第六十三条联合办理的公文，环境保护部为主办部门的，由拟稿部门将会签后的原件交办公厅归档，其他单位保存复制件或其他形式的公文副本。
第六十四条归档范围内的公文应当确定保管期限，按照有关规定定期向办公厅档案部门移交。
由部领导及办公厅领导签发的公文原稿及正式文件在规定时间内由机关服务局文印部门送交档案管理部门归档。由司（局）负责人签发的公文原稿及正式文件在规定时间内由各司（局）综合处(办公室)送交档案管理部门归档。
办公厅每年通报一次公文及相关文件的归档情况。
第十三章公文管理
第六十五条办公厅统一管理在网站、报纸、刊物上发布环境保护部行政性文件或编辑出版文件汇编等事宜。
已经印发且未向社会主动公开的公文，需要在报刊、杂志、网络、公报、公告牌等媒介上公开发布时，需由原办文部门书面请示原签发人批准，并送办公厅备案。
第六十六条上级机关的涉密公文，除绝密级和注明不准复印的以外，经部领导或办公厅领导批准，可以复印。复印时，应当注明复印的机关、日期、份数和印发范围，并按正式文件要求妥善处置复印件。
第六十七条公开发布其他行政机关的公文，必须经发文机关批准。经批准公开发布的公文，同发文机关正式印发的公文具有同等效力。
第六十八条公文复印件作为正式公文使用时，应加盖复印机关的证明章。
第六十九条公文被撤销，视作自始不产生效力。公文被废止，视作自废止之日起不产生效力。
第七十条不具备归档和存查价值的公文，经过鉴别并经办公厅负责人批准，可以销毁。
第七十一条环境保护部内设机构合并时，全部公文应当随之合并管理。环境保护部内设机构撤销时，需要归档的公文，整理后按有关规定移交档案部门。
工作人员调离工作岗位时，应当将本人暂存、借用的公文按照有关规定移交、清退。
第七十二条密码电报的使用和管理，按照有关规定执行。
第十四章电子公文
第七十三条电子公文是指在计算机网络系统中形成的具有规范格式的公文的电子数据。环境保护部制发的电子公文在环保系统内部具有行政效力，可以作为环保系统、机关内部处理公务的依据。
第七十四条起草、审核、签发和办理公文，应当使用环境保护部电子政务综合平台公文管理系统。公文电子件应跟随纸制件的送阅顺序同步运转。
办公厅负责公文管理系统的管理，协调并指导信息中心开展技术支持与维护工作。
第七十五条环境保护部机关内部发送的各类布置性、告知性、事务性公文，应采用电子公文。既有电子公文，又有纸质文件的，以纸质文件为准。需要对环保系统以外的其他单位发送的公文，应当制成纸质文件。
第七十六条利用环境保护部电子政务综合平台处理秘密、机密级公文，必须按照国家的有关规定执行，确保涉密公文的安全。
绝密级公文不得利用计算机网络系统进行处理。
第七十七条环境保护部电子政务综合平台公文处理系统中形成的电子公文办理完毕后，应按有关规定及时办结、归档，公文数据应当备份。
第十五章公文管理责任
第七十八条对于不符合要求的公文，办公厅文秘部门应与拟稿人沟通，由拟稿人说明情况并进行修改。质量问题比较突出的，退回拟稿部门重新办理，并经本部门主要负责人重新审签后，送办公厅审核。
第七十九条环境保护部机关各部门主要负责人对本部门拟制的公文质量负责。公文质量出现严重问题以及办文延误的，追究有关领导和工作人员的责任。责任追究方式包括：对责任人提出口头批评、通报批评；出现严重质量问题或办文延误的，在本部门范围内进行检查。