第XIII属 丁达尔氏菌属(Tindallia) 第II科 “毛螺菌科”(“Lachnospiraceae”) 第I属 毛螺菌属(Lachnospira) 第II属 醋香肠菌属(Acetitomaculum) 第III属 厌氧细杆菌属(Anaerofilum) 第IV属 丁酸弧菌属(Butyrivibrio) 第V属 (Catenibacterium) 第VI属 卡托氏菌属(Catonella) 第VII属 粪球菌属(Coprococcus) 第VIII属 约翰森氏菌属(Johnsonella) 第IX属 假丁酸弧菌属(Pseudobutyrivibrio) 第X属 罗斯伯里氏菌属(Roseburia) 第XI属 瘤胃球菌属(Ruminococcus) 第XII属 生孢杆菌属(Sporobacterium)
第III科 “消化链球菌科”(“Peptostreptococcaceae”) 第I属 消化链球菌属(Peptostreptococcus) 第II属 产线菌属(Filifactor) 第III属 (Finegoldia)
第IV属 小纺锤状菌属(Fusibacter) 第V属 创伤球菌属(Helcococcus) 第VI属 (Micromonas)
第VII属 蒂西耶氏菌属(Tissierella) 第IV科 “真杆菌科”(“Eubacteriaceae”) 第I属 真杆菌属(Eubacterium) 第II属 醋酸杆菌属(Acetobacterium) 第III属 (Anaerovorax) 第IV属 (Mogibacterium)
第V属 假支杆菌属(Pseudoramibacter) 第V科 消化球菌科(Peptococcaceae) 第I属 消化球菌属(Peptococcus) 第II属 厌氧弓形菌属(Anaeroarcus) 第III属 厌氧弯曲菌属(Anaerosinus) 第IV属 厌氧弧菌属(Anaerovibrio)
第V属 一氧化碳嗜热菌属(Carboxydothermus) 第VI属 蜈蚣状菌属(Centipeda) 第VII属 脱卤素杆菌属(Dehalobacter) 第VIII属 树源生孢杆菌属(Dendrosporobacter) 第IX属 脱亚硫酸菌属(Desulfitobacterium) 第X属 脱磺酸盐生孢杆菌属(Desulfonispora) 第XI属 脱硫芽孢弯曲菌属(Desulfosporosinus) 第XII属 脱硫肠状菌属(Desulfotomaculum) 第XIII属 光岗菌属(Mitsuokella) 第XIV属 丙酸螺菌属(Propionispira) 第XV属 琥珀酸螺菌属(Succinispira)
第XVI属 共养香肠样杆菌属(Syntrophobotulus) 第XVII属 热土杆菌属(Thermoterrabacterium) 第VI科 “阳光杆菌科”(“Heliobacteriaceae”) 第I属 阳光杆菌属(Heliobacterium) 第II属 阳光小杆菌属(Heliobacillus) 第III属 嗜阳菌属(Heliophilum) 第IV属 (Heliorestis)
第VII科 “氨基酸球菌科”(“Acidaminococcaceae”) 第I属 氨基酸球菌属(Acidaminococcus) 第II属 醋丝菌属(Acetonema) 第III属 厌氧弯形菌属(Anaeromusa) 第IV属 戴阿利斯特杆菌属(Dialister) 第V属 巨球形菌属(Megasphaera) 第VI属 (Papillibacter) 第VII属 硫状菌属(Pectinatus)
第VIII属 考拉杆菌属(Phascolarctobacterium) 第IX属 奎因氏菌属(Quinella) 第X属 施瓦茨氏菌属(Schwartzia) 第XI属 月形单胞菌属(Selenomonas) 第XII属 香蕉孢菌属(Sporomusa) 第XIII属 解琥珀酸菌属(Succiniclasticum) 第XIV属 韦荣氏球菌属(Veillonella) 第XV属 嗜发酵菌属(Zymophilus)
第VIII科 共养单胞菌科(Syntrophomonadaceae) 第I属 共养单胞菌属(Syntrophomonas) 第II属 产醋菌属(Acetogenium) 第III属 氨基杆菌属(Aminobacterium) 第IV属 氨基单胞菌属(Aminomonas) 第V属 厌氧小杆菌属(Anaerobaculum) 第VI属 厌氧分枝菌属(Anaerobranca) 第VII属 热解纤维素菌属(Caldicellulosiruptor) 第VIII属 脱硫代硫酸盐弧菌属(Dethiosulfovibrio) 第IX属 (Pelospora)
