王群(6)

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Number of HSP's gapped: 5563

Number of HSP's successfully gapped: 14 Length of database: 18,561,777 X1: 11 (21.8 bits) X2: 15 (29.7 bits) X3: 50 (99.1 bits) S1: 13 (26.3 bits) S2: 25 (50.1 bits)

由此拿出全基因组中含有上述决定分类的相关基因。 其它基因同理如上。 2.3.4 基因结构比对

方法：

首先进入NCBI的官网http://www.ncbi.nlm.nih.gov/，在右侧选择BLAST,点击进入，然后选择nucleotide blast，点击进入,复制查询到的全基因中的保守序列，粘贴到Enter accession number(s),gi(s),or FASTA sequence(s)下面的框中，选择Show results in a new window，然后点击蓝框BLAST，进入比对。

以beta-tubulin gene为例，对基因的内含子和外显子进行分析： >um05828 probable tubulin beta chain

1 ATGCGTGAGA TTGTCCACCT TCAGACCGGT CAGTGTGGTA ACCAGGTCGG TACCAAGTTC 61 TGGGAAGTGC TCTCGGACGA ACATGGCATC GACCACAACG GTAACTACAT TGGCACCAGC 121 GACGACCAGC TCGCCCGCAT CAATGTCTAC TACAATGAGG CCAGCGGAAA CAAGTATGTG 181 CCGCGTGCCG TGCTCGTCGA CTTGGAGCCC GGTACCATGG ACTCTACCCG TTCGGGTCCT 241 CTTGGTGGAC TTTTCCGCCC AGACAACTTT GTGTTTGGTC AGTCGGGTGC CGGTAACAAC 301 TGGGCCAAGG GTCACTACAC CGAGGGTGCC GAGCTTGTCG ACTCGGTGCT CGATGTCATC 361 CGCAAGGAGG CCGAAAACTG TGACATGCTT CAAGGTTTCC AGATCACCCA CTCGCTCGGT 421 GGTGGTACGG GTGCCGGTAT GGGTACGCTG CTCATCTCCA AGATCCGCGA GGAGTACCCG 481 GACCGAATGA TGGCTACCTT CTCGGTTCTG CCTTCGCCCA AGGTGTCGGA CACGGTTGTG 541 GAACCTTACA ACGCTACGCT CTCGGTGCAC CAGCTGGTCG AGAACTCGGA CGAGACCTTC 601 TGTATCGACA ACGAGGCGCT GTACAACATC TGCTTCAAGA CGCTCAAGCT CAACGCCCCC 661 ACGTACGGTG ACCTGAACCA CCTGGTGTCG CTCGTCATGT CTGGTGTGAC GACTTGCCTG 721 CGTTTCCCCG GTCAGCTCAA CTCGGACTTG CGCAAGCTGG CTGTCAACAT GGTTCCCTTC 781 CCTCGTCTGC ACTTCTTCAT GGTTGGTTTC TCACCTCTGA CCGCGCGTGG CTCGCAGTCG 841 TACCGTGCTG TGACGATCCC CGAGATCACG CAGCAGGCGT TTGACAGCAA GAACATGATG 901 ACGGCTTGCG ACACTCGTCT TGGGCGCTAC CTCACGTGCG CCGCGTACTT CCGTGGTAAG 961 GTTTCCATGA AGGACGTCGA GGATCAGATG CAGAGCTTCC AGCAGAAGCA CTCGACGCAG 1021 TTTGTCGAGT GGATCCCCAA CAATGTGCAG ACGGCACAGT GTGACATTCC TCCTCGTGGC 1081 CTCAAGATGT CGGTCACGTT TATCGGCAAC TCGACTGCGA TCCAGGATGT GTTCAAGCGT 1141 ATCGCCGAGC AATTCTCGGC CATGTTTAAG CGCAAGGCGT TCTTGCACTG GTACACGGGT 1201 GAGGGTATGG ACGAGATGGA GTTCACCGAG GCCGAGTCCA ACTTGCAAGA CTTGATCGCC 1261 GAGTACCAAC AGTACCAGGA TGCCTCTGCT CTGGACGAGG ACATTGAGGG CGAGTACATT

