第III属 肉胞菌属(Carnimonas) 第IV属 色盐杆菌属(Chromohalobacter) 第V属 德莱氏菌属(Deleya) 第VI属 发酵细菌属(Zymobacter) 第IX目 假单胞菌目(Pseudomonadales) 第I科 假单胞菌科(Pseudomonadaceae) 第I属 假单胞菌属(Pseudomonas) 第II属 氮单胞菌属(Azomonas) 第III属 固氮菌属(Azotobacter) 第IV属 纤维弧菌属(Cellvibrio) 第V属 金色单胞菌属(Chryseomonas) 第VI属 黄色单胞菌属(Flaviomonas) 第VII属 俊片菌属(Lampropedia) 第VIII属 中嗜杆菌属(Mesophilobacter) 第IX属 桑葚状球菌属(Morococcus) 第X属 寡源杆菌属(Oligella) 第XI属 根杆菌属(Rhizobacter) 第XII属 皱纹单胞菌属(Rugamonas) 第XIII属 蛇形菌属(Serpens)
第XIV属 栖热嗜油菌属(Thermoleophilum) 第XV属 嗜木杆菌属(Xylophilus) 第II科 莫拉氏菌科(Moraxellaceae) 第I属 莫拉氏菌属(Moraxella) 第II属 不动杆菌属(Acinetobacter) 第III属 嗜冷杆菌属(Psychrobacter) 第X目 “交替单胞菌目”(“Alteromonadales”) 第I科 “交替单胞菌科”(“Alteromonadaceae”) 第I属 交替单胞菌属(Alteromonas) 第II属 (Allishewanella)
第III属 科尔维尔氏菌属(Colwellia) 第IV属 铁还原单胞菌属(Ferrimomas) 第V属 冰居菌属(Glaciecola) 第VI属 (Idiomarina)
第VII属 海杆状菌属(Marinobacter) 第VIII属 海杆菌属(Marinobacterium) 第IX属 微泡菌属(Microbulbifer) 第X属 莫里特拉氏菌属(Moritella)
第XI属 假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas) 第XII属 希瓦氏菌属(Shewanella) 第XI目 “弧菌目”(“Vibrionales”) 第I科 弧菌科(Vibrionaceae) 第I属 弧菌属(Vibrio)
第II属 异单胞菌属(Allomonas) 第III属 水栖菌属(Enhydrobacter)
第IV属 利斯顿氏菌属(Listonella) 第V属 发光杆菌属(Photobacterium) 第VI属 盐弧菌属(Salinivibrio)
第XII目 “气单胞菌目”(“Aeromonadales”) 第I科 气单胞菌科(Aeromonadaceae) 第I属 气单胞菌属(Aeromonas) 第II属 海洋单胞菌属(Oceanomonas) 第III属 甲苯单胞菌属(Tolumonas) 第II科 琥珀酸弧菌科(Succinivibrionaceae) 第I属 琥珀酸弧菌属(Succinivibrio) 第II属 厌氧螺菌属(Anaerobiospirillum) 第III属 瘤胃杆菌属(Ruminobacter) 第IV属 琥珀酸单胞菌属(Succinimonas) 第XIII目 肠杆菌目(Enterobacteriales) 第I科 肠杆菌科(Enterobacteriaceae) 第I属 肠杆菌属(Enterobacter) 第II属 交替球菌属(Alterococcus) 第III属 杀雄菌属(Arsenophonus) 第IV属 布伦勒氏菌属(Brenneria) 第V属 巴克纳氏菌属(Buchnera) 第VI属 布戴约维采菌属(Budvicia) 第VII属 布丘氏菌属(Buttiauxella) 第VIII属 鞘杆菌属(Calymmatobacterium) 第IX属 西地西菌属(Cedecea) 第X属 柠檬酸杆菌属(Citrobacter) 第XI属 爱德华氏菌属(Edwardsiella) 第XII属 欧文氏菌属(Erwinia) 第XIII属 埃希氏菌属(Escherichia) 第XIV属 爱文氏菌属(Ewingella) 第XV属 哈夫尼菌属(Hafnia) 第XVI属 克雷伯氏菌属(Klebsiella) 第XVII属 克吕沃尔氏菌属(Kluyvera) 第XVIII属 勒克氏菌属(Leclercia) 第XIX属 勒米诺氏菌属(Leminorella) 第XX属 米勒氏菌属(Moellerella) 第XXI属 摩根氏菌属(Morganella) 第XXII属 肥杆菌属(Obesumbacterium) 第XXIII属 泛菌属(Pantoea)
