第I纲 铁还原杆菌纲(Deferribacteres class. nov.) 第I目 铁还原杆菌目(Deferribacterales ord. nov.) 第I科 铁还原杆菌科(Deferribacteraceae fam. nov.) 第I属 铁还原杆菌属(Deferribacter) 第II属 氮还原弧菌属(Denitrovibrio) 第III属 弯枝菌属(“Flexistipes”) 第IV属 地弧菌属(Geovibrio) 未定属
第I属 互养菌属(Synergistes)
第BX门 蓝细菌门(Cyanobacteria)
第I纲 蓝细菌(Cyanobacteria) 第I亚组 第I科
第 I形态属 管孢蓝细菌属(Chamaesiphon) 第 II形态属 色球蓝细菌属(Chroococcus) 第 III形态属 蓝细菌属(Cyanobacterium) 第IV形态属 蓝菌属(Cyanobium) 第 V形态属 蓝丝菌属(Cyanothece) 第VI属 蓝菌属(Dactylococcopsis) 第VII形态属 粘杆菌属(Gloeobacter) 第 VIII形态属 粘球蓝细菌属(Gloeocapsa) 第 IX形态属 粘杆蓝细菌属(Gloeothece) 第 X形态属 微囊蓝胞菌属(Microcystis) 第 XI形态属 原绿球菌属(Prochlorococcus) 第 XII形态属 原绿蓝细菌属(Prochloron) 第 XIII形态属 聚球蓝细菌属(Synechococcus) 第XIV形态属 集胞蓝细菌属(Synechocystis) 第II亚组 第I科
第I形态属 蓝囊胞菌属(Cyanocystis) 第II形态属 小皮果蓝细菌属(Dermocarpella) 第III形态属 斯塔尼尔氏菌属(Stanieria) 第IV形态属 异球蓝细菌属(Xenococcus) 第II科
第I形态属 拟色球蓝细菌属(Chroococcidiopsis) 第II形态属 粘八叠球菌属(Myxosarcina) 第III形态属 宽球蓝细菌属(Pleurocapsa) 第III亚组 第一科
第I形态属 节螺蓝细菌属(Arthrospira) 第II形态属 博氏蓝细菌属(Borzia) 第III形态属 发毛针蓝细菌属(Crinalium)
第IV形态属 吉特勒氏线状蓝细菌属(Geitlerinema)
第V属 盐螺旋藻属(Halospirulina)
第VI形态属 纤发鞘丝蓝细菌属(Leptolyngbya) 第VII形态属 湖丝蓝细菌属(Limnothrix) 第VIII形态属 鞘丝蓝细菌属(Lyngbya) 第IX形态属 微鞘蓝细菌属(Microcoleus) 第X形态属 颤蓝细菌属(Oscillatoria) 第XI形态属 浮霉丝状蓝细菌属(Planktothrix) 第XII形态属 原绿丝蓝细菌属(Prochlorothrix) 第XIII形态属 假鱼腥蓝细菌属(Pseudanabaena) 第XIV形态属 螺旋蓝细菌属(Spirulina) 第XV形态属 斯塔尔氏蓝细菌属(Starria) 第XVI形态属 束蓝细菌属(Symploca) 第XVII形态属 束毛蓝细菌属(Trichodesmium) 第XVIII形态属 灰线蓝细菌属(Tychonema) 第IV亚组 第I科
第I形态属 鱼腥蓝细菌属(Anabaena) 第II形态属 项圈蓝细菌属(Anabaenopsis) 第III形态属 蓝束丝蓝细菌属(Aphanizomenon) 第IV形态属 蓝螺菌属(Cyanospira)
第V形态属 拟筒孢蓝细菌属(Cylindrospermopsis) 第VI形态属 筒孢蓝细菌属(Cylindrospermum) 第VII形态属 节球蓝细菌属(Nodularia) 第VIII形态属 念珠蓝细菌属(Nostoc) 第IX形态属 伪枝蓝细菌属(Scytonema) 第II科
第I形态属 眉蓝细菌属(Calothrix) 第II形态属 胶须蓝细菌属(Rivularia) 第III形态属 单歧蓝细菌属(Tolypothrix) 第V亚组 第I科
第I形态属 拟绿胶蓝细菌属(Chlorogloeopsis) 第II形态属 飞氏蓝细菌属(Fischerella) 第III形态属 吉特勒氏蓝细菌属(Geitleria) 第IV形态属 (Iyengariella)
第V形态属 拟念珠蓝细菌属(Nostochopsis) 第VI形态属 真枝蓝细菌属(Stigonema)
第BXI门 绿菌门(Chlorobi phy. nov.)
