16. 在弹出窗口中选择SPM5安装路径下，rend文件夹中的render_spm96.mat文
件，点Done
17. 在左下角的窗口中选择Style [new], Brighten blobs [slightly]，SPM的右边窗
口将呈现render到三维脑表面的激活图（Fig.8）
Fig.8 render到三维脑表面的激活图
18. 下面进行左侧视野呈现视觉刺激条件下的激活区检测
a) 点击SPM按钮窗口中的Results按钮，选择SPM.mat矩阵，点击Done b) 弹出contrast设置窗口，点击Define new contrast，进行contrast设置
i. ii. iii. iv.
name [left] type [t-contrast] contrast [0 1]
点击submit，点击OK
c) d) e) f) g) h)
19. 这时，SPM在右侧窗口中呈现激活区检测的结果，同时，在其右侧显示设计
矩阵和contrast信息。可以观察到：对于左侧视野刺激，激活区大部分在右侧早期视皮层（图略）
点击Done
Mask with other contrast(s) [no] Title for conparison [left]
p value adjustment to control [FDR]（多重比较校正） p value (false discovery rate) [0.05]（校正后p值）
& extent threshold {voxels} [10]（只显示大于10个voxel的激活团块）
用xjView进行结果显示
xjView是一个基于Matlab和SPM2/5的激活区结果呈现插件，插件作者为Xu Cui (Human Neuroimaging Laboratory Baylor College of Medicine)。利用xjView可以方便地将激活区叠加到各种标准脑模板上，例如：single T1模板，avg152T1模板等。利用xjView还可以方便地调整p值和extend threshold (cluster size)，并且可以直观地呈现激活区的坐标，统计值大小，以及对应的解剖位置；可以像SPM一样呈现结果报表，统计各种范围的脑结构中激活的voxel个数。
xjView的安装
xjView的下载页面：
http://people.hnl.bcm.tmc.edu/cuixu/xjView/guestbook/download.pl在下载页面，下载xjview.m和TDdatabase.mat两个文件，将这两个文件所在文件夹设置到Matlab的搜索路径下。
xjView的界面 在Matlab指令窗口输入“xjview”，就可以启动xjview了。 xjView的主界面如Fig.9所示：
Fig.9 xjView的主界面 (http://people.hnl.bcm.tmc.edu/cuixu/xjView/)
1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 菜单栏 玻璃脑视图 三视图
Render视图（将激活区呈现在三维脑表面） 信息栏（显示结果信息，报错信息等） 控制面板
解剖位置栏（显示给定voxel对应的解剖位置）
利用xjView确定激活区的解剖位置
1. 打开xjView
2. 在菜单栏上点File ? Open images
3. 选择在个体分析中生成的spmT_0001.img文件
4. 这时，在玻璃脑视图上显示出激活图，在三视图面板中选择avg152T1 5. 在控制面板处中的pValue一栏填 [0.0001] 6. 在cluster size一栏填 [10]，回车
7. 在控制面板中点volume，选择SPM.mat文件 8. xjView会生成和SPM类似的激活区报表 9. 在报表中点选第一行的坐标，即 [-15 -93 0]
10. 这时玻璃脑视图和三视图中的定位标记会同时指向该坐标（Fig.10） 11. 在xjView的解剖位置栏查看该坐标对应激活区位于什么解剖位置
Fig.10 用xjview查看激活区解剖位置
注意：xjView使用MNI坐标，而不是Talairach坐标。关于xjView的详细使用说明，可以参见xjView文件夹下的manual.pdf文档
用MRIcron进行结果呈现
1. 打开MRIcron，在File菜单中选择open templates打开ch2.nii.gz模板文件 2. 打开Overlay菜单，点击Add，选择个体统计时生成的spmT_0001.img文件 3. 在MRIcron菜单栏下的overlay控制栏中进行如Fig.11所示的设置
Fig.11 设置overlay参数
注意：这里，低于该阈值的voxel不显示颜有设置t值的其中3.8837为T值的阈值（对应p=0.0001）
色，11.0000表示高于该值的voxel均显示颜色编码中的最高一级（图上为黄地方！！色），5redyell表示从红色到黄色的颜色编码
4. 选择Window菜单，点击Multislice，MRIcron弹出多层显示窗口 5. 选择该窗口的View菜单，设置Orient为Axial，Overslice为0，勾选Orthogonal
view和Show slice label
6. 点击View菜单中的Slices选项，在弹出的Select multislices窗口中输入需要
显示的层数（如64,72,80,88,96），点击OK。则呈现出多层显示的激活区检测结果，如Fig.12所示
Fig.12 多层显示的激活区检测结果
注意：个体统计生成的con*.img一般的研究都是在组分析后（lab 4讲解），对组分析的结果用xjView和MRIcron或者其他插件进行结果呈现和分析的。在这里，对个体统计结果使用xjView和MRIcron，是为了更好的学习其使用方法。
Lab4 用SPM5进行群体统计
实验内容
z 数据介绍
z 用SPM5进行群体统计
?? 单样本t检验 ?? 双样本t检验
z 用xjView进行激活区解剖位置确定 z 用MRIcron进行结果呈现
所需软件
1. 2. 3. 4.
Matlab (version: 7.1 R14) SPM5 (updates_958) xjView (version: 4)
MRIcron (version: beta 7)
数据介绍
个体统计进行了被动接受单侧视野视觉刺激（右侧和左侧刺激两种条件）的激活区检测，对每个被试得到了右侧刺激的t图和左侧刺激的t图（在个体统计中生成了spmT_0001.img/hdr和spmT_0002.img/hdr），同时得到了右侧刺激的contrast图和左侧刺激的contrast图（分别对应con_0001.img/hdr和con_0002.img/hdr），假设共有10个被试，那么将得到10组同样的con_0001.img和con_0002.img文件。
进入组分析的数据是每个被试的con_0001.img和con_0002.img文件（注意：不是spmT_0001.img/hdr和spmT_0002.img/hdr文件）。
新建文件夹，如D:\\SPM_data\\day_4\\data_group，将每个被试经过个体统计得到的con_0001.img/hdr和con_0002.img/hdr数据拷贝到该文件夹之下，因为文件名均相同，需要更改文件名为：
subject_01 右侧刺激 con_0001.img/hdr subject_02 右侧刺激 con_0002.img/hdr … … …
subject_10 右侧刺激 con_0010.img/hdr
subject_01 左侧刺激 con_0011.img/hdr subject_02 左侧刺激 con_0012.img/hdr … … …
subject_10 左侧刺激 con_0020.img/hdr
新建一个空文件夹，例如D:\\SPM_data\\day_4\\group_analysis，用来存放组分