第五十二条凡呈送部领导的签报（除人事任免、考核、案件查处和重大特急事项外），须经综合处（办公室）审核、司（局）主要负责人签署意见后，将纸制件转办公厅，由办公厅登记后统一呈送部领导阅批。除领导特殊交办或批示的事项外，不得越级或分送多位部领导阅批。不符合规定要求的签报，办公厅退回拟稿部门重新办理。
第五十三条签报应根据缓急程度，由拟稿人分别标明“普通”、“急件”、“特急”，并经司（局）负责人确认。
签报作为机关内部文件，不对机关外复印或转送。领导批示内容涉及派出机构、直属单位的，由签报起草单位负责传达。
第十一章收文办理
第五十四条收文办理指对收到公文的办理过程，包括传递、签收、登记、分发、拟办、批办、承办、催办、查办、归档、销毁等程序。
第五十五条根据公文的文种和内容，收文分为阅件和办件两种。
阅件为不需要回复或办理的阅知性文件。
办件包括上级交办事项，国务院各部委、直属机构，各级环保部门和派出机构、直属单位来文中需要回复或办理的事项。
需要办理的事项，由办公厅提出拟办意见送部领导批示，或直接批转机关各部门办理。
第五十六条主送环境保护部、环境保护部办公厅的文件，由办公厅文档处负责接收。其他部门和人员代收的主送环境保护部、环境保护部办公厅的文件，应及时转交办公厅文档处处理。
主送各司（局）的公文，由各司（局）综合处（办公室）负责接收，司（局）主要负责人或由司（局）主要负责人委托副司（局）长批办。
第五十七条办公厅接收的公文，由文档处对公文文种和格式进行审定。对符合规定的公文，文档处按程序运转。对不符合规定的公文，退回呈报单位重新报送。
文档处根据公文内容进行分类。重要文件送请办公厅领导批办。其他文件由文档处分至机关各部门办理。
转报部领导的，由部领导秘书签收，并呈送部领导批示。批转各司（局）的，由各司（局）综合处（办公室）签收并送司（局）主要负责人批示。
第五十八条部机关各司（局）主要负责人接文后，需指定承办处或承办人。承办处及承办人必须抓紧办理，不得延误、推诿。其中，党和国家领导人的重要批示件应重点办理，对需要较长时间的办理事项，适时报告进展情况；对有特殊要求的事项，必须特事特办。“特急件”、“急件”随时办理，有时限要求的必须在限期内办结，没有明确时限要求的，一般自收文之日起10个工作日内批复或答复。因故不能在限期内办结的，承办人应及时向有关领导说明原因。
公文在办理过程中，承办人因公出差或请假，应当按程序将工作移交。
第五十九条对涉及其他部门职责范围的公文，承办部门必须主动与相关部门协商，取得一致意见后，方可作出决定或报送部领导。协办部门应积极配合，在规定时间内及时、明确表达本部门意见。
承办部门应针对所办事项的缓急程度提出不同的时限要求，一般不应少于3个工作日。
第六十条对党和国家领导人的重要批示件以及有办理时限要求的公文，办公厅根据缓急程度和承办时限要求，采用电话询问、书面催办等方式对承办事项进行跟踪催办，督促承办部门按时限要求反馈办理结果。机关各部门综合处（办公室）负责催办，做到紧急公文跟踪催办，重要公文重点催办，一般公文定期催办。
第十二章公文归档
第六十一条公文办完后，应当根据《中华人民共和国档案法》、《环境保护档案管理办法》、环境保护档案自动化管理系统文件材料整理归档暂行规定及其他有关规定，及时整理、归档。
个人不得保存应当归档的公文。
第六十二条凡属归档范围内的公文，由承办部门根据其相互联系、特征和保存价值进行整理。保证归档公文齐全、完整，能正确反映部机关的主要工作情况，便于保管和利用。