２００９；３６（动
凡时财等：ＤＮＡ甲基化的生物信息学研究进展 １４９
２５
ＣａｒｒＩ
Ｍ，Ｖａｌｌｅｌｅｙ
Ｅ
Ｍ，ＣｏｒｄａｒｙＳＦ，ｅｔⅡｆ．Ｓｅｑｕ∞ｃｅａｎａｌｙｓｉｓａｎｄ
ｅｄｉｔｉｎｇｆｏｒ
ｂｉｓｕｌｐｈｉｔｅｇｅｎｏｍｉｃｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇｐｒｏｊｅｃｔｓ．ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓ
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Ｇｒｕｎａｕ
Ｃ，Ｒｅｎａｕｌｔ
Ｅ，Ｒｏｓｅｎｔｈａｌ
Ａ，ｅｔ
ｄ．ＭｅｍＤＢ—ａ
ｐｕｂｌｉｃ
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ＤＮＡ
ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎｄａｔａ．Ｎｕｃｌｅｉｃ
Ａｃｉｄｓ
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Ｈｅ）（，ＣｈａｎｇＳ，ＺｈａｎｇＪ，ｅｔ
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ＤＮＡ
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Ｏｎｇｅｎａｅｒｔ
Ｍ，ＶａｎＮｅｓｔｅＬ＇ＤｅＭｅｙｅｒ
Ｔ，ｅｔ
ａ１．ＰｕｂＭｅｔｈ：ａｃａｎｃｅｒ
ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎｄａｔａｂａｓｅｃｏｍｂｉｎｉｎｇ
ｔｅｘｔ－ｍｉｎｉｎｇａｎｄｅｘｐｅｒｔａｎｎｏｔａｔｉｏｎ．
ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓ，２００８，３６（Ｄａｔａｂａｓｅｉｓｓｕｅ）：Ｄ８４２～８４６
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Ｌａｕｓｓ
Ｍ，ＶｉｓｎｅＩ，ＷｅｉｎｈａｅｎｓｅｌＡ＇ｅｔａ１．ＭｅｔｈＣａｌｌｃｅｒＤＢ——
ａｂｅｒｒａｎｔＤＮＡｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎｉｎｈｕｍａｎｃａｎｃｅｒ．Ｂｒ
Ｊ
Ｃａｎｃｅｒ，２００８，９８
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Ｂｈａｓｉｎ
Ｍ，ＺｈａｎｇＨ，Ｒｅｉｎｈｏｒｚ
ＥＬ＇ｅｔ
ａ１．Ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ
ｏｆ
ｍｅｔｈｙｌａｔｅｄ
ＣｐＣ－ｓｉｎ
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Ｗ，ＧｒｕｎａｕＣ．Ａｎ
ｉｍｐｍｖｅｄｖｅｒｓｉｏｎ
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Ｄａｓ
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Ｚ，ｅｔ
ｄｆ．Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ
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Ｆａｎｇ
Ｆ，ＦａｎＳ，ＺｈａｎｇＸ
ｅｔ
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ＦｅｌｔｕｓＦ
Ａ，ＬｅｅＥ
Ｋ
ＣｏｓｔｅｌｌｏＪ
Ｆ，ｅｔ以．ＰｒｅｄｉｃｔｉｎｇａｂｅｒｒａｎｔＣｐＧｉｓｌａｎｄ
ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ．Ｐｒｏｃ
