尽管我国工业结构调整取得了积极成果，但随着我国长期商品短缺局面的结束和人民生活的改善，特别是随着加入世贸组织后国内外市场的一体化，我国工业结构与市场需求和国际竞争不相适应的矛盾比较突出，这主要表现在以下几个方面：
（一）企业组织规模小而散，国际竞争力不强
我国企业过去追求“大而全”、“小而全”，专业化协作水平低，没有形成合理的分工协作关系。绝大多数企业规模过小，产业集中度低，资金和技术投入分散，资产负债率高，在生产、市场、研究与开发等方面难以形成规模经济的优势。2001年世界500强企业排名中，中国只有11家，没有一家是纯制造企业（中石油、中石化两个公司里的石油化工部分可以算作制造业）。2001年39个工业行业前10名企业的主营业务收入仅占行业的15.8%。其中，规模经济要求高的石油加工及炼焦、黑色金属冶炼及压延加工（冶金）、交通运输设备（含汽车）制造等行业前10名企业的规模集中度分别为37.7%、21.9%和23%，明显偏低。比如，我国家电行业虽有竞争力，但最大的冰箱、洗衣机厂商的年生产规模才200万台左右，而惠而浦的全球洗衣机产量1999年高达740万台，其在美国的一家全自动洗衣机生产厂一年的产量就是300万台。至于营销规模方面的差距更加明显：跨国公司年销售额高达数百亿美元，中国最大的家电企业海尔的销售额仅800亿元左右。国外炼油厂原油加工单系列最大规模已达1250万吨，而我国炼油厂原油加工单系列最大规模为800万吨。
与企业组织结构不合理相关的是企业社会化分工、专业化协作水平不高，没有形成以大企业为主导、中小企业为支撑的产业体系。例如，我国汽车整车厂有120多家，前13家企
业的总产量尚不足美国通用汽车公司的1／4，整车厂零部件自制率在50-60%左右(国外汽车厂零部件大都已实行全球采购)。中国机械厂的零部件自制率大多在70%以上，而发达国家一般在20%左右。专业化协作水平低，规模经济效益得不到有效发挥，中小企业没有形成“专、精、特、新”的优势，发展后劲不足。
（二）产品结构层次低，高附加值产品少
我国产品结构不合理的矛盾十分突出，一般产品相对过剩与技术含量高、附加值大的产品短缺同时并存。在主要工业品中，有80%以上的产品生产能力利用不足或严重不足，但是由于产品结构不合理，产品差别化不足、档次不够高、附加值较低，每年还要花大量外汇进口国内短缺产品。比如，2001年机械及运输设备还是我国第一大类进口商品，进口达1070亿美元，占我国进口总额的44%，机械及运输设备产品的贸易逆差达121亿美元。2001年高新技术产品在我国出口中的比重为17.5%，而在进口中的比重为26.4%，相差达9个百分点，逆差高达176亿美元，并呈现逐年扩大之势。又如，2002年中国钢产量估计近1.8亿吨，比排名世界第二的日本高出1倍，但品种不足，低档次的建筑钢材占了一半以上，大量优质钢材、特殊钢材还要靠进口，2001年我国进口钢材1700多万吨，达90亿美元，贸易逆差71亿美元，2002年1-11月已经进口了2230万吨，增长了42%，逆差高达92亿美元；我国中低档机械产品积压严重，而机械基础产品和重大成套技术装备却长期依赖进口；我国高档合成树脂自给率不足50%。
即使是高技术工业，我国产品附加值也不高，增加值率逐年下滑。全国高技术工业1995年工业增加值率为26.38%，以后逐年小幅下滑，到1998年滑到25.08%的低谷，1999年
和2000年缓慢爬升，分别为25.73%、26.31%，2001年再次降到24.86%。除医药制造业工业增加值率稳步上升，从1995年的27.53%提高到2001年的38.65%外，其余如合成材料及专用化学产品、电子及通信设备、航空航天、医疗器械及仪器仪表等制造业工业增加值率连续7年徘徊不前，到2001年均未达到1995年的水平，特别需要注意的是，2001年我国高技术工业的增加值率比全国平均水平的34.55%还低了9.69个百分点。
（三）技术水平低，创新能力不足
