办公厅审核的主要职责：是否确需行文，行文方式是否妥当，是否符合行文规则，公文格式是否符合本办法的规定等。
司函内容由拟稿处（室）的处长（副处长）负责审核；发文形式、文种、格式由综合处（办公室）负责审核。司函实施备案制度。
审核人应本着高度负责的态度，对公文进行认真审核，并在审核后签署姓名和审核时间。
第二十二条按要求报送的材料和回复性公文，各司（局）必须在截止期限前至少提前两天将拟制的公文送至办公厅审核。
第二十三条修改和签批公文时，书写字迹及所用纸张必须符合归档要求，不得使用纯蓝墨水、红墨水、圆珠笔、铅笔，不得在文稿装订线外书写。
第二十四条经过办公厅修改、审核后需清稿的公文，由拟稿人认真进行清稿并将修改稿附后，一并报部领导审批签发。
第六章公文签发
第二十五条环境保护部发布的命令、决定及部门规章，报送党中央、国务院、上级机关及党和国家领导人的重要请示、报告，环境保护部党组管理的干部职务的任免文件，由部长签发。
其他以环境保护部或国家核安全局名义发文，由部领导按照分工签发，根据需要报部长签发。部长或部长授权的分管部领导外出期间，“急件”和“特急件”由值班部领导签发。
第二十六条环境保护部办公厅文件、办公厅函、办公厅会议通知等由办公厅主任或由办公厅主任授权办公厅副主任签发。根据需要，报分管部领导或部长签发。
关于进口放射源的审批文件、建设项目验收文件（函）、环境监察通知等专项工作文件，经办公厅授权可由相应业务司（局）的司（局）主要负责人签发。
环境保护部人事司人事任免文件由人事司主要负责人或人事司主要负责人授权的副司长签发。
第二十七条环境保护部司函由司（局）主要负责人或司（局）主要负责人授权副司（局）长签发。
第二十八条环境保护部公文（除司函外）原则上由拟稿部门综合处（办公室）交办公厅核稿后呈送签发人签发。
公文签发后，经办公厅对签发件与电子文档校对无误后编发文号送印。拟稿人应跟踪文件办理状态。自签发之时起，“特急件”必须于2小时内、“急件”于4小时内进行校对、编发文号。
司函由综合处（办公室）送司（局）负责人签发，签发后由综合处（办公室）编发文号。
第二十九条签发公文时，签发人应当签署意见、姓名和审批时间。其他审批人圈阅，应当视为同意。
第三十条公文文稿经领导签发后即行生效，任何人不得更改。如需修改，应由拟稿人填写公文修改单，经处级、司级负责人审核同意，并由办公厅核定后方可修改。重要修改需报经签发人审核批准。
第七章会签与联合行文
第三十一条公文内容涉及其他单位或部机关其他部门工作职责的，拟稿部门应履行会签程序或商请联合行文。如部门间有分歧意见，由拟稿部门负责与相关部门协调。应会签而未经会签的公文，办公厅不予受理。
会签不应以签报或其他形式代替。
第三十二条环境保护部机关内部会签文件时，拟稿部门可针对不同事项提出不同的时限要求，一般不应少于3个工作日。协办部门应在规定时限内会签文件或提出书面答复意见。
第三十三条国务院各部委、直属机构，各省、自治区、直辖市人民政府，相应的军队机关，同级人民团体和具有行政职能的事业单位或办公厅（室）拟与环境保护部或环境保护部办公厅联合或会签的公文，由办公厅登记并转有关业务司（局）提出意见后，报分管部领导或办公厅领导签发。
各司（局）不得与其他单位机构联合行文。
第八章印制与发送
第三十四条环境保护部发出的公文均需按规范格式印制，禁止手写公文加盖公章印发。