Ｎａｔｌ
Ａｃａｄ
Ｓｃｉ
ＵＳＡ，２００３，１００（２１）：
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ＢｏｃｋＣ，Ｐａｕｌｓｅｎ
Ｍ，Ｔｉｅｒｌｉｎｇ
Ｓ，ｅｔ
ｃｄ．ＣｐＧ
ｉｓｌａｎｄｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎｉｎ
ｈｕｍａｎ
ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ
ｉｓ
ｈｉｇｈｌｙ
ｃｏｒｒｅｌａｔｅｄ、】ｌｒｉｔｈ
ＤＮＡ
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ｂｙ
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Ｘ．Ｈｉｓｔｏｎｅ
ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎｍａｒｋｓ
ｐｌａｙ
ｉｍｐｏｒｔａｎｔ
ｒｏｌｅｓｉｎ
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ＴＩＣ．ｅｔ以．ＤＮＡ
ｂｉｎｄｉｎｇ
ｓｉｔｅｓ
ｆｏｒ
ｐｕｔａｔｉｖｅ
ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎｂｏｕｎｄａｒｉｅｓ
ｉｎｔｈｅ
ｕｎｍｅｔｈｙｌａｔｅｄｒｅｇｉ叫
ｏｆｔｈｅＢＲＣＡｌｐｒｏｍｏｔｅｒ．ｈａｔＪ
Ｃａｎｃｅｒ，２００４，１１１（５）：６６９～６７８
４ｔ
Ｔｕｒｋｅｒ
Ｍ
Ｓ．
皿ｅｅｓｔａｂｌｉｓｈｍｅｎｔａｎｄｍａｉｎｔｅｎａｎｃｅ
ｏｆ
ＤＮＡ
ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎｐａｔｔｅｒｎｓｉｎｍｏｕｓｅｓｏｍａｔｉｃ
ｃｅｌｌｓ．Ｓｅｍｉｎ
ＣａｎｃｅｒＢｉｏｌ，
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ＴｕｒｋｅｒＭ
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ｓｉｌｅｎｃｉｎｇ
ｉｎ
ｍａｍｍａｌｉａｎ
ｃｅｌｌｓ
ａｎｄｔｈｅ
ｓｐｒｅａｄｏｆＤＮＡ
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ｏｆａ
ｒｅｄｕｎｄａｎｔ
Ｓｐｌ
ｂｉｎｄｉｎｇ
ｓｉｔｅｉｎｔｈｅｍｏｕｓｅ
ａｐｒｔｇｅｎｅ
ｐｒｏｍｏｔｅｒｉｓ
ｔｏ
ｂｌｏｃｋ
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ｇｅｎｅｉｎａｃｔｉｖａｔｉｏｎ．ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓ
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Ｓ，ＦａｎｇＦ，Ｚｈａｎｇ
Ｘ，ｅｔａ１．Ｐｕｔａｔｉｖｅｚｉｎｃｆｉｎｇｅｒ
ｐｒｏｔｅｉｎｂｉｎｄｉｎｇ
ｓｉｔｅｓ
ａｒｅ
ｏｖｅｒ－ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｅｄ
ｉｎｔｈｅ
ｂｏｕｎｄａｒｉｅｓ
ｏｆ
ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ－ｒｅｓｉｓｔａｎｔ
ＣｐＧ
ｉｓｌａｎｄｓｉｎｔｈｅｈｕｍａｎｇｅｎｏｍｅ．ＰＬｏＳＯＮＥ，２００７，２（１１）：ｅｌ１８４
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Ｉｓｓａ
Ｊ
Ｐ．Ａｇｉｎｇ，ＤＮＡ
ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎａａｄｃａｎｃｅｒ．Ｃｒｉｔ
Ｒｅｖ
Ｏｎｃｏｌ
Ｈｅｍａｔｏｌ，１９９９，３２（１）：３１～４３
