市场经济体制下竞争机制健全，开放的人才市场形成双向选择的用人机制，经济的发展对熟练劳动力的需求较大，短期和兼职人员有很多岗位。目前，我国正处于经济转轨的关键时期，企业的管理体制、经营体制正在发生多种经济成份的重新组合，由粗放型经济向高质量、高技术含量经济转化，由计划管理体制向市场经济体制转变。在这个过渡时期人口多、就业压力大、高素质劳动力短缺，粗放型的劳动力过剩，出现就业岗位紧缺。由于我国毕业生就业市场不规范，职业学校毕业生可以在企业之间任意流动，这就使企业投资职业教育未必就能使本企业获益，很有可能是为别的企业培养了劳动力，这必然会影响到企业投资职业教育的积极性。校企结合缺乏规模效应。从当前校企结合的方式、规模、实质性内容来看都存在一定的问题，还难以形成与经济发展相适应的具有较强竞争力的职业教育管理机制。因此，要顺利开展高等职业院校与企业的合作，除了政府应大力倡导和制定相应的政策支持以外，还需要建立符合市场经济规律的校企合作运行机制。
3.6运行机制不畅通
其一，对校企合作缺乏整体推进，没有运用系统的观点，通盘考虑，统筹运作，使企业运行与办学诸要素之间有机结合、相互作用，构成一个具有特定功能的整体，最优化地实现办学目标和预期效果。
其二，微观的运行制度不够成熟和完善，特别是当与学校现行制度发生碰撞时，显得无能为力。
其三，合作效果上普遍属于浅层次的校企合作模式，深度不够，
层次不高。在目前已形成的校企合作中，大多是学校为求生存、求发展和适应市场经济的要求，而主动向企业界寻求合作伙伴，主动来寻求与学校合作办学的企业少而又少，多数企业给予学校的资助，亦都停留在教学设备捐助、实习基地提供、员工培训等的合作。这种合作，离真正意义上的校企合作教育目标——建立起一个可持续发展的校企学合作教育的良性循环机制，实现教育资源的优化组合，将高职教育资源的势能转化为推动经济增长的动力，实现办学的整体效益，相去甚远。
其四，学校运作机制和企业运作机制、校园文化与企业文化存在较大差异，还没有真正融合，使校企之间的深度合作以及受教育者从“学生、学员、职业人到社会人”的角色转化，受到一定的制约。校企双方对利益的认同是有差异的，企业追求的是生产和经营的利润，学校追求的是人才培养的质量。由于学校教育规律与企业生产规律的差异性、合作效益的滞后性、教育产品的长周期性以及合作过程的风险性，合作双方在利益机制上常常不能达成一致。如何避免市场经济给学校造成的消极影响，防止急功近利的人才培养观，保证学校的教育质量；在专业设臵方面，如何把市场的短周期性和教育及人才培养的长远性有效地结合起来，使校企合作不仅满足企业当前的需要，还要满足企业长远发展的需要，也是高职院校与企业合作中急需解决的问题和矛盾。
其五，运行的形式上大都限于建立“校内车间”和“校外实践教学基地”进行校企合作。而在国外，如德国，学生的实践实习几乎都
是学生自己寻找企业，在企业里真刀实枪地工作，企业依据法律承担培训教育学生的责任和义务，实事求是地对其进行评估和考核。而目前，在我国的高职教育中，涉及到校企合作的实践教学形式大致有认识性实习、生产实习和顶岗实习。在认识性实习中，只是对企业教育环境、大多是各个院校建立的“校外实践教学基地”进行初步的视察。在生产实习中，主要目标是完成教学计划中规定的教学内容，以验证相应的理论教学内容和书本知识，以专业实习为主。学生大多数时间是像“影子”一样跟在生产人员后面进行观察，实习时间较短，学生也经常被当作单纯的教育对象，不能真正参与实际的生产性工作，因此也没有报酬，实习场地在“校外实践教学基地”或“校内实训车间”。