第III属 土壤单胞菌属(Agromonas) 第IV属 芽生杆菌属(Blastobacter) 第V属 包西氏菌属(Bosea) 第VI属 硝化杆菌属(Nitrobacter) 第VII属 寡养菌属(Oligotropha)
第VIII属 红假单胞菌属(Rhodopseudomonas) 第VIII科 生丝微菌科(Hyphomicrobiaceae) 第I属 生丝微菌属(Hyphomicrobium) 第II属 臂微菌属(Ancalomicrobium) 第III属 屈曲杆菌属(Ancylobacter) 第IV属 角微菌属(Angulomicrobium) 第V属 水杆菌属(Aquabacter) 第VI属 固氮根瘤菌属(Azorhizobium) 第VII属 绿芽菌属(Blastochloris) 第VIII属 戴沃斯菌属(Devosia) 第IX属 双歧微菌属(Dichotomicrobium) 第X属 线状微球菌属(Filomicrobium) 第XI属 芽殖菌属(Gemmiger) 第XII属 双头菌属(Labrys)
第XIII属 耗甲基杆菌属(Methylorhabdus) 第XIV属 土微菌属(Pedomicrobium) 第XV属 突柄微菌属(Prosthecomicrobium) 碧XVI属 红微菌属(Rhodomicrobium) 第XVII属 红游动菌属(Rhodoplanes) 第XVIII属 塞里伯氏菌属(Seliberia) 第 XIX属 (Starkeya)
第XX属 黄色杆菌属(Xanthobacter)
第IX科 “甲基杆菌科”(“Methylobacteriaceae”) 第I属 甲基杆菌属(Methylobacterium) 第II属 甲基杆菌属(Protomonas) 第III属 玫瑰单胞菌属(Roseomonas) 第X科 “红菌科”(“Rhodobiaceae”) 第I属 红菌属(Rhodobium)
第II纲 “贝塔变形杆菌纲”(“Betaproteobacteria”) 第I目 “伯克霍尔德氏菌目”(“Burkholderiales”) 第I科 “伯克霍尔德氏菌科”(“Burkholderiaceae”) 第I属 伯克霍尔德氏菌属(Burkholderia) 第II属 贪铜菌属(Cupriavidus) 第III属 劳特罗普氏菌属(Lautropia) 第IV属 (Pandoraea)
第V属 热丝菌属(Thermothrix)
第II科 “罗尔斯通氏菌科”(“Ralstoniaceae”) 第I属 罗尔斯通氏菌属(Ralstonia)
第III科 “草酸杆菌科”(“Oxalobacteraceae”) 第I属 草酸杆菌属(Oxalobacter) 第II属 杜擀氏菌属(Duganella) 第III属 草螺菌属(Herbaspirillum) 第IV属 紫色杆菌属(Janthinobacterium) 第V属 (Massilia)
第VI属 地神菌属(Telluria) 第IV科 产碱杆菌科(Alcaligenaceae) 第I属 产碱杆菌属(Alcaligenes) 第II属 无色杆菌属(Achromobacter) 第III属 鲍特氏菌属(Bordetella) 第IV属 居鸽菌属(Pelistega) 第V属 萨特氏菌属(Sutterella) 第VI属 泰勒氏菌属(Taylorella) 第V科 丛毛单胞菌科(Comamonadaceae) 第I属 丛毛单胞菌属(Comamonas) 第II属 食酸菌属(Acidovorax) 第III属 水杆菌属(Aquabacterium) 第IV属 短单胞菌属(Brachymonas) 第V属 戴尔福特菌属(Delftia) 第VI属 氢噬胞菌属(Hydrogenophaga) 第VII属 艾德昂菌属(Ideonella) 第VIII属 纤发菌属(Leptothrix) 第IX属 极胞菌属(Polaromonas) 第X属 红育菌属(Rhodoferax) 第XI属 玫瑰色半光合菌属(Roseateles) 第XII属 红长命菌属(Rubrivivax) 第XIII属 球衣菌属(Sphaerotilus) 第XIV属 (Tepidimonas) 第XV属 硫单胞菌属(Thiomonas) 第XVI属 贪噬菌属(Variovorax) 第II目“嗜氢菌目”(“Hydrogenophilales”) 第I科“嗜氢菌科”(“Hydrogenophilaceae”) 第I属 嗜氢菌属(Hydrogenophilus) 第II属 硫杆菌属(Thiobacillus)