４６ＪｏｎｅｓＰ
ＡＢａｙｌｉｎ
ＳＢ．Ｔｈｅｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ
ｒｏｌｅｏｆｅｐｉｇｅｎｅｔｉｃ
ｅｖｅｎｔｓｉｎ
ｃａｎｃｅｒ．Ｎａｔ
Ｒｅｖ
Ｇｅｎｅｔ，２００２，３（６）：４１５～４２８
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Ｏｒｄｗａｙ
Ｊ
Ｍ，ＢｕｄｉｍａｎＭＡ，Ｋｏｒｓｈｕｎｏｖａ
Ｙ，ｅｔ
ａ１．Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ
ｏｆ
ｎｏｖｅｌｈｉｇｈ—ｆｒｅｑｕｅｎｃｙＤＮＡｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ
ｃｈａｎｇｅｓ
ｉｎｂｒｅａｓｔ
ｃａｎｃｅｌ＇．
ＰＬｏＳ
ＯＮＥ，２００７，２（１２）：ｅ１３１４
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Ｐｉｏｔｒｏｗｓｋｉ
Ａ，ＢｅｎｅｔｌｄｅｗｉｃｚＭ，Ｍｅｎｚｅｌ
Ｕ，ｅｔ
ａ１．Ｍｉｃｍａｒｒａｙ－ｂａｓｅｄ
ｓｕｒｖｅｙ
ｏｆ
ＣｐＧ
ｉｓｌａｎｄｓｉｄｅｎｔｉｆｉｅｓ
ｃｏｎｃｕｒｒｅｎｔ
ｈｙｐｅｒ－ａｎｄ
ｈｙｐｏｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎｐａｔｔｅｒｎｓｉｎｔｉｓｓｕｅｓｄｅｒｉｖｅｄｆｒｏｍｐａｔｉｅｎｔｓ
ｗｉｔｈ
ｂｒｅａｓｔ
ｃａｎｃｅｒ．ＧｅｎｅｓＣｈｒｏｍｏｓｏｍｅｓＣａｎｃｅｒ，２００６，４５（７）：６５６～６６７
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ＫｅｓｈｃｔＩ，ＳｃｈｌｅｓｉｎｇｅｒＹ，ＦａｒｋａｓｈＳ，ｅｔ０１．Ｅｖｉｄｅｎｃｅ
ｆｏｒａｌｌｉｎｓｔｒｕｃｔｉｖｅ
ｍｅｃｈａｎｉｓｍｏｆｄｅ／“ｇｆｆｏｍｃｔｈｙｌａｔｉｏｎ
ｉｎ
ｃａｎｃｅｒ
ｃｅｌｌｓ．Ｎａｔ
Ｇｅｎｃｔ，２００６，
３８（２）：１４９～１５３
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ＧｅｂｈａｒｄＣ，ＳｃｈｗａｒｚｆｉｓｃｈｅｒＬ，ＰｈａｍＴ
Ｈ，ｅｔａ１．Ｇａｎｏｍｅ－ｗｉｄｅ
ｐｒｏｆｉｌｉｎｇｏｆＣｐＧｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎｉｄｅｎｔｉｆｉｅｓｎｏｖｅｌ
ｔａｒｇｅｔｓｏｆ
ａｂｅｒｒａｎｔ
ｈｙｐｅｒｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎｉｎｍｙｅｌｏｉｄ
ｌｅｕｋｅｍｉａ．ＣａｎｃｅｒＲｅｓ，２００６，６６（Ｉ∞：
６１１８～６１２８
５ｌ
Ｙｕ
Ｊ，ＺｈａｎｇＨＹ，ＭａＺＺ，ｅｔ以Ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ
ｐｒｏｆｉｌｉｎｇｏｆｔｗｅｎｔｙ
ｆｏｕｒ
ｇｅｎｅｓａｎｄｔｈｅｃｏｎｃｏｒｄａｎｔｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎｂｅｈａｖｉｏｕｒｓｏｆｎｉｎｅｔｅｅｎ
ｇｅｎｅｓ
ｔｈａｔ
ｍａｙｃｏｎｔｒｉｂｕｔｅｔｏｈｅｐａｔｏｃｅｌｌｕｌａｒｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ．ＣｅｌｌＲｅｓ，
２００３，１３（５）：３１９～３３３
５２
ＺｈａｎｇＣ
Ｙ，ＭａｎＬ，Ｌｉ
Ｌ，ｅｔ以．Ｐｒｏｍｏｔｅｒｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎａｓ
ａ
ｃｏｍｍｏｎ
ｍｅｃｈａｎｉｓｍｆｏｒｉｎａｃｔｉｖａｔｉｎｇ
Ｅ－ｃａｄｈｅｒｉｎｉｎ
ｈｕｍａｎ
ｓａｌｉｖａｒｙ
ｇｌａｎｄ
ａｄｅｎｏｉｄ
ｃｙｓｔｉｃ
