经过6年多的实践和探索，我市的部门预算改革取得了巨大的成就，较之传统的“收入按类别、支出按功能”的汇总预算，部门预算逐步发挥出其优越性：
1．预算的约束力进一步得到加强。一是克服传统功能预算编制方法的弊端，强化了政府预算的统一性。通过编制部门预算，预算内外收支在一本预算中反映，实现了一个部门一本预算，不仅使政府和财政部门全面掌握了各部门各类资金的使用情况，同时也向人大递交了一本“明白账”，为人大监督提供了实在的基础。二是克服传统预算粗放编制的弊端，增强了政府预算的严肃性。采用部门预算编制方法，细化了预算编制，克服了代编预算的盲目性，预算资金落实到项目后，不允许随意调整，减少了预算执行中随意变动的现象，也使预算的时效性大为增强，既易于预算执行，又充分体现出预算的刚性。
2．预算的科学性进一步得到提高。建立在综合预算及零基预算基础上的部门预算，使财政得以全面审视部门的各项收入总规模和履行职责所必需的资金需求，有助于理顺部门之间的资金供求关系及正常经费与事业发展之间的关系。部门预算在“保工资、保运转、求发展”的原则下，依照个人部分、公用部分和事业发展的顺序逐项核定和公用经费标准的相对统一，改善了部门之间苦乐不均的状况。
3．资金使用效益进一步得到体现。一是将各部门的预算外资金和其他收入全部拿进来统筹安排，这在当前财政资金调度困难的情况下，很大程度上解决了地方财政收入季节性的不均衡与支出的均衡性之间存在的矛盾，增强了政府的宏观调控能力。二是强化了财政部门对单位预算执行的监督手段，变突击检查为日常控制，变事后监督为事前管理，完成了对收入缴库和支出拨付的全程监控，使政府预算支出与部门财务支出一致，保证预算信息的真实。对部门财务管理从资金管理转移到指标控制，既实现了指标、资金分离运行的管理操作模式，又确保了财政性资金使用安全高效。
三、部门预算改革中存在的不足和问题
1．部门预算编制改革遇到的阻力比较大。部门预算及相关制度改革是对各部门、各单位利益的再调整，特别是对执收执罚部门、预算外资金收入较多的单位和部门影响较大，因此，一些部门和单位的领导对改革认识不到位，甚至抱有抵触情绪。
2．部门预算执行没有完全到位。一是虽然编制了部门预算，但由于部门上报的非税收入预算和实际执行出入较大，造成收支预算调整频繁；二是部分单位的项目资金不能根据预算落实和使用，效益不高；三是部分执收执罚部门在编制非税收支预算时，不完全以部门的事业发展为依据，而主要是依据取得非税收入规模，使用仍不够规范、合理；同时存在收支脱钩管理难度大，不易操作,部门间财力分配不公等问题。
3．部门预算编制改革与相关制度不衔接，甚至互相矛盾。首先是部门预算要求提前进行编制，但下一年度的工作任务、目标计划等，各部门都是在年初进行布置，预见性较差，或上级布置的任务较多，细化不了，预计不准，导致预算执行中指标变动还时有发生。其次，零基预算的原则与国家有关法定支出政策之间有矛盾。比如，科技、教育、农业等，国家和中央有关部门都有增长幅度或占支出比重要求，实质上就是基数加增长，与“零基预算”的原则相矛盾。