛乱，下令出动飞机轰炸总统府玫瑰宫，而已完全倒向美国的庇隆却从美国大使那里得到了消息，调动忠于自己的军队平息了叛乱。然而，随着时间的推移，阿根廷的陆军、海军和空军高级将领逐渐达成一致意见，即解决阿根廷目前所面临的危机，只有彻底推翻庇隆的政权。9月，阿根廷陆军少将埃尔瓦多－洛纳尔迪在科尔多瓦城发动叛乱，海军在巡洋舰则在拉普拉塔河上予以支援，炮口直指首都布宜诺艾利斯，空军也表示站在叛军一方，而此前不久，庇隆在军方的压力下，解散了阿根廷劳工联合会的武装，埃斯佩霍也被解职，庇隆分子失去了最后一支能够遏
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制军队的力量。
大势已去，庇隆审时度势，决定激流勇退，他将权力移交给洛纳尔迪，自己前往巴拉圭申请避难，后经巴拿马辗转到西班牙定居。根据阿根廷新政府的调查，庇隆分子执政期间，大量侵呑国家财产，致使经济崩溃的真相终于暴露，在庇隆上台之前，阿根廷黄金和美元储备总数在达16.8亿美元，而在他被赶下台时，这个数字已经只剩4.5亿美元了。
流亡期间，庇隆在巴拿马结识了他的第三任妻子玛丽亚－埃斯特拉－马丁内斯，后者是一个三流演员，1961年，二人经庇隆秘书何塞－洛佩斯－雷加的撮合，在西班牙结婚。这一时期，庇隆并未放弃回国重新掌权的希望，阿根廷的经济仍没有好转，军人政府不停地更替，洛纳尔迪执政不到两个月就被阿兰布鲁将军取代，人民对现实越加不满，这些都对庇隆分子有利。
1973年3月，庇隆发表了《告阿根廷人民书》，要求国内各种政治力量同心协力，改变目前阿根廷最低层居民的贫苦情况。同年7月13日，已经先期当选总统的庇隆分子坎波拉宣布辞去职务，以便为庇隆出山制造舆论。9月23日，阿根廷举行全国大选，庇隆获得700多万张选票，大获全胜，再次成为阿根廷总统，他的夫人马丁内斯成为副总统。
新一届庇隆政府在政治上变得温和，强调“先恢复、后解放”，庇隆“再也不像过去那样是一个革新者了！”来自其他党派的一些头面人物也在政府中得到了职务，激进分子不再受欢迎，主张建立民兵
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的正义党激进派领导人加利内蒂被撤职，以免触怒军方，马丁内斯还极力与阿根廷三军司令的夫人搞好关系，庇隆本人也亲口称颂三军司令是“伟大的爱国者”。
这一时期，庇隆的调和主义色彩更加浓厚，庇隆主义党内部也分化为激进派和正统派，斗争十分激烈，恐怖、暗杀和暴力司空见惯，庇隆也逐渐失去了控制。1973年以来，庇隆的身体状况越来越差，在他患病期间，马丁内斯曾三次代理总统职务，这助长了她的野心。
显然，庇隆是有意识地把妻子推到第一线，让她得到历练，以便将来顺利接班，但是，马丁内斯没有埃娃在群众中间的威望，也缺乏组织能力。1974年6月17日，庇隆因患流行性感冒，引起心脏病复发，马丁内斯代行总统职权。7月1日，庇隆去世，马丁内斯如愿以偿，成为阿根廷的新总统，她任命亲信－原庇隆秘书雷加为总统秘书。
此后的21个月，马丁内斯统治着阿根廷，但她缺乏治理国家的能力，阿根廷的局势急转直下，经济空前恶化，通货膨胀达到400%，这在全世界也是少见的，庇隆主义党内部也出现分裂，而马丁内斯并没有能力控制。1976年3月24日，阿根廷陆军司令魏地拉发动了政变，逮捕了马丁内斯，宣布接管政权，由陆海空军组成军人执政委员会，魏地拉出任总统，至此，庇隆主义在阿根廷的统治彻底结束了。1981年，马丁内斯被军政府判决犯贪污罪，由于庇隆分子的努力，同年夏天她获释，马丁内斯解脱了5年的牢狱之苦，来到西班牙定居。
庇隆夫妇从历史的舞台上消失了，但庇隆主义的影响仍然困扰着今天的阿根廷，庇隆的一生难以盖棺定论，他兼有将军、政治家、工
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运领袖三种身分，信奉弱肉强食的政治理论，1956年，他在巴拿马流亡期间，就写下了《武力是弱肉强食的权力》一书。庇隆主义的思想精髓是哲学上的平衡主义，对此，马丁内斯曾经作过如下阐述：
我们正义主义学说的最基本原则，是与各种对抗的力量保持等距离，而处于理想的协调状态，可以通过抑制两个极端达到两者之间正确的平衡点，我们把这个叫做正义主义的第三立场，它可用来解决当今世界上的政治、社会和经济问题。
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