ｃａｒｃｉｎｏｍａ．Ｃａｎｃｅｒ，２００７，１１０（１）：８７～９５
５３
Ｙａｎｇ
Ｈ
Ｊ，“ｕ
Ｖ
Ｗ，Ｗａｎｇ
Ｙ，ｅｔ
ａ１．ＤｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌＤＮＡ
ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ
ｐｒｏｆｉｌｅｓ
ｉｎ
ｇｙｎｅｃｏｌｏｇｉｃａｌｃａｎｃｅｒ￥ａｎｄｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎｗｉｔｈｃｌｉｎｉｃｏ—
ｐａｔｈｏｌｏｇｉｃａｌｄａｔａ．ＢＭＣＣａｎｃｅｒ，２００６．６：２１２
５４
ＴａｍａｒｕＨ，Ｓｅｌｋｅｒ
ＥＵ．Ａ
ｈｉｓｔｏｎｅ
Ｈ３
ｍｃｔｈｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｏ
ｃｏｎｔｒｏｌｓ
ＤＮＡｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎｉｎ
Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ
ｃｒｃｌｓｓａ．Ｎａｔｕｒｅ，２００１，４１４（６８６１）：
２７７～２８３
５５ＪａｃｋｓｏｎＪ
Ｐ，ＬｉｎｄｒｏｔｈＡ
Ｍ，ＣａｏＸ，ｅｔ以．Ｃｏｎｔｒｏｌ
ｏｆ
ＣｐＮｐＧ
ＤＮＡ
ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎｂｙｔｈｅ
ＫＲＹＰＴＯＮＩＴＥ
ｈｉｓｔｏｎｅ
Ｈ３
ｍｅｔｈｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ．
Ｎａｔｕｒｅ，２００２，４１６（６８８０）：５５６～５６０
５６
Ｊａｅｎｉｓｃｈ
Ｒ，ＢｉｒｄＡ．Ｅｐｉｇｅｎｅｔｉｃ
ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎｏｆｇｅｎｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ：ｈｏｗ
ｔｈｅ
ｇｅｎｏｍｅ
ｉｎｔｅｇｒａｔｅｓ
ｉｎｔｒｉｎｓｉｃ
ａｎｄｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌｓｉｇｎａｌｓ．Ｎａｔ
Ｇｅｎｅｔ，２００３，３３（Ｓｕｐｐｌ）：２４５～２５４
５７
ＬｅｌｍｅｒｔｚＢ，ＵｅｄａＹ，Ｄｅｎｊｃｋ
ＡＡ，ｅｔ
ａ１．Ｓｕｖ３９ｈ－ｍｅｄｉａｔｅｄｈｉｓｔｏｎｅ
Ｈ３
ｌｙｓｉｎｅ
９
ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎｄｉｒｅｃｔｓＤＮＡｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎｔｏ
ｍａｊｏｒ
ｓａｔｅｌｌｉｔｅ
ｒｅｐｅａｔｓ
ａｔ
ｐｅｒｉｃｅｎｔｒｉｃｈｃｔｅｒｏｃｈｒｏｍａｔｉｎ．ＣｕｒｔＢｉｏｌ，２００３，１３（１４）：
１１９２～１２００５８“）（＇ＷａｎｇＸ
Ｈｅ
Ｋ
ｅｔ
ａ１．Ｈｉｇｈ－ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎｍａｐｐｉｎｇｏｆｅｐｉｇｅｎｅｔｉｃ
ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ
ｏｆｔｈｅｒｉｃｅ
ｇｅｎｏｍｅａｎｃｏｖｃｒｓｉｎｔｅｒｐｌａｙ
ｂｅｔｗｅｅｒｌＤＮＡ
ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ，ｈｉｓｔｏｎｅｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ，ａｎｄｇｅｎｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ．Ｐｌａｎｔ
Ｃｅｌｌ，
２００８，２０（２）：２５９～２７６