试剂：16SrDNA引物、细菌基因组DNA、Taq Plus、dNTP、PCR、冲液、琼脂糖、TAE电极缓冲液、Lamdar DNA/HindⅢ、染色液、 加样缓冲液
2.2.3 操作步骤
PCR反应
依次混匀下列试剂
5μl 10×PCR反应缓冲液
1μl 4种dNTP
2μl 上游引物（引物１）
2μl 下游引物（引物２）
1μl 模板DNA
0.5μl Taq DNA聚合酶
38.5μl H2O
混匀后离心5秒。
扩增：用94℃变性3分钟， 94℃变性1分钟，61℃退火1分钟, 72℃延伸1分钟, 循环30轮,进行PCR。最后一轮循环结束后, 于72℃下最后延伸5-10分钟，使反应产物扩增充分。 电泳检测：1%琼脂糖凝胶电泳，分析PCR产物电泳结果。
3.用试剂盒做琼脂糖凝胶电泳分离和胶回收目的片段
用TaKaRa DNA纯化试剂盒对PCR扩增产物纯化
4. 纯化后的目的片断送到测序公司测序
也可以直接将电泳检测后的PCR产物送到测序公司，让公司对产物进行纯化和测序 5 .BLAST比对获取相似片段。
将测序得到的16S rDNA序列在NCBI上进行blast比对，选择与比对序列相似度高的菌株。
6.构建系统进化树
将选择的序列与测序序列用DNAStar软件的MegAlign构建菌株系统进化树。
如果要测16S rDNA的全序列长度则需要对PCR产物做T-A克隆。
T-A克隆步骤：
鉴定
1.1 T-A克隆需要在PCR产物末端加A尾巴
有些PCR聚合酶可以在产物末端加A尾巴，但并不是所有的聚合酶会加A尾巴，所以在克隆之前最好搞清楚使用的酶到底是否加A，否则克隆出来的白班太少，又要讨论很久。具有3'到5'外切酶活性的高保真酶就不会产生A尾巴。
产物末端加A步骤：
用高保真酶扩增完之后，在反应管中加入0.7-1unit的Tap聚合酶。无需更换buffer
期中的dATP已经够用。
在72孵育8-10min。
立即进行纯化，沉淀、跑胶、或用纯化试剂盒。这一点相当重要，否则高保真聚合酶会
将A尾巴或T载体上的T尾巴切掉。