析的结果。
用SPM5进行群体统计（单样本t检验）
为了检测在群组水平上（也叫second-level analysis）右侧视野视觉刺激的激活区，要对con_0001~con_0010.img/hdr这些数据进行单样本t检验。下面介绍详细流程：
1. 打开Matlab，将当前路径设为：D:\\SPM_data\\day_4\\group_analysis，打开
SPM5，点击Specify 2nd-level按钮
2. 选中Factorial design specification下的Design，选择Choose “One-sample t-test” 3. 双击One-sample t-test，选中Scans，点击Specify Files 4. 在弹出窗口中选择D:\\SPM_data\\day_4\\data_group中的：
con_0001~con_0010.img文件，点击Done
5. 选中Directory，点击Specify Files，选择输出路径为：
D:\\SPM_data\\day_4\\group_analysis\\ 点击Done
6. 点击Save，保存设置为group_analysis.mat，点击Run，运行
7. SPM会生成一个SPM.mat文件，存放1－5步骤中的模型设置参数 8. SPM同时生成设计矩阵图（如Fig.1）
Fig.1 单样本t检验的设计矩阵
9. 点击Estimate，选中Select SPM.mat，点击Specify Files，选择新生成的
SPM.mat，点击Done
10. 点击Run，等待SPM进行参数估计完毕
11. 点击Results，选择SPM.mat文件，点击Done
12. 在弹出的contrast设置窗口中点击Define new contrast，在name一栏填入：
right-baseline，选择t-contrast，在contrast一栏中填入：1（注意：这是在检测右侧视野刺激大于baseline的效应） 13. 点击Submit，点击OK，点击Done
14. mask with other contrast(s) [no] （不用其他contrast做掩模） 15. Title for conparison [right-baseline]
16. p value adjustment to control [FDR]（多重比较校正方法选择。FDR的全称是
“False Discovery Rate”，一般来说相对FEW宽松；FWE的意义是“Family-wise error”，是一种比较严格的校正方法；还有一个选项“none”，对应不做多重比较校正）
17. p value (false discovery rate) [0.05]（校正后p值）
18. & extent threshold {voxels} [10]（只显示大于10个voxel的激活团块）
这时，SPM会在右侧窗口中呈现激活区检测的结果（玻璃脑），同时，在其右侧显示设计矩阵和contrast信息。可以观察到：对于右侧视野刺激，在群组水
告诉我们怎样平上，高于baseline的激活区大部分在左侧早期视皮层。同样，也可以检测低于得到负激活，baseline的“负激活区”，只需要在Define new contrast窗口中将第12步的“1”以及两种激活改为“-1”即可。如果需要同时检验高于和低于baseline的“激活”，只需要在都得到第12步Define new contrast窗口中选择F-contrast，在contrast一栏中填入“1”
即可。
这时，可以用SPM5生成结果报表，用它的render功能将群组统计的结果render到三维脑表面，用xjView显示激活区解剖位置的功能确认群组统计的激活区的位置，用MRIcron的Multislice功能呈现结果（具体步骤参见Lab3，此处略）。
同样，可以对左侧视野刺激在群组水平上进行单样本t检验，只是输入的数据（在第4步）变成了con_0011~con_0020.img文件，其他设置方法类似右侧视野刺激的单样本t检验（具体步骤略）。
用SPM5进行双样本t检验
在有些研究中，需要比较两组（如病人组和正常对照组）在某些任务条件下的激活区差异，这时，需要用到双样本t检验，这也是群体统计的一种类型。
假设有6个病人和6个正常对照被试，6个病人在某个任务条件下经过个体统计得到con_0001 ~ con_0006.img/hdr文件；6个正常对照在同样任务条件下得到con_0007 ~ con_0012.img/hdr文件，这些con*.img/hdr文件存放在D:\\SPM_data\\day_4\\data_groupcomp文件夹中。下面简单介绍双样本t检验的流程。
1. 打开Matlab，将当前路径设为：D:\\SPM_data\\day_4\\group_comp，打开SPM5，
点击Specify 2nd-level按钮
2. 选中Factorial design specification下的Design，选择Choose “Two-sample
t-test”
3. 双击Two-sample t-test，选中Group 1 scans，点击Specify Files 4. 在弹出窗口中选择D:\\SPM_data\\day_4\\data_groupcomp中的：
con_0001~con_0006.img文件，点击Done 5. 选中Group 2 scans，点击Specify Files
6. 在弹出窗口中选择D:\\SPM_data\\day_4\\data_groupcomp中的： 7. con_0007~con_0012.img文件，点击Done
8. 选中Directory，点击Specify Files，选择输出路径为：
D:\\SPM_data\\day_4\\group_comp\\ 点击Done
9. 点击Save，保存设置为group_comparison.mat，点击Run，运行 10. SPM会生成一个SPM.mat文件，存放上述步骤中的模型设置参数 11. SPM同时生成设计矩阵图（如Fig.2）
Fig.2 双样本t检验的设计矩阵
12. 点击Estimate，选中Select SPM.mat，点击Specify Files，选择新生成的
SPM.mat，点击Done
13. 点击Run，等待SPM进行参数估计完毕
14. 点击Results，选择SPM.mat文件，点击Done
15. 在弹出的contrast设置窗口中点击Define new contrast，在name一栏填入：
patient>control，选择t-contrast，在contrast一栏中填入：1 -1 （注意：这是在检测病人组大于正常对照组的效应） 16. 点击Submit，点击OK，点击Done
17. mask with other contrast(s) [no] （不用其他contrast做掩模） 18. Title for conparison [patient>control] 19. p value adjustment to control [FDR]
20. p value (false discovery rate) [0.05]（校正后p值）
21. & extent threshold {voxels} [10]（只显示大于10个voxel的激活团块）
这时，SPM将呈现双样本t检验的结果，该结果表示病人高于正常人的效应。接下来可以用SPM5生成结果报表，用它的render功能将群组统计的结果render到三维脑表面，用xjView显示激活区解剖位置的功能确认群组统计的激活区的位置，用MRIcron的Multislice功能呈现结果（具体步骤参见Lab3，此处略）。
同样，如果需要检测病人低于正常人的效应，只需要在第15步定义contrast时将contrast name定义为patient 附：一些有用的信息： SPM软件的官方网站，有SPM5详细的功能介绍，使用方法，和各种资源： http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/ MRIcron软件的官方网站，有详细的功能介绍以及使用方法： http://www.sph.sc.edu/comd/rorden/mricron/ xjView插件的官方网站，可以下载该插件并有详细的使用手册： http://people.hnl.bcm.tmc.edu/cuixu/xjView/ 北京师范大学 QQ网名：拿破仑编写人：张寒 2007-11 napoleon1982@gmail.comQQ: 35455688 (any question, plz feel free to contact me) Neuroimage Computing Group, State Key Laboratory of Cognitive Neuroscience and Learning, Beijing Normal University