第XXIV属 坚固杆菌属(Pectobacterium) 第XXV属 光杆状菌属(Photorhabdus) 第XXVI属 邻单胞菌属(Plesiomonas) 第XXVII属 布拉格菌属(Pragia) 第XXVIII属 变形菌属(Proteus)
第XXIX属 普罗威登斯菌属(Providencia)
第XXX属 拉恩氏菌属(Rdhnella) 第XXXI属 糖杆菌属(Saccharobacter)
第XXXII属 沙门氏菌属(Salmonella)
第XXXIII属 沙雷氏菌属(Serratia) 第XXXIV属 志贺氏菌属(Shigella) 第XXXV属 伴蝇菌属(Sodalis) 第XXXVI属 塔特姆氏菌属(Tatumella) 第XXXVII属 特拉布斯氏菌属(Trabulsiella) 第XXXVIII属 威格尔斯沃思氏菌属(Wigglesworthia) 第XXXIX属 致病杆菌属(Xenorhabdus) 第XL属 耶尔森氏菌属(Yersinia) 第XLI属 预研菌属(Yokenella) 第XIV目 巴斯德氏菌目(Pasteurellales) 第I科 巴斯德氏菌科(Pasteurellaceae) 第I属 巴斯德氏菌属(Pasteurella) 第II属 放线杆菌属(Actinobacillus) 第III属 嗜血菌属(Haemophilus) 第IV属 隆派恩菌属(Lonepinella) 第V属 曼海姆氏菌属(Mannheimia) 第VI属 海豚杆菌属(Phocoenobacter)
第IV纲 “德耳塔变形杆菌纲”(“Deltaproteobacteria”) 第I目 “脱硫菌目”(“Desulfurellales”) 第I科 “脱硫菌科”（“Desulfurellaceae”） 第I属 脱硫菌属(Desulfurella) 第II属 希普氏菌属(Hippea)
第II目 “脱硫弧菌目”(“Desulfovibrionales”) 第I科 “脱硫弧菌科”(“Desulfovibrionaceae”) 第I属 脱硫弧菌属(Desulfovibrio) 第II属 嗜胆菌属(Bilophila) 第III属 劳森氏菌属(Lawsonia)
第II科 “脱硫微杆菌科”(“Desulfomicrobiaceae”) 第I属 脱硫微杆菌属(Desulfomicrobium) 第III科 “脱硫盐菌科”(“Desulfohalobiaceae”) 第I属 脱硫盐菌属(Desulfohalobium) 第II属 脱硫单胞菌属(desulfomonas)
第III属 脱硫酸弯曲杆菌属(Desulfonatronovibrio) 第IV科脱硫弯曲杆菌科(“Desulfonatronumaceae”) 第I属脱硫弯曲杆菌属(Desulfonatronum) 第III目 脱硫杆菌目(“Desulfobacterales”) 第I科 脱硫杆菌科(“Desulfobacteraceae”) 第I属 脱硫杆菌属(Desulfobacter) 第II属 脱硫杆状菌属(Desulfobacterium)
第III属 脱硫橄榄样菌属(Desulfobacula) 第IV属 脱硫胞状菌属（Desulfocella） 第V属 脱硫球菌属（Desulfococcus） 第VI属 脱硫豆状菌属（Desulfofaba） 第VII属 脱硫冷栖菌属（Desulfofrigus） 第VIII属 脱硫线菌属（Desulfonema） 第IX属 脱硫八叠球菌属（Desulfosarcina） 第X属 脱硫螺菌属（Desulfospira） 第XI属 脱硫小杆菌属(Desulfotalea) 第XII属 (“Desulfotignum”)