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1321 GAGGAGGAGG AGCTTGTTCA GGAGTAA

>sr16450 probable tubulin beta chain

1 ATGCGTGAGA TTGTCCACCT TCAGACCGGT CAGTGTGGTA ACCAGGTCGG TACCAAGTTC 61 TGGGAGGTGC TCTCGGACGA GCACGGAATC GACCACAACG GTAACTACAT CGGCACCAGC 121 GACGACCAGC TCGCCCGCAT CAACGTCTAC TACAATGAGG CCAGCGGCAA CAAGTACGTG 181 CCCCGTGCCG TGCTCGTCGA CCTCGAGCCC GGCACCATGG ACTCGACGCG TTCCGGCCCG 241 CTCGGCGGCC TCTTCCGCCC CGACAACTTT GTCTTTGGTC AGTCCGGTGC CGGCAACAAC 301 TGGGCCAAGG GCCACTACAC CGAGGGTGCC GAGCTCGTCG ACTCGGTGCT CGACGTCATC 361 CGCAAGGAGG CCGAGAACTG CGACATGCTC CAGGGCTTCC AGATCACGCA CTCGCTCGGC 421 GGTGGTACCG GTGCCGGCAT GGGCACGCTG CTCATCTCCA AGATCCGCGA GGAGTACCCG 481 GACCGCATGA TGGCCACCTT CTCGGTGCTG CCCTCGCCCA AGGTGTCGGA CACGGTGGTC 541 GAGCCGTACA ACGCGACCCT GTCGGTGCAC CAGCTCGTCG AGAACTCGGA CGAGACGTTC 601 TGTATCGACA ACGAGGCGCT GTACAACATC TGCTTCAAGA CGCTCAAGCT CAACGCGCCC 661 ACGTACGGCG ACCTCAACCA CCTCGTGTCG CTCGTCATGT CCGGCGTCAC CACGTGCCTG 721 CGTTTCCCCG GTCAGCTCAA CTCGGACCTG CGCAAGCTGG CGGTCAACAT GGTGCCCTTC 781 CCGCGTCTCC ACTTCTTCAT GGTGGGCTTC TCGCCGCTGA CGGCGCGCGG CTCGCAGTCG 841 TACCGCGCGG TGACGATCCC CGAGATCACG CAGCAGGCGT TTGACAGCAA GAACATGATG 901 ACGGCGTGCG ACACGCGCCT GGGCCGCTAC CTCACGTGCG CCGCCTACTT CCGCGGCAAG 961 GTGTCGATGA AGGACGTCGA GGACCAGATG CAGAGCTTCC AGCAGAAGCA CTCTACGCAG 1021 TTTGTCGAGT GGATCCCCAA CAACGTGCAG ACGGCGCAGT GCGACATCCC GCCGCGCGGG 1081 CTCAAGATGT CGGTGACGTT CATCGGCAAC TCGACTGCGA TCCAGGACGT GTTCAAGCGC 1141 ATCTCGGAGC AGTTCTCGGC CATGTTCAAG CGCAAGGCGT TCTTGCACTG GTACACGGGT 1201 GAGGGCATGG ACGAGATGGA GTTCACCGAG GCCGAGTCGA ACCTGCAGGA CCTGATCGCC 1261 GAGTACCAGC AGTACCAGGA CGCTTCTGCT CTCGACGAGG ACATTGAGGG CGAGTACATT

1321 GAGGAGGAGG AGCTGGTCCA GGAGTAA

Blastocladiella britannica strain FSU2500 clone 1 beta-tubulin (btub3) gene, partial cds