第III目 “嗜甲基菌目”(“Methylophilales”) 第I科 “嗜甲基菌科”(“Methylophilaceae”) 第I属 嗜甲基菌属(Methylophilus) 第II属 甲基小杆菌属(Methylobacillus) 第III属 食甲基菌属(Methylovorus) 第IV目 奈瑟氏球菌目(“Neisseriales”) 第I科 奈瑟氏球菌科(Neisseriaceae) 第I属 奈瑟氏球菌属(Neisseria) 第II属 小链菌属(Alysiella)
第III属 水螺菌属(Aquaspirillum) 第IV属 链状球菌属(Catenococcus) 第V属 色杆菌属(Chromobacterium) 第VI属 艾肯氏菌属(Eikenella) 第VII属 甲酸弧菌属(Formivibrio) 第VIII属 紫色小杆菌属(Iodobacter) 第IX属 金氏菌属(Kingella) 第X属 微枝杆菌属(Microvirgula) 第XI属 嗜脯氨酸菌属(Prolinoborus) 第XII属 西蒙斯氏菌属(Simonsiella) 第XIlI属 透明颤菌属(Vitreoscilla) 第XIV属 福格斯氏菌属(Vogesella)
第V目 “亚硝化单胞菌目”(“Nitrosomonadales”) 第I科 “亚硝化单胞菌科”(“Nitrosomonadaceae”) 第I属 亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas) 第II属 亚硝化螺菌属(Nitrosospira) 第II科 螺菌科(Spirillaceae) 第I属 螺菌属(Spirillum)
第III科 嘉利翁氏菌科(Gallionellaceae) 第I属 嘉利翁氏菌属(Gallionella) 第VI目 “红环菌目”(“Rhodocyclales”) 第I科 红环菌科 (Rhodocyclaceae) 第I属 红环菌属(Rhodocyclus) 第II属 固氮弧菌属(Azoarcus) 第III属 (Azonexus)
第IV属 固氮螺菌属(Azospira) 第V属 固氮弧菌属(Azovibrio) 第VI属 铁杆菌属(Ferribacterium) 第VII属 丙酸杆状菌属(Propionibacter) 第VIII属 丙酸弧菌属(Propionivibrio) 第IX属 索氏菌属(Thauera) 第X属 动胶菌属(Zoogloea)
第III纲 “伽马变形菌纲”(“Gammaproteobacteria”) 第I目 “着色菌目“(“Chromatiales”) 第I科 着色菌科(Chromatiaceae) 第I属 着色菌属(Chromatium)
第II属 异着色菌属（Allochromatium） 第III属 可变杆菌属(Amoebobacter) 第IV属 盐着色菌属(Halochromatium) 第V属 盐硫杆菌属(Halothiobacillus) 第VI属 等着色菌属(Isochromatium) 第VII属 闪杆菌属(Lamprobacter) 第VIII属 闪囊菌属(Lamprocystis)
第IX属 海洋着色菌属(Marichromatium) 第X属 亚硝化球菌属(Nitrosococcus) 第XI属 斐佛氏菌属(Pfennigia)
第XII属 杆状色菌属(Rhabdochromatium) 第XIII属 热着色菌属(Thermochromatium) 第XIV属 硫碱球菌属(Thioalkalicoccus) 第XV属 荚硫菌属(Thiocapsa) 第XVI属 硫球菌属(Thiococcus) 第XVII属 囊硫菌属(Thiocystis) 第XVIII属 网硫菌属(Thiodictyon) 第XIX属
第XX属 盐荚硫菌属(Thiohalocapsa) 第XXI属 硫明卵菌属(Thiolamprovum) 第XXII属 板硫菌属(Thiopedia)
第XXIII属 热红球菌属(Thiorhodococcus) 第XXIV属 硫红弧菌属(Thiorhodovibrio) 第XXV属 硫螺旋菌届(Thiospirillum)