第I纲 “绿菌纲”(“Chlorobia”) 第I目 绿菌目(Chlorobiales) 第I科 绿菌科(Chlorobiaceae) 第I属 绿菌属(Chlorobium)
第II属 绿臂菌属(Ancalochloris) 第III属 绿滑菌属(Chloroherpeton) 第IV属 暗网菌属(Pelodictyon) 第V属 突柄绿菌属(Prosthecochloris)
第BXII门 变形杆菌门(Proteobacteria phy. nov.)
第I纲 “阿耳法变形杆菌纲”(“Alphaproteobacteria”) 第I目 红螺菌目(Rhodospirillales) 第I科 红螺菌科 (Rhodospirillaceae) 第I属 红螺菌属(Rhodospirillum) 第II属 固氮螺菌属(Azospirillum) 第III属 磁螺菌属(Magnetospirillum) 第IV属 棕色螺菌属(Phaeospirillum) 第V属 红篓菌属(Rhodocista) 第VII属 红螺旋菌属(Rhodospira) 第VII属 海玫瑰菌属(Rhodothalassium) 第VIII属 玫瑰弧菌属(Rhodovibrio) 第IX属 蔷薇螺菌属(Roseospira) 第X属 斯科曼氏球菌属(Skermanella) 第II科 醋杆菌科(Acetobacteraceae) 第I属 醋杆菌属(Acetobacter) 第II属 嗜酸菌属(Acidiphilium) 第III属 酸球形菌属(Acidisphaera) 第IV属 酸胞菌属(Acidocella) 第V属 酸单胞菌属(Acidomonas) 第VI属 (Asaia)
第VII属 脆弱球菌属(Craurococcus)
第VIII属 葡糖酸醋杆菌属(Gluconacetobacter) 第IX属 葡糖杆菌属(Gluconobacter) 第X属 副脆弱球菌属(Paracraurococcus) 第XI属 红球形菌属(Rhodopila) 第XII属 玫瑰球菌属(Roseococcus) 第XIII属 星状菌属(Stella)
第XIV属 扎瓦尔金氏菌属(Zavarzinia) 第II目 立克次氏体目(Rickettsiales) 第I科 立克次氏体科(Rickettsiaceae) 第I属 立克次氏体属(Rickettsia) 第II属 东方体属(Orientia)
第III属 沃尔巴克氏体属(Wolbachia) 第II科 埃里希氏体科(Ehrlichiaceae) 第I属 埃里希氏体属(Ehrlichia) 第II属 埃及小体属(Aegyptianella) 第III属 无形小体属(Anaplasma)
第IV属 考德里氏体属(Cowdria) 第V属 新立克次氏体属(Neorickettsia) 第VI属 (Xenohaliotis)
第III科 “全孢螺菌科”(“Holosporaceae”) 第I属 全孢螺菌属(Holospora) 第II属 杀手杆菌屑(Caedibacter) 第III属 溶菌属(Lyticum)
第IV属 多核杆菌属(Polynucleobacter) 第V属 类杀手杆菌属(Pseudocaedibacter) 第VI属 共生小体属(Symbiotes) 第VII属 罩杆菌属(Tectibacter) 第VIII属 (Odyssella)
第III目 红杆菌目(Rhodobacterales) 第I科 红杆菌科(Rhodobacteraceae) 第I属 红杆菌属(Rhodobacter) 第II属 阿赫兰氏菌属(Ahrensia) 第III属 下水道球菌属(Amaricoccus) 第IV属 南极杆菌属(Antarctobacter) 第V属 芽殖杆菌属(Gemmobacte r) 第VI属 海氏菌属(Hirschia)