我国产品结构层次低的根源在于技术水平落后。一是我国企业技术改造投入不足，企业的落后设备不能及时得到改造或更新，不少企业设备陈旧、老化，带病运转，甚至一些五十年代的设备还在超期服役，造成多数产品单耗高、浪费大，资源利用率低，环境污染严重。从钢铁、有色金属、电力、机械、石油化工、煤炭、建材等传统工业看，这些行业使用国际先进技术装备仅占十分之一，机械产品达到当代国际水平的不到5%，我国单位能源每千克油当量的使用所产生的国内生产总值仅为0.7美元，而美国为3.4美元，德国为7美元，日本为10.5美元。主要工业产品能耗远高于发达国家，冶金重点企业吨钢可比能耗达0.9吨标煤，比发达国家高20-40%。原煤入洗率仅为25%，而发达国家为50—100%。我国制造业的年人均产值仅6300美元，只相当于发达国家的3%左右。即使是高技术工业设备也较落后，折旧率低。1996年至2000年5年间，高技术工业年平均折旧率为5.9%，比全国工业仅高1.9个百分点；平均折旧年限为17年，虽比全国工业快3年，但主要行业如电子及通信设备制造业年平均折旧率为5.53%，离要求差距15%；其它高科技行业折旧率也比要求低10个百分点以上。
二是我国企业创新能力不足。R&D经费投入比重低，我国大中型工业企业研发费支出占销售收入比例不足2%，而世界500强企业一般为5-10%以上，电信、医药等行业甚至达到20%；科技成果商品转化率和产业化率低，分别只有20%和5-7%左右。例如，2001年我国在国际上发表的科技论文数64526篇，位列美、日、英、德、法之后居世界第六位。但我国发明专利申请数量少，水平不高。据美国专利商标局统计，2001年授予我国内地专利权的专利共266项，仅为论文数量的0.41%，在美国授予专利的106个国家（地区）中，仅排在22位；我国还没有形成自主知识产权的技术体系，多数行业的关键核心技术与装备基本依赖国外，产品设计、关键零部件、工艺装备主要依赖进口。例如，中国的格兰仕已成为世界最大的微波炉生产商，但关键件磁控管仍然依赖进口；中国正在成为全球最大的空调生产基地，但高性能柜机仍要采用美国谷轮公司的涡旋压缩机，而变频空调系统要依赖日本技术。我国虽然是全球彩电生产大国，但关键的核心技术却为外国所掌握。
三是高技术产业发展缓慢。从反映产业核心竞争力的高新技术产业发展看，我国目前尚处于起步阶段，产业规模小，技术基础薄弱。高新技术产业增加值占国内生产总值的比重仅为4%，远低于发达国家和新兴工业化国家水平，比如美国仅信息技术产业就占到美国GDP的8%。
四是人才结构不合理，高级技术人才短缺。我国大多数企业特别是国有企业人员过多，非生产性辅助、服务人员和一般管理人员比重普遍过大，富余人员一般占企业的30%左右，而高级工程技术人员特别是高素质管理人才严重缺乏。据《经济日报》报道，我国的高级技工只占技工总数的3.5%，与发达国家40%的比例相差甚远。技术工人素质不高导致我国企业产品平均合格率只有70%,不良产品每年损失达2000亿元。
（四）区域结构趋同，地区发展差距仍在拉大
由于在传统的计划经济体制下，各地长期追求自成体系，重复建设十分严重，造成地区产业结构趋同，近年来虽有改善，但特色经济、比较优势和协作效益不明显，特别是东北老工业基地的优势和中西部地区的潜在优势均未发挥出来，生产要素在区域间合理流动和配置的体制和机制没有形成。目前一些单一资源型工业城市由于资源枯竭出现了结构性衰退现象，就业形势严峻，影响社会安定。东中西部经济发展不平衡，差距不断拉大，地区产业结构严重趋同。20世纪80年代以来，东、中、西部地区人均工业总产值的差距迅速扩大，1980年西部人均工业总产值为东部的51%，目前已不足1／4。地区生产力布局不合理，如钢铁行业的布局是计划经济时代形成的，每个省市都建立了一定规模的钢铁生产基地。全国18套乙烯装置分布在15个省市。由于大量重复建设，地区封锁和市场分割，极大地影响了生产要素在区域间的合理流动和优化配置，区域结构趋同化十分严重。
（五）所有制结构不合理
国有经济分布过宽，战线过长，整体素质不高，资源配置不合理。不论从行业布局还是地区布局看，国有工业广泛分布于各行业和地区之中，资本的使用过于分散。2001年底，国有及国有控股制造业企业实收资本2.79万亿元，分布于10.3万户企业，平均每户资本只有2700万元，经营规模最大的前三个行业平均每户资本也只有6860万元，国家有限的资本分布过散，企业规模较小，不但难以达到经济规模，导致生产成本居高不下，而且影响了产品开发、技术创新与进步、市场开拓能力的提高。