1 gatcggcgcc aagttctggg aggttatctc ggacgagcac ggtatcgacc ccaccggtac

61 ctaccacggc gactctgacc tccagctgga gcgcatcaac gtttactaca acgagggtac 121 atattctttt actttttcct tctttttcct tctctgtgcg cgtgcgtgtg tagcaacaaa 181 acaaaacaaa acaaaacact acaaaacgcc gcgtaaacaa caacaaaaaa ctcaacgatc 241 aattcaataa acctaaacaa ccaataaaaa tgcaatagcc accggtggca agtacgtgcc 301 ccgcgccgtc ctggtcgacc tcgagcccgg aaccatggac tctgttcgcg ccggtccctt 361 cggccagctc ttccgccccg acaactttgt gtttggccag tccggcgccg gtaacaactg 421 ggccaagggt cactacaccg agggtgccga gctcgtcgac tctgtgctcg acgttgtccg 481 caaggaggcc gagtcgtgcg actgcctgca gggtttccag atcacccact cgctcggtgg 541 cggtaccggt gccggcatgg gcacgctcct gatctccaag attcgcgagg agtaccccga 601 ccgcatgatg tgcacgttct cggtggtgcc gtcgcccaag gtgtcggaca ccgttgtcga

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661 gccctacaac gccaccctgt cggtccacca gctggtcgag aactcggacg agacgttctg 721 cattgacaac gaggcgctgt acgacatttg cttccgtacc ctcaagctca ccaccccgac 781 gtacggtgat ctcaaccacc tggtgtcggc ggtcatgtcg ggtatcacga cgtgcctgcg 841 tttccccggt cagctcaacg ccgatctccg caagctcgcc gtgaacatgg ttcccttccc 901 gcgtctgcac ttcttcatgg tcggcttcgc gcccctgacg tcgcgcggct cgcagcagta 961 ccgtgccctg acggtccccg agctcaccca gcagatgttc gatgccaaga acatgatggc 1021 cgcgtcggac ccccgccacg gtcgctacct gacggttgcc gccatgttcc gtggccgcat 1081 gtcgatgaag gaggtggacg agcagatgct caacgcccag aacaagaact cgtcgtactt 1141 tgtggagtgg atccccaaca acgtcaagac cgccgtgtgc gacatccccc ccaagggcct 1201 caagatgtcg gtgacgttcc tgggtaactc gaccgccatt caggagctgt tcaagcgtat 1261 ctcggaccag ttcacggcca tgttccgtcg caaggccttc ttgcactggt acacgggcga

1321 gggc

>CH063_01300 | Colletotrichum higginsianum IMI 349063 tubulin beta-2 chain (1887 nt)

