Lab1 常用数据处理软件的安装和介绍
实验内容
z Matlab 7.1介绍
?? 主界面 ?? 基本命令
z SPM5安装以及界面，功能介绍
?? 安装 ?? 界面 ?? 大致功能
z MRIcron基本使用方法
?? 安装 ?? 图像显示 有2个功能?? DICOM数据格式转换
所需软件
1. Matlab (version: 7.1 R14) 2. SPM5 (updates_958) 3. MRIcron (version: beta 7)
Matlab 7.1介绍
1. Matlab主界面 在所有实验中，我们都将使用Matlab 7.1软件包 (The MathWorks, Inc.)。在安装完毕后，双击快捷方式图标打开Matlab。点击Matlab窗口上方的View菜单，勾选Command Window, Command History, Current Directory和Workspace。这时，Matlab将呈现四个子窗口：
1) Command Window：位于右下方。即指令窗口，是键入指令的地方，也是Matlab
显示计算结果的地方；
2) Command History：位于左下方。即历史命令窗口，存放历史输入命令；
3) Current Directory：位于左上方。即当前工作目录，显示当前目录下的文件信息；
4) Workspace：位于右上方。即工作空间，存放变量在内存中。
Fig.1就是Matlab的标准工作界面，上述四个子窗口可以自由拖动改变位置。
Fig.1 Matlab 7.1的主界面
此时，Matlab处于准备接受命令的状态，可以在命令窗口（右下方的子窗口）中直接输入命令语句。
2. Matlab基本命令
1. 设置当前工作路径 (current directory)
1) 在Windows下建立一个新文件夹，如：
D:\\work\\dicom_convert\\
2) 在Matlab的指令窗口中键入： cd ‘D:\\work\\dicom_convert\\’ 错了，应该没有单引号这样，就将Matlab的当前工作路径设置在上述路径下了。 “pwd”，然后回车 3) 在Matlab的指令窗口中键入：
4) 这时，Matlab的指令窗口中显示出当前工作路径信息：
ans =
D:\\work\\dicom_convert\\
2. 添加搜索路径 (set path)
1) 点击Matlab最上方的“File”菜单，在下拉菜单中选择“Set Path”
，浏览并点选目标文件夹 2) 在弹出的路径设置窗口中选择“Add with Subfolders”
（如Fig.2所示），然后点“确定” 3) 点击“Save”按钮
4) 检查该路径是否添加到右侧的搜索路径列表中 5) 点击“Close”按钮
Fig.2 添加搜索路径
3. 其他常用命令及功能
1) 2) 3) 4) 5)
load 载入变量到内存
clear 清除内存中所有的变量 clc 清屏
exit 退出Matlab helpwin 打开帮助窗口
SPM5介绍和安装
SPM5是一款功能强大的神经影像计算软件，由Wellcome Department of Imaging Neuroscience小组开发，可以对PET, EEG, fMRI等图像进行处理。对fMRI数据的处理可以由预处理，个体统计分析，组分析来实现。将SPM5程序解压缩后，得到一个名为“spm5”的文件夹，文件夹里含有若干子文件夹和许多文件。假设这个文件夹在“D:\\spm5”目录下，下面介绍如何安装及打开SPM5。
1. 打开Matlab7.1，将SPM5所在目录“D:\\spm5”加入到Matlab的搜索路
径中（利用“添加搜索路径”所示的方法，将spm5及其所有子文件夹添加到Matlab的搜索路径中）；
2. 在Matlab指令窗口中输入“spm fmri”，会出现三个窗口； 3. 屏幕左上方的窗口是SPM5的按钮窗口，如图Fig.3：
Fig.3 按钮窗口 Fig.4 左下方的窗口
4. 屏幕左下方的窗口可以控制结果呈现，也可输入用户指定的参数 (Fig.4) 5. 屏幕右边的窗口是交互窗口 (Fig.5)，用户可以在这个窗口中进行处理流
程指定。该窗口左侧一栏用树型结构显示处理流程，双击可以扩展和缩起分支（用+/-表示），需要用户指定参数的处理项目用 “X” 表示，整个处理流程可以用该窗口内的 “Save”, “Load”, “Run” 按钮进行保存，调入和执行。该窗口右上方一栏表示当前处理项目的可选子项，
Fig.5 交互窗口 Fig.6 文件选择窗口
用户可以在这里改变处理流程，也可以输入指定数值。该栏下方是当前项目的数值的显示栏。最下方一栏是帮助栏，显示当前处理项目的信息。 6. SPM5有时会弹出文件选择窗口 (Fig.6)，用户可以选择指定的文件进行
分析和处理。
MRIcron软件的基本使用
MRIcron软件可以进行MRI图像的显示，叠加，也可以使用它附带的软件进行DICOM原始数据的格式转换，下面分别介绍：
1. 安装：解压后双击 “InstallMR.exe” 进行MRIcron的安装，安装时选择全部
安装。完毕后进入安装路径，双击 “mricron.exe” 运行程序。
2. 图像显示：打开MRIcron后，点击 “File” 菜单，选择 “Open templates” ?
“ch2.nii.gz”，这时MRIcron的主界面如图 (Fig.7)：
Fig.7 MRIcron主界面
1) 主界面最上方为菜单栏，通过它可以实现对图像的查看，叠加等功能； 2) 改变菜单栏下方左边的 “X”, “Y”, “Z” 三个数值，可以调整图像的显示
层面，X表示左/右，用来调整左边的矢状位图像的层面；Y表示前/后，用来调整中间的冠状位图像的层面；Z表示上/下，用来调整右边的轴状位图像的层面；
3) 在 “Z” 的右边，是缩放控制菜单，可以通过调节它的大小来控制图像的
缩放比例；
4) 在缩放控制的右边，是活动层 (active layer) 选择菜单。通过选择合适的
层来实现图像的叠加；
5) 屏幕左下角表示图像在对应MNI坐标处的数值；
3. 利用MRIcron进行DICOM格式转换：
DICOM格式是医学数字图像的一种通用格式 (DICOM = Digital Imaging and
从Siemens 3T机器直接得到的原始数据为DICOMCommunications in Medicine)。
格式，而SPM5只能识别Nifti格式 (后缀为 “.img/hdr” ) 的图像文件，因此，需要对原始数据进行从DICOM到Nifti的格式转换。