8. 在左下角的窗口中需要输入用户指定参数（如Fig.8）
Fig.8
Output image format [Two file (img+hdr) NIfTI] Use ICEDims in filename [No]
等待SPM数据转换完毕，用MRIcron查看一个功能像（以f*打头的文件），注意图像分辨率，voxel size等信息
Slice Timing
9. 点击SPM按钮窗口中的Slice timing按钮 10. 在SPM的交互窗口中进行数据和参数指定
1) 选中Data，点击New Session，选中Session，点击Specify Files 2) 在弹出的文件选择窗口中选择所有f*.img，点击Done 3) 选中Number of Slices，点击Specify Text，输入25，回车
4) 选中TR，点击Specify Text，输入2，回车（TR是一个volume内第一层
到下一个volume内第一层的间隔时间）
5) 选中TA，点击Specify Text，输入“2-2/25”，回车（TA是一个volume
内从第一层到最后一层的间隔时间）
6) 选中Slice order，点击Specify Text，输入“1:2:25 2:2:24”，回车（指定
扫描顺序，为自下而上的间隔扫描，这里1代表解剖位置上的下，即“脖子的位置”）
7) 选中Reference Slice，点击Specify Text，输入25，回车（参考层选择对
应时间中点的一层）
11. 点击Save按钮，将slice timing的参数设置保存到当前目录下，例如：
preproc_slice.mat
12. 点击Run按钮，等待SPM slice timing完毕，SPM会生成99对以a*打头的
img/hdr文件（slice timing的结果） 错了，af打头的
Realignment
13. 在SPM按钮窗口中选择Realign，如Fig.9所示
Fig.9
14. 在SPM的交互窗口中进行数据和参数指定
1) 在SPM的交互窗口中选择 New “Realign: Estimate & Reslice” 2) 双击Realign: Estimate & Reslice展开树型目录，选中Data 3) 点击New “Session”，选中Session，点击Specify Files
4) 在弹出的文件选择窗口中的Filt一栏输入af.*，选择所有以af*打头的文
件，点Done，如Fig.10
Fig.10
5) 点击Save按钮，将realignment的参数设置保存到当前目录下，例如：
preproc_realign.mat
6) 点击Run按钮，等待SPM realignment完毕，SPM会生成99对以ra*打
头的img/hdr文件（头动校正后的结果），同时，还会生成一对mean*文件（平均脑），一个rp*.txt文件（头动参数文件）
7) 同时，SPM会将头动曲线显示在交互窗口中，如Fig.11
Fig.11
Fig.11中上面一幅曲线图中的三条曲线表示在X，Y，Z方向上头的平动（单位是mm），下面一幅曲线图中的三条曲线表示以X，Y，Z为轴的转动（单位是度）。注意：rp*.txt文件中前三列为平动（单位是mm），后三列为转动（单位是弧度）。 转动，在曲线图以及txt文件中的单位不同吗？
Normalization
15. 在SPM的按钮窗口中点击Normalize按钮 16. 在SPM的交互窗口中进行数据和参数指定
1) 在SPM的交互窗口中选择New Normalise: Estimate & Write 2) 双击Normalise: Estimate & Write，展开树型目录，选中Data 3) 点击 New “Subject”，双击Subject展开树型目录 4) 选中Source Image，点击Specify Files
5) 在弹出的文件选择窗口中选择realignment生成的mean*.img文件，点击
Done
6) 选中Images to Write，点击Specify Files
7) 在弹出的文件选择窗口中选择realignment生成的raf*.img文件，点击
Done
8) 双击Estimation Options展开树型目录 9) 选中Template Image，点击Specify Files
10) 在弹出的文件选择窗口中选择SPM5目录中，templates文件夹下的
EPI.nii模板文件，点Done
11) 双击Writing Options展开树型目录
12) 选中Bounding box，点击Specify Text，将原有的参数改为“-90 -126 -72;
90 90 108”，回车
13) 选中Voxel sizes，点击Specify Text，将原有的参数改为“3 3 3”，回车 14) 点击Save按钮，将normalize的参数设置保存到当前目录下，例如：
preproc_normalize.mat
17. 点击Run按钮，等待SPM normalize完毕，SPM会生成99对以wra*打头的
img/hdr文件（空间标准化的结果），同时，还会生成一个mean*_sn.mat文件（存放变换参数），SPM会在交互窗口中生成空间标准化时粗配准的仿射变换信息，并且将EPI模板和配准好的mean图像一起显示（可以判断配准好坏），如Fig.12
这些参数表示变换的方式吗？
Fig.12 Normalize的结果呈现
Smooth
18. 在SPM的按钮窗口中点击Smooth按钮
19. 在SPM的交互窗口中选中Images to Smooth，点击Specify Files
20. 在弹出的文件选择窗口中选择Normalize生成的所有wraf*.img文件，点击
Done
21. 点击Save按钮，将smooth的参数设置保存到当前目录下，例如：
preproc_smooth.mat
22. 点击Run按钮，等待SPM smooth完毕，SPM会生成99对以swra*打头的
img/hdr文件（空间平滑的结果）。注意：空间平滑的平滑参数默认为[8 8 8]。
至此，对EPI功能像的预处理完成，在确认处理步骤正确以后，可以删除不必要的中间结果数据，只留下99对swra*.img/hdr（预处理后的数据）和rp*.txt文件（头动参数文件），这些数据将进入后续的个体统计分析（Lab3中详细说明）。
Lab3 用SPM5进行个体统计
实验内容
z 数据介绍
z 用SPM5进行个体统计
?? 模型指定 (specify model) ?? 结果呈现 (plot, render)
z 用xjView进行激活区解剖位置确定
?? xjView的安装和界面 ?? 激活区解剖位置确定 z 用MRIcron进行结果呈现
所需软件
1. 2. 3. 4.
Matlab (version: 7.1 R14) SPM5 (updates_958) xjView (version: 4)
MRIcron (version: beta 7)
数据介绍
被试被动接受单侧视野视觉刺激，视觉刺激为12Hz为闪烁频率的三角形棋盘格，基线为被动注视屏幕中心的小圆点：
1) 基线（B）：注视屏幕中心的圆点
：在注视圆点的同时，屏幕右侧出现棋盘格闪烁刺激 2) 条件一（R）
3) 条件二（L）：在注视圆点的同时，屏幕左侧出现棋盘格闪烁刺激
实验为事件相关设计，实验数据为一个run的EPI功能像，已经经过SPM5的预处理。进入个体统计的数据为99对swraf*.img/hdr数据和一个rp*.txt文件，将所有文件放在一个空文件夹中，例如：D:\\SPM_data\\day_3\\func_preproc
新建一个空文件夹，例如，命名为：D:\\SPM_data\\day_3\\stats_analysis 这个文件夹将来存放个体统计的处理结果。
个体统计
1. 2. 3.
利用SPM5可以进行被试个体的激活区检测，下面详细介绍其流程： 打开Matlab，将当前路径设为：D:\\SPM_data\\day_3\\stats_analysis 打开SPM5，点击Specify 1st-level 在SPM的交互窗口中进行参数设置