1 ATGCGTGAGA TCGTAAGTGG TCTTCTCTCC TGTCCATCAG TCAACACAAC AAACCTGCGA 61 CGCGTCGGAC GACAAATAAT TGGGCTTGCC CCTGAGCAAA CCCCGCCGAC ATTTCCACTC 121 AACGCCGGCC CTCACCGAAC ACGGCCGCGA TGCCATCACC AACTGCGCTC ACCTTGGGGA 181 TATCTTGCTG ACTTTTCTTT CTTCCTCTCT CGATAGGTTC ACCTTCAGAC CGGCCAGTGC 241 GTAAGTCTCT CCTGATAGAT GCTGCCGACC CAACGAATCT CAGTGCGGGG CTAACCTTTC 301 TTCGAATAGG GTAACCAGAT TGGTGCTGCC TTTTGGTGCG TAGCCAGACC GACGCCAACG 361 GCTCGACGAT ATCGATCTCG AAAGGAAACA ACTCATTGAC TGTGGCGTAG GCAAAACATC 421 TCTGGCGAAC ACGGCCTTGA CAGCAATGGC GTGTATGTTG TCGACCTCCT GATCAGGCCC 481 TGACCGCGAA TTCACCGCTA ATCCCCCCCA ACAGGTACAA CGGCACCTCT GAGCTCCAGC 541 TCGAGCGCAT GAGCGTCTAC TTCAACGAAG TTTGTCATCC TAGTCCCCCA GTGTGCAGAT 601 AAACCTATTG ACGAATACTG ACCTTCTCAC TTAACCAGGC TTCCGGCAAC AAGTATGTCC 661 CCCGCGCCGT CCTCGTCGAC TTGGAGCCCG GTACCATGGA CGCTGTCCGC GCTGGCCCCT 721 TCGGCCAGCT CTTCCGCCCC GACAACTTCG TCTTCGGCCA GTCTGGTGCC GGCAACAACT 781 GGGCCAAGGG TCACTACACC GAGGGAGCTG AGCTCGTCGA CCAGGTCCTC GACGTCGTCC 841 GCCGCGAGGC TGAGGGCTGT GACTGCCTCC AGGGTTTCCA GATTACCCAC TCTCTCGGTG 901 GTGGTACCGG TGCCGGTATG GGTACCCTGC TGATCTCCAA GATCCGCGAG GAGTTCCCCG 961 ATCGCATGAT GGCCACCTTC TCCGTCGTCC CCTCCCCCAA GGTCTCTGAC ACTGTTGTTG 1021 AGCCTTACAA CGCTACTCTT TCCGTCCACC AGCTGGTCGA GAACTCGGAC GAGACCTTCT 1081 GCATTGACAA CGAGGCTCTC TACGACATCT GCATGCGTAC TCTCAAGCTT TCCAACCCCT 1141 CCTACGGCGA CCTGAACCAC CTTGTCTCTG CCGTCATGTC CGGTGTTACC ACTTGCCTGC 1201 GTTTCCCTGG TCAGCTGAAC TCTGACCTGC GCAAGCTGGC CGTCAACATG GTTCCTTTCC 1261 CCCGTCTCCA CTTCTTTATG GTCGGCTTCG CTCCCCTGAC CAGCCGTGGT GCCCACTCCT 1321 TCCGCGCCGT CAGCGTTCCC GAGCTCACCC AGCAAATGTT CGACCCCAAG AACATGATGG 1381 CTGCTTCCGA CTTCCGCAAC GGTCGCTACC TGACCTGCTC TGCCATCTTG TAAGTGCCTT 1441 TTATTCGGCG GCTCATTATC GAACTCTCCG CTAACCGTCC TACCCCCTCT TAGCCGTGGT

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1501 AAGGTCGCCA TGAAGGATGT TGAGGACCAG ATGCGCAACG TCCAGAACAA GAACTCTTCC 1561 TACTTTGTCG AGTGGATTCC CAACAACGTC CAGACCGCTC TCTGCTCCAT CCCCCCCCGC 1621 GGTCTCAAGA TGTCCTCCAC TTTTGTTGGC AACTCTACCG CCATTCAGGA GCTCTTCAAG 1681 CGTGTCGGCG AGCAGTTCAC CGCCATGTTC CGTCGCAAGG CTTTCTTGCA TTGGTACACT 1741 GGTGAGGGTA TGGACGAGAT GGAGTTTACT GAGGCCGAGT CCAACATGAA CGACTTGGTC 1801 TCCGAGTACC AGCAGTACCA GGACGCTGGT GTTGACGAGG AGGAGGAGGA GTACGAGGAG 1861 GATGTCCCTC TTGAGGAGGA GGTTTAA

>GLRG_08786 | Colletotrichum graminicola M1.001 tubulin/FtsZ family protein (1870 nt)

1 ATGCGTGAGA TTGTAAGTCC TTCCCCTCAA TCATTCGTAA CAAATAAACC TGCGACCGAC 61 GCGTTTGGCG ACGAATCGTC GGCCTTGCCC CTGAACGTAC CCCGCCGACA TTTCCACCCA 121 ACACTGGTCC TCACCGAAGA CGACCACGAT TGCCATCACC GACAGTATGC ACCTTGGGGA 181 TATATCGCTG ACCATTGATT GTTATACTCG ATAGGTTCAC CTCCAGACCG GCCAGTGCGT 241 AAGTCTTCTC TGATCCCAAC CAACAATCCA AGGTGCGGGG CTAACTTCTT TGAATAGGGT 301 AACCAGATTG GTGCTGCCTT TTGGTGCGTA GCCAGACCGA CATCATCGAC TTCGGCGAGA 361 TTGGCCTCGA AAAGACATTG GATATTAATA CGGGCACAGG CAAAACATCT CTGGCGAGCA 421 CGGCCTCGAC AGCAATGGCG TGTATGTTGC CAACCTCCAG ATCTGGCCAC TTCCTCGAGT 481 TCACCGCTAA TTTCTCAACA GTTACAATGG CACCTCTGAG CTCCAGCTCG AGCGCATGAG 541 CGTCTACTTC AACGAAGTTT GTTATCCTAG CCCCCCCCAG GAAGCAGACA AACCTATTGA 601 TGAATACTGA CCTTGTCACG TACCCAGGCT TCCGGCAACA AGTATGTCCC TCGCGCCGTC 661 CTCGTCGACT TGGAGCCCGG TACCATGGAT GCTGTTCGCG CCGGCCCCTT CGGCCAGCTT 721 TTCCGCCCCG ACAACTTCGT CTTTGGCCAG TCCGGTGCCG GCAACAACTG GGCCAAGGGT 781 CACTACACCG AAGGAGCTGA GCTTGTCGAC CAGGTCCTTG ACGTCGTCCG CCGCGAGGCT 841 GAGGGCTGCG ACTGCCTTCA GGGCTTCCAG ATTACCCACT CCCTTGGTGG AGGTACTGGT 901 GCCGGTATGG GTACTCTGTT GATCTCCAAG ATTCGCGAGG AGTTCCCCGA CCGCATGATG 961 GCTACCTTTT CCGTCGTTCC CTCCCCTAAG GTTTCCGACA CCGTTGTTGA GCCCTACAAC 1021 GCCACTCTCT CCGTCCACCA GCTGGTTGAG AACTCCGATG AGACCTTCTG CATTGATAAC 1081 GAGGCTCTCT ACGACATCTG CATGCGTACT CTTAAGCTCT CTAACCCCTC GTACGGCGAC 1141 CTGAACCATC TCGTCTCTGC CGTCATGTCC GGTGTCACTA CCTGCCTGCG TTTCCCTGGT 1201 CAGCTGAACT CTGACCTGCG TAAGCTGGCC GTCAACATGG TTCCTTTCCC CCGTCTTCAC 1261 TTCTTCATGG TCGGATTCGC TCCCCTGACC AGCCGTGGTG CCCACTCTTT CCGCGCTGTC 1321 AGCGTTCCTG AGCTCACCCA GCAGATGTTC GACCCCAAGA ACATGATGGC TGCCTCTGAC 1381 TTCCGCAACG GTCGCTACCT GACCTGCTCT GCCATCTTGT AAGTGTCATT TCCAGCCAAC 1441 CTACAATGTC AGCACTTGCT AACAGCTGCC TCTCAGCCGT GGTAAGGTCG CCATGAAGGA 1501 CGTCGAGGAC CAGATGCGCA ACGTCCAGAA CAAGAACTCT TCTTACTTCG TCGAGTGGAT 1561 CCCCAACAAT GTCCAGACCG CCCTCTGCTC CATTCCTCCC CGCGGCCTCA AGATGTCCTC 1621 CACCTTTGTC GGTAACTCTA CCGCCATCCA GGAGCTCTTC AAGCGTGTCG GTGAGCAGTT

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1681 CACTGCCATG TTCCGTCGCA AGGCTTTCTT GCATTGGTAC ACTGGTGAGG GTATGGACGA 1741 GATGGAGTTC ACTGAGGCTG AGTCCAACAT GAACGACTTG GTCTCTGAGT ACCAGCAGTA 1801 CCAGGACGCT GGTGTTGATG AGGAGGAGGA GGAGTACGAG GATGACGCCC CCCTGGAGGA 1861 GGAGGTTTAA

