全基因组水平(6.7﹪)。靶基因多定位于细胞核和细胞壁，与能量储存、糖代谢、脂肪酸氧化、小分子转运、光合作用以及细胞壁合成相关。与已有基因表达数据相比，发现HY5主要结合在早期光诱导基因上，且其结合在光照早期主要诱导转录因子表达，光照晚期则主要抑制转录因子表达。已知HY5与AtMYB12均能促进查尔酮合酶表达，分析表明HY5在AtMYB12启动子区也具有很强的结合信号，推测HY5可能存在一种尚未发现的调控模式，即在光形态建成早期激活某些转录因子，然后与它们一起参与下游基因的表达调控。该发现为下一步生物学实验研究提供了方向。 对第二类数据分析发现，拟南芥中H3K9Me2修饰主要集中在异染色质区和转座子上，与基因表达水平无相关性；H3K9Ac修饰则主要发生在常染色质区基因5'端附近区域，与基因表达水平成正相关。黑暗条件下转座子中H3K9Me2修饰水平降低、H3K9Ac修饰水平升高，表明其活性可能较光照条件下高，该结果已经得到生物学实验初步验证。水稻异染色质区DNA甲基化修饰水平高于常染色质区，且修饰水平与基因表达水平成负相关；常染色质中基因5'端附近区域H3K4Me2和H3K4Me3修饰程度较高，并均与基因表达水平成正相关，但与H3K4Me2相比，H3K4Me3更加集中在基因5'端区域，与基因表达水平相关性也更大。组蛋白修饰与DNA甲基化不仅具有组织特异性、在光暗不同条件下也存在差异。 对上述两类数据的分析为进一步探索光形态建成中重要转录因子HY5对下游基因的调控机制、揭示光形态建成中表观遗传调节所起的作用提供了重要信息。同时通过对这两种数据的综合分析，发现一些仅有转录因子结合或5'端发生H3K9Ac修饰并不能激活基因表达的实例。表明同时利用转录调控和表观遗传调控两种结果进行生物信息学研究，可进一步探索高等植物基因表达调控机制。
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下载时间：2009年10月7日