第BXVI门 衣原体门(Chlamydiae phy. nov.)
第I纲 衣原体纲(“Chlamydiae”) 第I目 衣原体目(Chlamydiales) 第I科 衣原体科(Chlamydiaceae) 第I属 衣原体属(Chlamydia) 第II属 嗜衣原体属(Chlamydophila) 第II科 副衣原体科(Parachlamydiaceae) 第I属 副衣原体属(Parachlamydia) 第III科 西门坎氏菌科(Simkaniaceae) 第I属 西门坎氏菌属(Simkania) 第IV科 石德菌科(Waddliaceae) 第I属 石德菌属(Waddlia)
第BXVII门 螺旋体门(Spirochaetes phy. nov.)
第I纲 “螺旋体纲”(“Spirochaetes”) 第I目 螺旋体目(Spirochaetales) 第I科 螺旋体科(Spirochaetaceae) 第I属 螺旋体属(Spirochaeta) 第II属 疏螺旋体属(Borrelia) 第III属 短螺旋体属(Brevinema) 第IV属 克里夫兰氏菌属 (Clevelandina) 第V属 脊螺旋体属(Cristispira) 第VI属 双膜菌属(Diplocalyx) 第VII属 霍兰德氏菌属(Hollandina) 第VIII属 皮约氏菌属(Pillotina) 第IX属 密螺旋体属(Treponema) 第II科 “小蛇菌科”(“Serpulinaceae”) 第I属 小蛇菌属(Serpulina) 第II属 短螺旋菌属(Brachyspira)
第III科 钩端螺旋体科(Leptospiraceae) 第I属 纤线菌属(Leptonema) 第II属 钩端螺旋体属(Leptospira)
第BXVIII门 丝状杆菌门(Fibrobacteres phy. nov.)
第I纲 “丝状杆菌纲”(“Fibrobacteres”) 第I目 “丝状杆菌目”（“Fibrobacterales”） 第I科 “丝状杆菌科”（“Fibrobacteraceae”) 第I属 丝状杆菌属(Fibrobacter)
第BXIX门 酸杆菌门(Acidobacteria phy. nov.)
第I纲 “酸杆菌纲”(“Acidobacteria”) 第I目 “酸杆菌目”(“Acidobacteriales”) 第I科 “酸杆菌科”(“Acidobacteriaceae”) 第I属 酸杆菌属(Acidobacterium) 第II属 土发菌属(Geothrix) 第III属 全噬菌属(Holophaga)
第BXX门 拟杆菌门(Bacteroidetes phy. nov.)
第I纲 “拟杆菌纲”（“Bacteroidetes”） 第I目 “拟杆菌目”(“Bacteroidales”) 第I科 拟杆菌科(Bacteroidaceae) 第I属 拟杆菌属(Bacteroides)
第II属 线形醋酸菌属(Acetofilamentum) 第III属 醋微菌属(Acetomicrobium) 第IV属 醋热菌属(Acetothermus) 第V属 棍状厌氧菌属(Anaerorhabdus) 第VI属 巨单胞菌属(Megamonas) 第II科 理研菌科(“Rikenellaceae”) 第I属 理研菌属(Rikenella) 第II属 海洋滑行菌属(Marinilabilia)
第III科 “卟啉单胞菌科”(“Porphyromonadaceae ”) 第I属 卟啉单胞菌属(Porphyromonas) 第II属 (Dysgonomonas)
第IV科 “普雷沃氏菌科”(“Prevotellaceae”) 第I属 普雷沃氏菌属(Prevotella)
第II纲 “黄杆菌纲”(“Flavobacteria”) 第I目 “黄杆菌目”(“Flavobacteriales”) 第I科 黄杆菌科（Flavobacteriaceae） 第I属 黄杆菌属(Flavobacterium) 第II属 伯杰氏菌属(Bergeyella)
