MRIcron、SPM5、xjView的安装和介绍,用SPM5进行预处理、个体统计(4)

1970-01-01 08:00

此处,可以参考第九页的参数设置:

TR = 2 sec, Slices = 25, dist. Fact = 20%, slice thickness = 3*3*4mm, in-plane resolution = 64*64, voxel size = 3.13*3.13*4.80, horizontal scanning, FOV = 200mm, 12-channel coil, 自下而上间隔扫描

1) 选中Directory,点击Specify Files,在弹出的选择窗口中选择当前路径为

输出路径,即选择D:\\SPM_data\\day_3\\stats_analysis,点击Done 2) 双击Timing parameters打开树型目录,选中Units for design,点击Specify

Menu Item,选择Scans

3) 选中Interscan interval,点击Specify Text,输入2,回车

4) 选中Microtime resolution,点击Specify Text,将原先数值改为25,回车

(设置成扫描层数)

5) 选中Microtime onset,点击Specify Text,将原先数值改为13,回车

(因为在slice timing时,reference slice为第25层,是第13个扫描的) 6) 选中Data & Design,点击New “Subject/Session”,双击Subject/Session

展开树型目录

7) 选中Scans,点击Specify Files,在弹出的选择窗口中选择在

D:\\SPM_data\\day_3\\func_preproc 路径下的所有的swraf*.img文件,点击Done(数据指定)

8) 选中Conditions,点击New “Condition”,双击Condition展开树型目录 9) 设置第一个condition为条件一:右侧视野刺激,具体设置方法如下:

a) Name [right]

b) Onset [13 14 21 22 23 26 32 33 34 37 41 45 50 54 56 58 60 68 69 70 74

在\之下 78 80 81 83 84 86](右侧视野刺激的onset time) 27个时间点???c) Durations [0]

10) 重新选中Condition,点击New “Condition”,双击新生成的Condition展

开树型目录,设置第二个condition为条件二:左侧视野刺激,设置方法: a) Name [left]

b) Onset [9 11 16 18 19 20 24 25 27 36 38 44 47 48 49 51 53 57 63 64 65 71 72 75 76 79 82 90](左侧视野刺激的onset time)28个时间点??? c) Durations [0]

11) 选中Multiple regressors,点击Specify Files,选择 D:\\SPM_data\\day_3\\func_preproc文件夹下的rp*.txt文件(包括了头动的六个参数) 注意:这里选择头动参数作为Multiple regressors是为了去除头动的影响,但是这不是必然要做的,Multiple regressors也可以不定义。这里的基函数默认为canonical hrf函数,也可以选择其他基函数,如canonical hrf+时间/空间导数。具体选什么要根据具体情况来定。

4. 点击Save,保存设置为model_specify.mat,点击Run,运行 5. 这时,SPM会生成SPM.mat文件(存放模型参数和数据信息),同时生成设

计矩阵图(每列表示一个解释变量),如Fig.1所示:

Fig.1 设计矩阵

然后选择刚才生成

的spm.mat文件6. 如果需要查看刚指定好的模型,可以点击SPM的按钮窗口中的Review按钮,

在SPM左下角的窗口中选择Design菜单,依次选择Explore ? Session 1 ? right或者left,来查看设置好的模型。SPM会在右边的窗口中显示出一些曲线图,如Fig.2,图中左上角的曲线图为onset序列卷积hrf函数(血液动力学函数)后的参考序列,右上角为该参考序列的频率特性和高通滤波示意图,左下角的曲线为模型指定时所应用的hrf函数(即canonical hrf)

Fig.2 查看模型

7. 点击SPM按钮窗口中的Estimate按钮,进行参数估计

8. 选中Select SPM.mat,点击Specify Files,选择模型指定时生成的SPM.mat

文件,点击Run,等待SPM参数估计完毕

9. 下面进行统计推断 (inference)

a) 点击SPM按钮窗口中的Results按钮,选择SPM.mat矩阵,点击Done b) 弹出contrast设置窗口,点击Define new contrast,进行contrast设置

i.

name [right]

ii. iii. iv. type [t-contrast] contrast [1]

点击submit,点击OK

c) d) e) f) g) h)

10. 这时,SPM在右侧窗口中呈现激活区检测的结果(在玻璃脑上用不同灰度的

色块表示激活的程度),同时,在其右侧显示设计矩阵和contrast信息,如Fig.3所示。可以观察到:对于右侧视野刺激,激活区大部分在左侧早期视皮层

点击Done

Mask with other contrast(s) [no] Title for conparison [right]

p value adjustment to control [FDR](多重比较校正) p value (false discovery rate) [0.05](校正后p值)

& extent threshold {voxels} [10](只显示大于10个voxel的激活团块)

Fig.3 激活区检测结果

11. 点击SPM左下角窗口中的whole brain按钮(如Fig.4),查看激活区检测的

报表(如Fig.5)

此按钮在SPM8的界面上没有

Fig.4

Fig.5 激活区检测结果报表

12. 点击报表右侧最上面一行激活区坐标 [-15 -93 0],将玻璃脑视图中的红色指

针指向激活最强的坐标点,这说明,在MNI坐标为[-15 -93 0]处,激活最强

选择Event-related responses,查看在最强错了,右边13. 点击SPM左下角窗口的plot按钮,激活点处的任务相关响应曲线 a) Which effect [right] 此按钮在SPM8的b) Plot in terms of [fitted response and PSTH] 界面上没有14. SPM在右边窗口中显示任务相关响应曲线,如Fig.6

Fig.6 任务相关响应曲线

错了,右边15. 点击SPM左下角窗口的overlays菜单,选择render(如Fig.7) 这个按钮直接在SPM8的界面上

Fig.7


MRIcron、SPM5、xjView的安装和介绍,用SPM5进行预处理、个体统计(4).doc 将本文的Word文档下载到电脑 下载失败或者文档不完整,请联系客服人员解决!

下一篇:中式灯细节描写文案

相关阅读
本类排行
× 注册会员免费下载(下载后可以自由复制和排版)

马上注册会员

注:下载文档有可能“只有目录或者内容不全”等情况,请下载之前注意辨别,如果您已付费且无法下载或内容有问题,请联系我们协助你处理。
微信: QQ: