根据《契税暂行条例》的直接规定，房屋、土地的买卖、赠与、交换等均为应税事项。其中，“交换”情形中，计税基础为“差额”，等额交换免交契税。
国有、集体企业出售，被出售企业法人予以注销，并且买受人按照《劳动法》等国家有关法律法规政策妥善安置原企业全部职工，其中与原企业30%以上职工签订服务年限不少于三年的劳动用工合同的，对其承受所购企业的土地、房屋权属，减半征收契税；与原企业全部职工签订服务年限不少于三年的劳动用工合同的，免征契税。
根据国家税务总局《关于未办理土地使用权证转让土地有关税收问题的批复》（国税函[2007]645号）判断房地产是否转让的依据应该采取实质重于形式的原则，不能以房地产权属证书的变更作为唯一标准。“土地使用者转让、抵押或置换土地过程中是否与对方当事人办理了土地使用权属证书变更登记手续，只要土地使用者享有占有、使用、收益或处分该土地的权利，且有合同等证据表明其实质转让、抵押或置换了土地并取得了相应的经济利益，土地使用者及其对方当事人应当依照税法规定缴纳营业税、土地增值税和契税等相关税收。”
根据《关于企业改制过程中以国家作价出资（入股）方式转移国有图的使用权有关契税问题的通知》，“……以土地、房屋权属作价投资、入股方式转移土地、房屋权属的，视同土地使用权转让征税。因此，对以国家作价出资（入股）方式转移国有土地使用权的行为，应视同土地使用权转让，由土地使用权的承受方按规定缴纳契税。”
五、印花税
根据《关于企业改制过程中有关印花税政策的通知》（财税[2003]183号）第3条“关于产权转移书据的印花税”的规定，企业因改制签订的产权转移书据免予贴花。
因此，如果导致资产所有权转移的原因是因为“产权转移”，则产权转移书据免予贴花。此处的产权转移是指具体资产的产权，和《关于转让企业全部产权不征收增值税问题的批复》中的产权应该不是同一个内涵。又因为目前企业改制（是指从非公司制企业改制为公司制企业，不是指股份制改制）的工作已经基本完成，因此此免税规定的适用范围其实并不大。
除上述改制的免税规定外，资产的转让（包括整体资产转让、整体资产置换等）均应依法按照对应的税目缴纳印花税。
第五章企业合并中的税务处理
企业合并是指一家或多家企业（以下称为合并企业）将其全部资产和负债转让给另一家现存或新设企业（合并企业），被合并企业换取合并企业的股权或非股权支付，实现两个或两个以上企业的依法合并。
根据上述定义，可以将合并分为两种——吸收合并和新设合并，前者是指一个公司吸收其他公司，被吸收公司解散；后者是指两个或两个以上公司合并设立一个新的公司，合并各方解散。
一、企业所得税
（一）特殊性税务处理
1、特殊性税务处理的条件
（1）具有合理的商业目的，且不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的。
（2）企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动。
（3）重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。 （4）企业股东在该企业合并发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，以及同一控制下且不需要支付对价的企业合并。 2、处理原则
（1）合并企业接受被合并企业资产和负债的计税基础，以被合并企业的原有计税基础确定。 （2）被合并企业合并前的相关所得税事项由合并企业承继。
（3）可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额=被合并企业净资产公允价值×截至合并业务发生当年年末国家发行的最长期限的国债利率。
亏损的限额，是指按税法规定的剩余结转年限内，每年可由合并企业弥补的被合并企业亏损的限额。
（4）被合并企业股东取得合并企业股权的计税基础，以其原持有的被合并企业股权的计税基础确定。
（5）交易中股权支付暂不确认有关资产的转让所得或损失的，其非股权支付仍应在交易当期确认相应的资产转让所得或损失，并调整相应资产的计税基础。
（6）合并后的存续企业性质及适用税收优惠的条件未发生改变的，可以继续享受合并前该企业剩余期限的税后优惠，其优惠金额按存续企业合并前1年的应纳税所得额（亏损计为0）计算。 3、举例说明如下：
A企业合并B企业，B企业被合并时账面净资产为4500万元，评估公允价值为5500万元。B企业股东收到合并后企业股权4800万元，其他非股权支付700万元，则股权支付额占交易支付总额比例为4800/5500×100%=87.3%，超过85%，双方可以选择特殊性税务处理，即资产增值部分1000万元不缴纳企业所得税。同时，双方的股份置换液不确认转让所得或损失。假设此比例不超过85%，则资产增值部分1000万元要缴纳企业所得税250万元，股份支付也要确认所得或损失。
但是在特殊性税务处理中，非股权支付额仍然要缴纳所得税。根据59号文第6条第6项的规定，重组交易各方按规定对交易中股权支付暂不确认有关资产的转让所得或损失的，其非股权支付仍应在交易当期确认相应的资产转让所得或损失，并调整相应资产的计税基础。
非股权支付对应的资产转让所得或损失=（被转让资产的公允价值－被转让资产的计税基础）×（非股权支付金额/被转让资产的公允价值）
继续以上面为例，B企业股东取得新合并企业股权4800万元，取得非股权收入700万元。假如B企业股东原投入B企业的股权投资成本为3500万元，则增值4800+700－3500=2000万元。股东取得的非股权收入700万元对应的转让所得为：2000×（700/5500）=254.55万元。股东取得新股的计税成本不是4800万元，而是3500－700+254.55=3054.55万元。这就是财税[2009]59号文件第6条第4项规定的“被合并企业股东取得合并企业股权的计税基础，以其原持有的被合并企业股权的计税基础确定”。
特殊合并的企业，由于被合并企业的资产增值和损失在税收上没有确认，所以，接受资产时也是以原企业资产账面价值作为计税基础，被合并企业合并前的相关所得税事项由合并企业承继。如
上例中，A企业合并B企业，尽管B企业净资产的公允价值为5500万元，但其账面价值为4500万元，合并后的企业只能以4500万元作为接受资产的计税基础。 4、需要说明的问题
由前述可知，在满足特殊性税务处理前三项条件的基础上，同一控制下且无须支付对价的企业合并可适用特殊性税务处理。但在财税[2009]59号文件中没有对“同一控制”的明确规定，根据后来的《企业重组业务企业所得税管理办法》第二十一条规定，“同一控制”是指参与合并的企业在合并前后均受同一方或相同的多方最终控制，且该控制并非暂时性的。能够对参与合并的企业在合并前后均实施最终控制权的相同多方，是指根据合同或协议的约定，对参与合并企业的财务和经营政策拥有决定控制权的投资者群体。在企业合并前，参与合并各方受最终控制方的控制在12个月以上，企业合并后所形成的主体在最终控制方的控制时间也应达到连续12个月。
（二）一般性税务处理
1、财税[2009]59号文件规定的处理原则
（1）合并企业应按公允价值确定接受被合并企业各项资产和负债的计税基础。 （2）被合并企业及其股东都应按清算进行所得税处理。 （3）被合并企业的亏损不得在合并企业结转弥补。 2、确认被合并企业资产转让所得
根据上面的处理原则，被合并企业应按清算进行所得税处理。清算所得为企业的全部资产的可变现净值或交易价格，减除资产的计税基础、清算费用、相关税费，加上债务清偿损益等后的余额。其中债务清偿损益为债务计税基础减去债务的实际偿还金额。正数为收益，负数为损失；相关税费为企业在清算过程中实际发生的相关税费，不包括企业以前年度欠税。
二、增值税
根据《关于纳税人资产重组有关增值税问题的公告》（国家税务总局公告2011年第13号）规定“纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、负债和劳动力一并转让给其他单位和个人，不属于增值税的征税范围，其中涉及的货物转让，不征收增值税。”
三、营业税
在合并过程中，是企业股东层面的资本运作，并不发生资产本身的交易行为，类似于股权转让和产权转让，因此，一般情况下不会直接导致营业税税负。根据《关于股权转让有关营业税问题的通知》（财税[2002]191号），“对股权转让不征收营业税”。此外，根据《关于纳税人资产重组有关营业税问题的公告》（国家税务总局公告2011年第51号），纳税人在资产重组过程中，通过合并将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、债务和劳动力一并转让给其他单位和个人的行为，不属于营业税征收范围，其中涉及的不动产、土地使用权转让，不征收营业税。
四、契税
财政部、国家税务总局《关于企业改制重组若干契税政策的通知》（财税[2008]175号）的规定，两个或两个以上的企业，依据法律规定、合同约定，合并改建为一个企业，且原投资主体存续的，
对其合并后的企业承受原合并各方的土地、房屋权属，免征契税。根据国家税务总局《关于企业改制重组契税政策若干执行问题的通知》（国税发[2009]89号）的规定，上述企业是指公司制企业，包括股份有限公司和有限责任公司。
根据以上规定及《契税暂行条例》的相关规定，如果发生新设合并，合并后的企业应当按规定缴纳契税。
对于企业事业单位以合并形式改制重组中的契税，《财政部国家税务总局关于企业事业单位改制重组契税政策的通知》（财税[2012]4号）予以明确，两个或两个以上的公司，依据法律规定、合同约定，合并为一个公司，且原投资主体存续的，对其合并后的公司承受原合并各方的土地、房屋权属，免征契税。
五、印花税
根据《关于企业改制过程中有关印花税政策的通知》（财税[2003]183号）规定：
（1）以合并方式成立的新企业，其新启用的资金账簿记载的资金，凡原已贴花的部分可不再贴花，未贴花的部分和以后新增加的资金按规定贴花。这里的合并包括吸收合并和新设合并。 （2）企业改制前签订但尚未履行完的各类应税合同，改制后需要变更执行主体的，对仅改变执行主体、其余条款未作变动且改制前已贴花的，不再贴花。 （3）企业因改制签订的产权转移书据免予贴花。
公司改制包括国有企业依《公司法》整体改造成国有独资有限责任公司；企业通过增资扩股或者转让部分产权，实现他人对企业的参股，将企业改造成有限责任公司或股份有限公司；企业以其部分财产和相应债务与他人组建新公司；企业将债务留在原企业，而以其优质财产与他人组建的新公司。因此，如果合并企业满足上述条件即可按照相关规定免予贴花。