第X属 共养生孢菌属(Syntrophospora) 第XI属 (Syntrophothermus)
第XII属 嗜热好氧杆菌属(Thermaerobacter) 第XIII属 热厌氧弧菌属(Thermanaerovibrio) 第XIV属 热生水菌属(Thermohydrogenium) 第XV属 热共生菌属(Thermosyntropha)
第II目 “好热厌氧杆菌目”(“Thermoanaerobacteriales”) 第I科 “好热厌氧杆菌科”(“Thermoanaerobacteriaceae”) 第I属 好热厌氧杆菌属(Thermoanaerobacterium) 第II属 制氨菌属(Ammonifex) 第III属 (Carboxydobrachium)
第IV属 粪热杆菌属(Coprothermobacter) 第V属 穆尔氏菌属(Moorella)
第VI属 香肠状芽孢菌属(Sporotomaculum) 第VII属 (Thermacetogenium)
第VIII属 热厌氧杆菌属(Thermoanaerobacter) 第IX属 热厌氧菌属(Thermoanaerobium) 第III目 盐厌氧菌目(Haloanaerobiales) 第I科 盐厌氧菌科(Haloanaerobiaceae) 第I属 盐厌氧菌属(Haloanaerobium) 第II属 嗜盐菌属(Halocella)
第III属 盐热发菌属(Halothermothrix) 第IV属 喜碱菌属(Natroniella)
第II科 拟盐杆菌种(Halobacteroidaceae) 第I属 拟盐杆菌属(Halobacteroides) 第II属 醋盐杆菌属(Acetohalobium) 第III属 盐厌氧杆菌属(Haloanaerobacter) 第IV属 奥芮氏菌属(Orenia)
第V属 生孢盐杆菌属(Sporohalobacter)
第II纲 柔膜菌纲(Mollicutes) 第I目 支原体目(Mycoplasmatales) 第I科 支原体科(Mycoplasmataceae) 第I属 支原体属(Mycoplasma) 第II属 血虫体属(Eperythrozoon) 第III属 血巴通氏体属(Haemobartonella) 第IV属 尿支原体属(Ureaplasma) 第II目 虫原体目(Entomoplasmatales) 第I科 虫原体科(Entomoplasmataceae) 第I属 虫原体属(Entomoplasma) 第II属 中间原体属(Mesoplasma) 第II科 螺原体科(Spiroplasmataceae) 第I属 螺原体属（Spiroplasma） 第III目 无胆甾原体目(Acholeplasmatales) 第I科 无胆甾原体科(Acholeplasmataceae) 第I属 无胆甾原体属(Acholeplasma) 第IV目 厌氧支原体目(Anaeroplasmatales) 第I科 厌氧支原体科(Anaeroplasmataceae) 第I属 厌氧支原体属(Anaeroplasma) 第II属 无甾醇支原体属(Asteroleplasma) 第V目 未定
第I科 “丹毒丝菌种”（“Erysipelotrichaceae”） 第I属 丹毒丝菌属(Erysipelothrix) 第II属 (Bulleidia)
第III属 霍尔德曼氏菌属(Holdemania)
第IV属 (Solobacterium)
第III纲 芽孢杆菌纲(“Bacilli”) 第I目 芽孢杆菌目(Bacillales) 第I科 芽孢杆菌科(Bacillaceae) 第I属 芽孢杆菌属(Bacillus)
第II属 兼性芽孢杆菌届(Amphibacillus) 第III属 (Anoxybacillus)
第IV属 微小杆菌属(Exiguobacterium) 第V属 纤细芽孢杆菌属(Gracilibacillus) 第VI属 喜盐芽孢杆菌属(Halobacillus) 第VII属 糖球菌属(Saccharococcus) 第VIII属 盐芽孢杆菌属(Salibacillus) 第IX属 支芽孢杆菌属(Virgibacillus) 第II科 动性球菌科(Planococcaceae) 第I属 动性球菌属(Planococcus) 第II属 线状杆菌属(Filibacter) 第III属 库特氏菌属(Kurthia)