第III属 二氧化碳嗜纤维菌属(Capnocytophaga) 第IV属 食纤维菌属(Cellulophaga) 第V属 金黄杆菌属(Chryseobacterium) 第VI属 居间菌属(Coenonia) 第VII属 稳杆菌属(Empedobacter) 第VIII属 冰冷杆菌属(Gelidibacter) 第IX属 鸟杆菌属(Ornithobacterium) 第X属 极杆菌属(Polaribacter) 第XI属 冷屈挠菌属(Psychroflexus) 第XII属 冷蛇菌属(Psychroserpens)
第XIII属 立默氏菌属(Riemerella) 第XIV属 (Saligentibacter) 第XV属 威克斯氏菌属(Weeksella) 第II科 “类香味菌科”(“Myroidaceae”) 第I属 类香味菌属(Myroides) 第II属 冷单胞菌属(Psychromonas)
第III科 “蟑螂杆状体科”(“Blattabacteriaceae”) 第I属 蟑螂杆状体属(Blattabacterium)
第III纲 “鞘氨醇杆菌纲”(“Sphingobacteria”) 第I目 “鞘氨醇杆菌目”(“Sphingobacteriales”) 第I科 鞘氨醇杆菌科（Sphingobacteriaceae） 第I属 鞘氨醇杆菌属(Sphingobacterium) 第II属 上地杆菌属(Pedobacter)
第II科 “腐败螺旋菌科”(“Saprospiraceae”) 第I属 腐败螺旋菌属(Saprospira) 第II属 束缚杆菌属(Haliscomenobacter) 第III属 赖文氏菌属(Lewinella)
第III科 “屈挠杆菌科”(“Flexibacteraceae”) 第I属 屈挠杆菌属(Flexibacter) 第II属 环杆菌属(Cyclobacterium) 第III属 噬纤维菌属(Cytophaga)
第IV属 (Dyadobacter)第V属 弯杆菌属(Flectobacillus) 第VI属 薄层菌属(Hymenobacter) 第VII属 新月菌属(Meniscus) 第VIII属 微颤菌属(Microscilla) 第IX属 古字状菌属(Runella) 第X属 螺状菌属(Spirosoma)
第XI属 生孢噬纤维菌属(Sporocytophaga) 第IV科 “火色杆菌科”(“Flammeovirgaceae”) 第I属 火色杆菌属(Flammeovirga) 第II属 柔发菌属(Flexithrix) 第III属 桃色杆菌属(Persicobacter) 第IV属 栖热线菌属(Thermonema) 第V科 泉发菌科(Crenotrichaceae) 第I属 泉发菌属(Crenothrix) 第II属 噬几丁质菌属(Chitinophaga) 第III属 红嗜热盐菌属(Rhodothermus) 第IV属 曲发菌属(Toxothrix)
第BXXI门 梭杆菌门(Fusobacteria phy. nov.)
第I纲 “梭杆菌纲”(“Fusobacteria”) 第I目 “梭杆菌目”(“Fusobacteriales”)
第I科 “梭杆菌科”(“Fusobacteriaceae”) 第I属 梭杆菌属(Fusobacterium) 第II属 泥杆菌属(Ilyobacter) 第III属 纤毛菌属(Leptrotrichia) 第IV属 生丙酸菌属(Propionigenium) 第V属 塞巴尔德氏菌属(Sebaldella) 第VI属 链杆菌属(Streptobacillus) 第II科 未定
第I属 鲸杆菌属(Cetobacterium)
第BXXII门 疣微菌门(Verrucomicrobia phy. nov.)
第I纲 疣微菌纲(Verrucomicrobiae) 第I目 疣微菌目(Verrucomicrobiales) 第I科 疣徽菌科(Verrucomicrobiaceae) 第I属 疣微菌属(Verrucomicrobium) 第II属 突柄杆菌属(Prosthecobacter) 第II科 (Xiphinematobacteriaceae) 第I属 (Xiphinematobacter)
第BXXIII门 网球菌门(Dictyoglomus phy. nov.)
第I纲 “网球菌纲”(“Dictyoglomi”) 第I目 “网球菌目”(“Dictyoglomales”) 第I科 “网球菌科”(“Dictyoglomaceae”) 第I属 网球菌属(Dictyoglomus)