脉冲场凝胶电泳(2)

2019-01-27 12:24

al.1990 ,且可能造成高分子质量DNA 降解。在实验中可视情况而定。 4. 琼脂糖凝胶块在TE(pH7.6中4℃可存放数年,如在0.5mol/L EDTA 中可存放更长时间。

5. 一些高压电源并不适合脉冲电场凝胶电泳,因为这些电源设计时均带有保护电路,它可以检测到负载的突然降低并且引发外加电源自动关闭。

6. 由于电压较高,就会产生热量,为了保证温度为14℃,需要一些冷却设备(缓冲液冷却循环器或MiniChiller 。此外,把电泳系统放在一个敞口的冰盒中也可保持恒温。

PFGE (脉冲场凝胶电泳)标准操作规程(SOP

目的:运用PFGE 方法对20Kb 至数Mb 的DNA 进行分子分型

背景知识:这个试验是公认的操作繁琐,至少要2天,而且每一步操作对结果的好坏都有很大影响,因此,一个严格、标准的操作方法是十分十分必要的。

主体内容: 一、胶块的制备

1、在Falcon 2054管上标记样品名称和空白对照,分别加入约2ml 细胞悬 浊液(CSB;

2、在1.5ml eppendorf管上标记好对应样品的名称; 3、在模具上标记好对应样品的名称;

4、用CSB 湿润接种环,从培养皿上刮取适量细菌,均匀悬浊于CSB 中, 用bioMerieux Vitek colorimeter 测其OD 值,并调整至3.6~4.5。如果OD 值大于4.5,加入CSB 稀释;如果OD 值小于3.6,增加菌量提高其浓度。

5、取400μl细菌悬浊液于相应的1.5ml eppendorf管中,置于37℃水浴中孵 育5分钟。将剩余的细菌悬浊液置于冰上直到胶块制备好放在水浴摇床中。 6、从水浴箱中取出eppendorf 管,每管加入20μl蛋白酶K(储存液浓度为 20mg/ml混匀,使其终浓度为0.5mg/ml。

7、制备好1%Seakem Gold:1%SDS,放于56℃水浴箱中。

8、在eppendorf 管中加入400μl的1% Seakem Gold:1%SDS,用枪头轻轻 混匀。

9、将混合物加入模具,避免气泡产生,在室温下凝固10-15分钟。 注意事项:

(1用后的接种环要放在指定的废弃物容器中。 (2细胞悬浊液、蛋白酶K 要置于冰上。

(3在混合细胞悬浊液和1% Seakem Gold:1%SDS时要避免气泡的产生。 (4混合物加入模具时不能产生气泡。

(5在加1% Seakem Gold:1%SDS的过程中1% Seakem Gold:1%SDS要一直放在56℃水浴箱中。

二、细胞的裂解

1、在50ml 的screw-cap tube上做好标记。

2、配制细胞裂解液(CLB:每5ml 细胞裂解液加入25μl蛋白酶 K(20mg/ml,使其终浓度为0.1mg/ml,然后颠倒混匀。

注意:蛋白酶K 要置于冰上,配制好的细胞CLB 也要置于冰上。 3、每个管子加入5ml 蛋白酶K/CLB混合液。

4、如果想使胶块平齐,可以用刀片削去模具表面多余的部分。

(1可重复利用的模具:打开模具,用小铲的宽头部分将胶块移入相应的screw-cap 管中。

(2一次性模具:撕掉模具下面的胶带,用小铲将胶块捅进相应的screw-cap 管中,将模具、胶带、小铲放入废弃物容器中。

5、保证胶块在液面下而不在管壁上。

6、将管子放在54℃水浴摇床中孵育2小时,转速约170转/分钟。 7、将纯水和TE 放在50℃水浴摇床中预热。 三、洗胶块

1、从水浴摇床中拿出screw-cap 管,盖上绿色的screened-cap 。轻轻倒掉 CLB 。在实验台上轻磕管底使胶块落在管底。 注意:

把管倒置在吸水纸上,使管内液体被尽量排除干净。随后的操作中也如此。 2、每管中加入15ml 预热的纯水。

3、确保胶块在液面下而不在管壁或盖子上,放回50℃水浴摇床中,摇10分钟。

4、倒掉水,用纯水再洗一次。、

5、倒掉水,加入15ml 预热的TE ,在50℃的水浴摇床中摇15分钟。

6、倒掉TE ,用TE 重复洗三次,每次10-15分钟。 7、倒掉TE ,加入10ml TE,放在4℃冰箱保存备用。 注意:要确保胶块在液面下而不在管壁或盖子上。 四、胶块内DNA 的酶切

1、在1.5ml eppendorf管上标记好相应的样品及H9812的名称。 2、按照下面的比例配制缓冲液H 的稀释液,混匀。 试剂μl/胶块μl /10胶块 纯水180μl1800μl Buffer D20μl200μl 总体积200μl2000μl 注意:缓冲液要置于冰上。

3、在每个1.5ml eppendorf管中加入200μl缓冲液H 的稀释液。 4、小心从TE 中取出胶块放在干净的培养皿上。

5、用刀片切下2mm 宽的胶块放入1.5ml eppendorf管中。确保胶块在液面下面。将剩余的胶块放回原来的TE 中。

6、用同样的方法处理标准株H9812的胶块。 7、将管子放在37℃水浴中孵育10-15分钟。

8、在用稀释缓冲液孵育的过程中,按照以下的比例配制酶切缓冲液,混匀。 试剂μl/胶块μl /10胶块

纯水175μl1750μl Buffer D20μl200μl 酶(10U/μl5μl50μl 总体积200μl2000μl 注意:

(1将酶置于冰上,用后立即放在-20℃保存。 (2用枪头吸出缓冲液H ,避免损伤胶块。

9、每管加入200μl混合液,轻轻在实验台上磕管子的底部,确保胶块在液面的下面。

10、在37℃水浴中孵育至少2小时。 五、加样

(一 将胶块直接粘在梳子齿上

1、调整梳子的高度,使梳子齿与胶槽的底面相接触。用水平仪调整胶槽使 其水平。

2、从37℃水浴中取出胶块,平衡到室温。 3、用枪头吸出酶切混合液,避免损伤或吸出胶块。 4、每管加入200μl 0.5×TBE 。

5、把梳子平放在胶槽上,把胶块加在梳子齿上。如果用的是10个齿的梳 子,把标准菌株H9812加在第1、5、10个齿上。


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