第IV属 芽孢八叠球菌属(Sporosarcina) 第III科 显核菌科(Caryophanaceae) 第I属 显核菌属(Caryophanon) 第IV科 “李斯特氏菌科”(“Listeriaceae”) 第I属 李斯特氏菌属(Listeria) 第II属 索丝菌属(Brochothrix)
第V科 “葡萄球菌科”（“Staphylococcaceae”） 第I属 葡萄球菌属(Staphylococcus) 第II属 孪生球菌属(Gemella) 第III属 巨大球菌属(Macrococcus) 第IV属 盐水球菌属(Salinicoccus)
第VI科 “芽孢乳杆菌科”(“Sporolactobacillaceae”) 第I属 芽孢乳杆菌属(Sporolactobacillus) 第II属 海球菌属(Marinococcus)
第VII科 “类芽孢杆菌科”(“Paenibacillaceae”) 第I属 类芽孢杆菌属(Paenibacillus) 第II属 喜氨菌属(Ammoniphilus)
第III属 解硫胺素杆菌属(Aneurinibacillus) 第IV属 短小芽孢杆菌属(Brevibacillus) 第V属 嗜草酸菌属(Oxalophagus) 第VI属 热杆菌属(Thermicanus) 第VII属 热杆菌属(Thermobacillus)
第VIII科 脂环酸芽孢杆菌科(“Alicyclobacillaceae”) 第I属 指环酸芽孢杆菌属(Alicyclobacillus) 第II属 巴靳德氏芽菌属(Pasteuria) 第III属 硫化芽孢杆菌属(Sulfobacillus)
第IX科 “高温放线菌科”(“Thermoactinomycetaceae”) 第I属 高温放线菌属(Thermoactinomyces) 第II目 “乳杆菌目”(“Lactobacillales”) 第I科 乳杆菌科(Lactobacillaceae) 第I 属 乳杆菌属(Lactobacillus) 第II属 (Paralactobacillus) 第III属 片球菌属(Pediococcus) 第II科 ”气球菌科”（“Aerococcaceae”） 第I属 气球菌属(Aerococcus) 第II属 乏养菌属(Abiotrophia) 第III属 狡诈球菌属(Dolosicoccus) 第IV属 另位球菌属(Eremococcus) 第V属 费克蓝姆氏菌属(Facklamia) 第VI属 球链菌属(Globicatella) 第VII属 不活动粒菌属(Ignavigranum) 第III科 “肉杆菌科”(“Carnobacteriaceae”) 第I属 肉杆菌属(Carnobacterium) 第II属 震球菌属(Agitococcus) 第III属 差异球菌属(Alloiococcus) 第IV属 德库菌属(Desemzia) 第V属 狡诈球菌属(Dolosigranulum) 第VI属 产乳酸球菌属(Lactosphaera) 第VII属 毛球菌属(Trichococcus) 第IV科 “肠球菌科”(“Enterococcaceae”) 第I属 肠球菌属(Enterococcus) 第II属 (Atopobacter)
第III属 蜜蜂球菌属(Melissococcus) 第IV属 四联球菌属(Tetragenococcus) 第V属 漫游球菌属(Vagococcus)
第V科 “明串珠菌科”(“Leuconostocaceae”) 第I属 明串珠菌属(Leuconostoc) 第II属 酒球菌属(Oenococcus) 第III属 魏斯氏菌属(Weissella) 第VI科 链球菌科(Streptococcaceae) 第I属 链球菌属(Streptococcus) 第II属 乳球菌属(Lactococcus) 第VII科 未定
第I属 厌氧醋菌属(Acetoanaerobium) 第II属 颤螺菌属(Oscillospira) 第III属 共养球菌属(Syntrophococcus)
第BXIV门 放线菌门(Actinobacteria phy. nov.)
第I纲 放线菌纲(Actinobacteria)