（2）担保难问题普遍存在。
尽管国家政府对农民的扶持，为农民提供了更多的贷款机会，但担保难仍然制约着农村小额信贷的发展，从我们调研的情况来看，多数农民还是依靠村干部，政府公务员的担保获得贷款。但这些对于需求量很大的小额贷款而言，还是杯水车薪。为解决这个问题，一些地区开办了担保公司，例如沙县农行已开办了三家担保公司，这些为农民提供了担保的新途径，但是目前这类公司多数不为小额度的贷款进行担保，而且经过这个环节后利率又被升高，提高了贷款的门槛。担保难的问题依然存在。
（3）农户联保贷款存在着隐性风险。
1)“垒大户”现象时有发生。联保贷款中存在多户贷款一户使用的“垒大户”现象，贷款一旦形成风险，易出现扯皮、推诿现象，加大了贷款风险隐患。
2)动态监测不力。联保贷款发放主要依据农户资信评定，而农户的资信则通过经济档案综合反映。由于农信社对农户的信息变化情况未能及时进行更新，造成信用社档案与农户信息不对称，直接影响到贷款发放的有效性，形成隐性风险。
（4）下岗再就业小额担保贷款推广有较大难度。
由于宣传工作不到位，许多下岗失业人员把此项贷款当成政府扶贫款，认为只要有再就业优惠证银行就要无条件贷款或是可以不必偿还贷款，给信用社收回这部分贷款造成困难。再则，由于下岗失业人员主要从事服务、餐饮、修理等力所能及的微利项目，科技含量低、不确定因素大，发放下岗失业人员小额担保贷款，不仅笔数多、金额小，而且管理难度大。出于风险方面的考虑，再加上银行、街道、社区、担保机构之间缺少沟通，致使该项贷款开展缓慢。
（5）林权抵押贷款及林业小额贴息贷款有待进一步完善。
1)抵押物处置困难。为保护生态环境和森林资源不受破坏，林业部门对林权采伐指标有严格控制，造成林农采伐指标申请困难，给贷款带来一定的经营风险。
2)贷后管理难到位。由于存在自然灾害、人为破坏及盗伐风险，而农信社信贷人员少，难以按期到方圆几十亩甚至上百亩偏僻的山林进行贷后跟踪检查,再加上林业知识专业性强，目前信贷员缺少这方面的知识，导致贷后管理难到位。
3)小额贴息贷款金额、期限不太匹配。目前小额贴息贷款额度每户控制在2万元以内，贴息期限1年，贷款期限1-3年，而营林业投资大、周期长，与林农投资发展林业的需求不太适应，影响了林农参与积极性。
（6）创业及小额扶贫等贷款需要进一步完善。
小额贴息贷款开展时间较短，且该项贴息贷款每笔额度偏小（一般只有5000元以内，不超过10000元），难以满足贷款户的需求，同时，由于受承贷主体自身知识水平和创业能力所限,他们在项目、市场、信息和技术上都需要各方面的支持，又缺少担保人，这些都是制约他们难贷款的原因。
（7）农村信用工程创建缓慢影响小额农贷的发放工作。
由于部分乡村集体经济收入有限，属空壳村，村集体经济组织形成的不良贷款较多，少数地方政府、司法部门打击恶意逃废债的力度不足，无法满足信用村镇的评定标准。另外，农村信用社贷款以农业为主，农民生产主要以传统的粮食、烟叶、食用菌生产为主，受自然气候影响较大，沉淀的贷款较多。个别信用社存在畏难情绪，没有积极主动地向当地政府汇报和银子支持，加上认为小额信贷量小、笔数多、成本高，不愿意积极参与。
（8）基层金融网点少，信贷力量不足
虽然现在的涉农机构很多，但面向基层的金融网点还是很少。例如在漳浦县20个乡镇中，农行在5个乡镇设立分理处，邮政储蓄在6个乡镇设立网点。农信社在19个乡镇（1个在筹建）设立网点。可以看出，只有农村信用社的营业网点几乎覆盖所有乡镇。但在目前，每个乡镇信用社信贷员一般只有2-3个，需要管理2000户以上贷款，有的一个信贷员管理十几个村的农户贷款，无疑严重不足，致使信用社对农户的跟踪调查和信用评定工作难以有效实施。沙县农信社也有同样的问题，在各乡镇网点中，信贷人员只有几名，但平时对农民调查的工作量很大，负担较重。在各家涉农金融机构中，农行在这方面的问题尤为突出：基层网点少，不能有效地获取农民信息，也就无法大规模的提供小额信贷业务。