在顶岗实习中，其主要目标则具有更加深刻的内涵和更加扩展的外延，它不仅是要通过实践使学生所学的理论知识得以巩固，通过实际工作使学生各方面的能力得到培养，而且是要通过顶岗工作实践使学生的自身素质获得全面提高。其根本的特征是学生要顶岗从事实际工作，要以一个职业人的身份按时保质保量地完成用人单位实际岗位的工作，其时间较长，包含多个工作学期，其工作也有明确的要求和责任，不能只是旁观，要像企业的员工一样为企业创造实际价值，也可以因此获得一定报酬。目前我国高职教育中的顶岗实习大多数还是在“校外实践教学基地”进行，由于各个院校“校外实践教学基地”的条件差异很大，使学生顶岗实习的质量和效果得不到保证，而且顶岗实习还没有摆脱学校主导的模式。
3.7思想观念的困境
我国高职教育的校企合作在思想观念上存在着较大偏差。政府、行业(企业)、学校对“校企合作”的客观性、必然性、必要性的理论认识和实践观念，都还处于探索与摸索阶段，其认识远没有达到实施校企合作教育的观念转变与思想理论储备的要求。企业缺乏成熟的合作教育思想，大多企业只是选择人才，而不参与或很少参与人才的培养；部分企业出于自身经济利益和生产实践等因素的考虑，在出现企业眼前利益和长远利益、企业本身利益和社会利益矛盾冲突时，把培训教育学生视为额外负担。学校把校企合作教育视为解决眼前办学困难的权宜之计而非必由之路，把目光过于放在企业对学校资金、设备的投入上，而忽视了对学生综合能力和职业素质的培养；学校过于注重校企合作中的专业对口，而缺乏教师参与校企合作的激励机制，教师参与校企合作的积极性没有到充分的发挥；由于高职院校传统的习惯、自身的惯性和惰性，对校企合作内涵的认识仍显肤浅，对校企合作实践教学体系缺乏深层次的研究，依然是一种以学校为中心的教学模式，实践教学往往是理论课程的验证和补充，被视为教学中的一种辅助手段，没有确立实践教学的独立作用和地位。
3.8主体地位的困境
学校和企业是校企合作中的两个本质要素，两者都是校企合作教育的组织实施者和考核评价者，在不同的条件下其地位和作用表现不同。学校主要是承担理论基础教育任务，为在企业开展生产实习教学奠定理论基础；企业主要是承担职业基础知识和基本技能的培训任务，为校企合作提供人力、物力和财力保证以及实际动手能力质量培
养的保证。虽然我国高职教育的校企合作的形式多样、模式众多，但有一个共同的本质特点，就是都归属于以学校为主体的校企合作模式，这正是制约我国高职校企合作教育发展的核心、关键问题。以学校为主体的校企合作模式的弊端主要体现在以下几个方面:
其一，容易偏离合作教育的本质目标。“教学做合一”是高职教育校企合作模式追求的本质所在。而以学校为主的校企合作模式，追求各种“证书”的获取和各种等级考试的层次，实践性教学效率低，学生进行默会知识（个人化的、实践性的知识）学习的比重小，使得学生常常在拿到几个证书的情况下，却看不懂线路图，不知如何处理工作，这就使合作教育偏离了原来的本质内涵和目标。
其二，不易调动企业主动合作的积极性。从企业的角度看，校企合作的利益主要体现在:选择优秀的高职人才，利用学校资源对职工进行继续教育，提高企业竞争力；利用高职院校的信息与技术服务，进行新产品的研制开发、新技术的引进、设备的技术改造等；通过对教育的支持，起到宣传效应，树立企业形象；在“校企实体合作型”模式中，权利分享与责任分担透明度高，依法进行，企业在分担责任的同时获得应有的经济利益等。而目前我国高职人才培养中大多数校企合作关系的建立和维系主要还是靠“关系和信誉”。这种机制是校企合作教育的最初形式，形式简单，方便灵活，但缺乏稳定性，不利于充分调动企业进行校企合作教育的积极性。
其三，不利于合作的内部机制和外部条件的健全和完善。从校企合作的内部机制来看，以学校为主的校企合作模式中，其显示的(尤