第VII属 生丝单胞菌属(Hyphomonas) 第VIII属 海洋杆状菌属(Maricaulis) 第IX属 甲基盒菌属(Methylarcula) 第X属 十八杆菌属(Octadecabacter) 第XI属 副球菌属(Paracoccus) 第XII属 小红卵菌属(Rhodovulum) 第XIII属 玫瑰菌属(Roseibium) 第XIV属 (Roseinatronobacter) 第XV属 粉红活动菌属(Roseivivax) 第XVI属 玫瑰杆菌属(Roseobacter) 第XVII属 玫瑰变色菌属(Roseovarius) 第XVIII属 红色单胞菌属(Rubrimonas) 第XIX属 鲁杰氏菌属(Ruegeria) 第XX属 箭头菌属(Sagittula) 第XXI属 斯塔雷氏菌属(Staleya) 第XXII属 斯塔普氏菌属(Stappia)
第XXIII属 亚硫酸盐杆菌属（Sulfitobacter） 第IV目 鞘氨醇单胞菌目(“Sphingomonadales”) 第I科 鞘氨醇单胞菌科(“Sphingomonadaceae”) 第I属 鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas） 第II属 芽单泡菌属(Blastomonas) 第III属 赤细菌属(Erythrobacter) 第IV属 赤微菌属(Erythromicrobium) 第V属 红单胞菌属(Erythromonas)
第VI属 产卟啉杆菌属(Porphyrobacter) 第VII嘱 根单胞菌属(Rhizomonas)
第VIII属 橙色杆菌属（Sandaracinobacter） 第IX属 发酵单咆菌属(Zymomonas) 第V目 柄杆菌目(Caulobacterales) 第I科 柄杆菌科(Caulobacteraceae) 第I属 柄杆菌属(Caulobacter) 第II属 不粘柄菌属(Asticcacaulis) 第III属 短波单胞菌属(Brevundimonas) 第IV属 苯基杆菌属(Phenylobacterium) 第VI目 “根瘤菌目”(“Rhizobiales”) 第I科 根瘤菌科(Rhizobiaceae) 第I属 根瘤菌属(Rhizobium) 第II属 土壤杆菌属(Agrobacterium) 第III属 嗜碳菌属(Carbophilus) 第IV属 螯合杆菌属(Chelatobacter) 第V属 剑菌属(Ensifer)
第VI属 中华根瘤菌属(Sinorhizobium) 第II科 巴尔通氏体科(Bartonellaceae) 第I属 巴尔通氏体属(Bartonella) 第III科 市鲁氏菌科(Brucellaceae) 第I属 布鲁氏菌属(Brucella) 第II属 枝面菌属(Mycoplana) 第III属 苍白杆菌属(Ochrobactrum) 第IV科 “叶瘤杆菌科”(“Phyllobacteriaceae”) 第I属 叶瘤杆菌属(Phyllobacterium) 第 II属 异根瘤菌属(Allorhizobium) 第III属 氨基杆菌属(Aminobacter) 第IV属 污水菌属(Aquamicrobium) 第V属 废水杆菌属(Defluvibacter) 第VI属 中间根瘤菌属(Mesorhizobium) 第VII属 假氨基酸杆菌属(Pseudaminobacter) 第V科 “甲基孢囊菌科”(“Methylocystaceae”) 第I属 甲基孢囊菌属(Methylocystis) 第II属 甲基球形菌属(Methylopila) 第III属 甲基弯曲菌属(Methylosinus)
第VI科 “拜叶林克氏菌科”(“Beijerinckiaceae”) 第I属 拜叶林克氏菌属(Beijerinckia) 第II属 螯台球菌属(Chelatococcus) 第III属 德克斯氏菌属(Derxia) 第IV属 （Methylocella）
第VII科 “慢生根瘤菌科”(“Bradyrhizobiaceae”) 第I属 慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium) 第II属 阿菲波菌属(Afipia)