C.graminicola beta-tubulin-2 (TUB2) gene, complete cds

1 cccgggtctt ggatcggaga gaacagagga gcagaatagg gattattggg taggcaggta

61 cgtgcccagg taacacgtcg tgcctgccaa tcaacgccga tctgagtcct cgacttgttg 121 cgacccacca tcaaatagtg cctgggaatg gtctttcccc aatcaggatc gtgcacggat 181 cccaatagta aacaagcgag ctgcaccctt ttcctctctg gcctgtctct gggcacctgg 241 cctgtggcgg tgagcgaaat cacgtttacc cgcaaaacaa aaatcaacaa cctttcccct 301 acctaaccac accttaatct catccacttt ccaaccacgt ccaccttgga agcttcgcgc 361 agctctcaag cacctcccac tcgtcctctc ctttgctcca tcgtcggcct agtcagctca 421 agagcttttc tccattcaca atgcgtgaga ttgtaagtcc ttcccctcaa tcattcgtaa 481 caaataaacc tgcgaccgac gcgtttggcg acgaatcgtc ggccttgccc ctgaacgtac 541 cccgccgaca tttccaccca acactggtcc tcaccgaaga cgaccacgat tgccatcacc 601 gacagtatgc accttgggga tatatcgctg accattgatt gttatactcg ataggttcac 661 ctccagaccg gccagtgcgt aagtcttctc tgatcccaac caacaatcca aggtgcgggg 721 ctaacttctt tgaatagggt aaccagattg gtgctgcctt ttggtgcgta gccagaccga 781 catcatcgac ttcggcgaga ttggcctcga aaagacattg gatattaata cgggcacagg 841 caaaacatct ctggcgagca cggcctcgac agcaatggcg tgtatgttgc caacctccag 901 atctggccac ttcctcgagt tcaccgctaa tttctcaaca gttacaatgg cacctctgag 961 ctccagctcg agcgcatgag cgtctacttc aacgaagttt gttatcctag ccccccccag 1021 gaagcagaca aacctattga tgaatactga ccttgtcacg tacccaggct tccggcaaca 1081 agtatgtccc tcgcgccgtc ctcgtcgact tggagcccgg taccatggat gctgttcgcg 1141 ccggcccctt cggccagctt ttccgccccg acaacttcgt ctttggccag tccggtgccg 1201 gcaacaactg ggccaagggt cactacaccg aaggagctga gcttgtcgac caggtccttg 1261 acgtcgtccg ccgcgaggct gagggctgcg actgccttca gggcttccag attacccact 1321 cccttggtgg aggtactggt gccggtatgg gtactctgtt gatctccaag attcgcgagg 1381 agttccccga ccgcatgatg gctacctttt ccgtcgttcc ctcccctaag gtttccgaca 1441 ccgttgttga gccctacaac gccactctct ccgtccacca gctggttgag aactccgatg 1501 agaccttctg cattgataac gaggctctct acgacatctg catgcgtact cttaagctct 1561 ctaacccctc gtacggcgac ctgaaccatc tcgtctctgc cgtcatgtcc ggtgtcacta 1621 cctgcctgcg tttccctggt cagctgaact ctgacctgcg taagctggcc gtcaacatgg 1681 ttcctttccc ccgtcttcac ttcttcatgg tcggattcgc tcccctgacc agccgtggtg 1741 cccactcttt ccgcgctgtc agcgttcctg agctcaccca gcagatgttc gaccccaaga 1801 acatgatggc tgcctctgac ttccgcaacg gtcgctacct gacctgctct gccatcttgt 1861 aagtgtcatt tccagccaac ctacaatgtc agcacttgct aacagctgcc tctcagccgt 1921 ggtaaggtcg ccatgaagga cgtcgaggac cagatgcgca acgtcctgaa caagaactct

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