第II科 脱硫叶菌科(”Desulfobulbaceae”) 第I属 脱硫叶菌属(Desulfobulbus) 第II属 脱硫盒菌属(Desulfocapsa) 第III属 脱硫棒菌属(Desulfofustis) 第IV属 脱硫管状菌属(Desulforhopalus) 第III科硝化刺菌科 (Nitrospinaceae) 第I属 硝化刺菌属(Nitrospina) 第II属 脱硫橄榄状菌属(Desulfobacca) 第III属 脱硫念珠菌属(Desulfomonile) 第IV目 脱硫单胞菌目(“Desulfuromonadales”) 第I科 脱硫单胞菌科(“Desulfuromonadaceae”) 第I属 脱硫单胞菌属(Desulfuromonas) 第II属 硫还原弯形菌属（Desulfuromusa) 第II科 “土杆菌科”(“Geobacteraceae”) 第I属 土杆菌属(Geobacter)
第III科 “粘土杆菌科”(“Pelobacteraceae”) 第I属 粘土杆菌属(Pelobacter) 第II属 丙二酸单胞菌属(Malonomonas) 第III属 (Trichlorobacter)
第V目 “互营杆菌目”(“Syntrophobacterales”) 第I科 “互营杆菌科”（“Syntrophobacteraceae”） 第I属 互营杆菌属(Syntrophobacter) 第II属 脱硫葡萄状菌属(Desulfacinum) 第III属 杆状脱硫菌属(Desulforhabdus) 第IV属 (Desulfovirga)
第V属 热硫还原杆菌属(Thermodesulforhabdus) 第II科 “互养菌科”(“Syntrophaceae”) 第I属 互养菌属(Syntrophus) 第II属 史密斯氏菌属(Smithella) 第VI目 “蛭弧菌目”(“Bdellovibrionales”) 第I科 “蛭弧菌科”(“Bdellovibrionaceae”) 第I属 蛭弧菌属(Bdellovibrio) 第II属 (Bacteriovorax)
第III属 云母弧菌属(Micavibrio)
第IV属 吸血弧菌属(Vampirovibrio) 第VII目 枯球菌目(Myxococcales) 第I科 帖球菌科(Myxococcaceae) 第I属 粘球菌属(Myxococcus) 第II属 囊球菌属(Angiococcus) 第II科 原囊菌科 (Archangiaceae) 第I属 原囊菌属(Archangium) 第III科 孢囊杆菌科(Cystobacteraceae) 第I属 孢囊杆菌属(Cystobacter) 第II属 蜂窝囊菌属(Melittangium) 第III属 标桩菌属(Stigmatella) 第IV科 多囊菌科(Polyangiaceae) 第I属 多囊菌属(Polyangium) 第II属 软骨霉状菌属(Chondromyces) 第III属 侏儒囊菌属(Nannocystis)
第V纲 “艾普西隆变形杆菌纲”(“Epsilonproteobacteria”) 第I目 “弯曲杆菌目”(“Campylobacterales”) 第I科 弯曲杆菌科(Campylobacteraceae) 第I属 弯曲杆菌属(Campylobacter) 第II属 弓形菌属(Arcobacter)
第III属 硫化螺旋菌属(Sulfurospirillum) 第IV属 卵硫菌属(Thiovulum)
第II科 “螺杆菌科”(“Helicobacteraceae”) 第I属 螺杆菌属(Helicobacter) 第II属 沃林氏菌属(Wolinella)
第BXIII门 厚壁菌门 (Firmicutes)
第I纲 梭菌纲(“Clostridia”) 第I目 梭菌目(Clostridiales) 第I科 梭菌科(Clostridaceae) 第I属 梭菌属(Clostridium) 第II属 醋弧菌属(Acetivibrio)
第III属 氨基酸杆菌属(Acidaminobacter) 第IV属 厌氧杆菌属(Anaerobacter) 第V属 喜热菌属(Caloramator) 第VI属 (Coprobacillus) 第VII属 (Natronincola)
第VIII属 产醋杆菌属(Oxobacter) 第IX属 八叠球菌属(Sarcina) 第X属 孢杆菌属(Sporobacter) 第XI属 热分枝菌属(Thermobrachium) 第XII属 (Thermohalobacter)