144 生物化学与生物物理进展Prog.Biochem.Biophys.2009;36(2)
岛边界序列通过绐合特定转录因子使CpG岛不易被甲基化的机制假说也有了更多的证据.同时,研究疾病特别是癌症中DNA甲基化静特点和撬律、发现与特定癌症楣关的甲摹纯生物标记(biomarker),成为DNA甲基化研究中新的热点问题.
本文综述了目前关于人的DNA甲基化研究中生物信息学研究酶竣新进展。首先介绍了DNA甲基化的高通量检测方法和相关数据库,然后重点综述了DNA甲基化的预测研究和CpG岛不易被甲基化的桃制探索,紧接着麓篓阐述了DNA瞪基化同癌瘫以及其他表观遗传学现象之闻的关系,最后一部分是作者基于DNA甲基化的T作体会对于今后研究方向的展望。
1
括三大类:a.亚硫酸氧钠(sodiumbisulfite)法,亚硫酸氢钠把非甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶,而保持甲基化的胞噻睫不变,以此实现两类的分离,此方法因其准确率商碡i被誉为裣测DNA甲基亿的“金方法”;b.限制性内切酶(restrictionenzyme)法,限制性内切酶町以切割J#甲基化的位点,而甲基化以磊静识溺位点将被攥留;e.剩用特定抗体砖甲基化的胞嘧啶进行免疫沉淀反应(immunoprecipitation).这三种方法的丰要特点见表1.前期处理实现了甲基化和棼甲基化的胞豫啶分离以后,可以对分离出的甲基化DNA片+段进行基冈芯片杂交或者大规模深度测序,实现高通精的检测(图1).以上两个步骤的不同组合产牛了多种赢运量的蜜验检溺技术,磐耍硫酸氯镪+溺穿黔is]、亚硫睃氰钠+芯片技术(19,201、酶切+芯片技术【2lJ、甲基化抗体十芯片技术俐等.目前很多实验室利用以上技术对不月组织t|t的DNA甲恭化状态进行了检测,具体情况觅表2.
DNA甲基化的高通量实验检测方法
DNA甲基化的检测大体分为两个步骤:a.待
检测榉品的前期处理;b。目标序列的定位釉甲基化状态的量化。待检测样t谲酶前期处理方法上要包
Table1
Thecharacteristicsofdifferent
pretreatmentmethodsindetectiontechniquesforDNAmeth),lation
袭1DNA甲基纯实验检测鼓零各静羲期懿遴方法兹特纛
Fig.1
Sketchofthehigh—throughputdetectiontechniquesforDNAmethylation
图1高通量检测DNA甲基化技术的示意图