第II科 外硫红螺菌科（Ectothiorhodospiraceae） 第I属 外硫红螺菌属(Ectothiorhodospira) 第II属 非红单胞菌属(Arhodomonas) 第III属 需盐红螺菌属(Halorhodospira) 第IV属 硝化球菌属(Nitrococcus) 第V属 硫红螺菌属(Thiorhodospira) 第II目酸硫杆菌目 (Acidithiobacillales) 第I科酸硫杆状菌科(Acidithiobacillaceae) 第I属酸硫杆状菌属(Acidithiobacillus) 第II科热硫杆状菌科(Thermithiobacillaceae) 第I属热硫杆状菌属(Thermithiobacillus) 第III目 “黄单胞菌目”(“Xanthomonadales”) 第I科 “黄单胞菌科”(“Xanthomonadaceae”) 第I属 黄单胞菌属(Xanthomonas) 第II属 弗拉特氏菌属(Frateuria) 第III属藤黄单孢菌属 (Luteimonas) 第IV属 溶杆菌属(Lysobacter) 第V属 涅瓦河菌属(Nevskia)
第VI属 假黄单胞菌属(Pseudoxanthomonas) 第VII属 罗思河小杆菌属(Rhodanobacter) 第VIII属 寡养单胞菌属(Stenotrophomonas) 第IX属 木杆菌属(Xylella)
第IV目 “心杆菌目”(“Cardiobacteriales”) 第I科 心杆菌科(Cardiobacteriaceae) 第I属 心杆菌属(Cardiobacterium) 第II属 腐蹄杆菌属(Dichelobacter) 第III属 萨顿氏菌属(Suttonella)
第V目 “硫发菌目”(“Thiotrichales”) 第I科 “硫发菌科”(“Thiotrichaceae”) 第I属 硫发菌属(Thiothrix) 第II属 无色菌属(Achromatium) 第III属 贝日阿托氏菌属(Beggiatoa) 第IV属 亮发菌属(Leucothrix) 第V属 大单胞菌属(Macromonas) 第VI属 硫小杆菌属(Thiobacterium) 第VII属 硫珍珠状菌属(Thiomargarita) 第VIII属 辫硫菌属(Thioploca) 第IX属 硫螺菌属(Thiospira)
第II科 “鱼立克次氏体科”(“Piscirickettsiaceae”) 第I属 鱼立克次氏体属(Piscirickettsia) 第II属 解环菌属(Cycloclasticus) 第III属 氢弧菌属(Hydrogenovibrio) 第IV属 噬甲基菌属(Methylophaga) 第V属 硫微螺菌属(Thiomicrospira)
第III科 “弗朗西斯氏菌科”(“Francisellaceae”) 第I属 弗朗西斯氏菌属(Francisella) 第VI目 “军团菌目”(“Legionellales”) 第I科 军团菌科(Legionellaceae) 第I属 军团菌属(Legionella)
第II科 “考克斯氏体科”(“Coxiellaceae”) 第I属 考克斯氏体属(Coxiella) 第II属 立克次氏小体属(Rickettsiella) 第VII目 甲基球菌目(Methylococcales) 第I科 甲基球菌科(Methylococcaceae) 第I属 甲基球菌属(Methylococcus) 第II属 甲基杆菌属(Methylobacter) 第III属 喜热噬甲基菌属(Methylocaldum) 第IV属 甲基微菌属(Methylomicrobium) 第V属 甲基单胞菌属(Methylomonas) 第VI属 甲基球状菌属(Methylosphaera) 第VIII目 “海洋螺菌目”(“Oceanospirillales”) 第I科 “海洋螺菌科”(“Oceanospirillaceae”) 第I属 海洋螺菌属(Oceanospirillum) 第II属 浴者菌属(Balneatrix) 第III属 海床杆菌属(Fundibacter) 第IV属 海单胞菌属(Marinomonos) 第V属 海螺菌属(Marinospirillum) 第VI属 海神单胞菌属(Neptunomonas) 第II科 盐单胞菌科(Halomonadaceae) 第I属 盐单胞菌属(Halomonas) 第II属 食烷菌属(Alcanivorax)