DNAstar
中文使用说明书
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DNAStar的安装与升级??????????????????.?.6 EditSeq的使用方法?????????????????????.7 打开已有序列
寻找开放读框 DNA序列翻译 遗传密码选择使用 遗传密码修改 序列的反向互补及反向转换 BLAST检索 序列信息查看 序列校读 序列的保存与输出
GeneQuest的使用方法????????????????????12 打开已有分析文件 GeneQuest的DNA分析方法 用分析方法操作 方法参数改变 结果展示优化 Feature注释 BLAST检索 Entrez Database检索 GeneQuest的其他特点 保存分析文件
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MapDraw的使用方法?????????????????????18 新酶切图制作 过泸器类型 应用频率过泸器 应用手动过泸器 使用过泸器一览表 使用Must Cut Here/Don’t Cut Here调色板工具 酶信息显示 环形展示 ORF图 显示择选 保存，退出
MegAlign的使用方法????????????????????.23 创建队列文件 序列设置 Pairwise Alignment 使用 Dot Plot Method 多序列比较 Phylogenetic Tree查看 查看队列报告 Decorations/Consensi MegAlign文件保存
PrimerSelect的使用方法?????????.?.???????.28 创建PrimerSelect文件 定义引物特点 查找引物对 浏览其他的引物信息 按特征对引物分类 引物长度改变 在引物中引入突变 设计新引物 使用寡核苷酸订购表格 保存PrimerSelect文件
Protean的使用方法????????????????..????34 创建蛋白质分析文件 Protean’s蛋白质分析方法 应用分析方法 方法参数改变 优化结果显示 使用蛋白酶消化与SDS PAGE Feature注释 BLAST检索 二级结构模拟 展示滴定曲线
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保存分析文件
SeqManII的使用方法????????????????.????39 输入序列片段 Pre-Assembly Options操作 检查修整的数据 序列装配 查看范围和构建结果 去除矛盾碱基和缺口 手动修改序列末端 文件保存与序列输出
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EditSeq的使用方法 EditSeq是能够迅速、正确地输入，并且修改DNA或蛋白质序列工具。每个EditSeq文件都可以分为三个可编辑的部分，上边的一部分为序列文件，中间的一部分里是评论，底部是序列的注释。
EditSeq能读取大部分的序列格式——包括FASTA，GenBank，ABI、GCG和ASCII格式。你可以使用菜单命令或拖拽方式输入序列文件。另外， 序列也许通过使用键盘输入，或者从其他地方复制、粘贴得到。经Entrez或BLAST检索得到的序列可以直接从因特网或企业内部互联网服务器下载。
序列被打开后，EditSeq能使用标准或者指定的遗传密码进行翻译，或者反翻译，寻找开放读框，还可以进行阅读校对。另外， EditSeq能以GenBank，FASTA和GCG格式输出序列。
如果在使用这软件中需要帮助，可以和DNASTAR联络。电话：（608）258-7420，传真：（608）258-7439，电子信件：support@dnastar.com，或者经http://www.dnastar.com.
打开已有序列
我们从用苹果计算机打开“TETHIS21MA”和用Windows打开“tethis21.seq”开始。
假设序列的末尾有载体序列污染。我们在用EditSeq打开序列的同时，用Set Ends命令去除5’和3’污染序列。
? 从文件菜单（FILE MENU），选择Open。
? 打开文件夹“Demo Sequences”单击选定序列“TETHIS21”。
? 单击位于对话框右下角的Set Ends按钮。Set Ends被打开（如右）。 ? 在5’框和3’框中键入50和850，点击OK。
单击Open打开序列。 当EditSeq窗口打开时，序列长度显示在右上角。通过“setting ends,”现在你只有最初序列中的801 bp的片段。Set Ends选择在全部Lasergene应用程序中都可以使用。
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寻找开放读框
在这入门的一部分中，我们将确定序列中最大的ORF，并翻译它。
? 从SEARCH MENU找到ORF，点击打
开会出现右边的对话框。 ? 单击Find Next寻找第一个ORF的
位置。
? 继续点击Find Next直到你把ORF的位置选定在位置183-455。ORF的坐标
会出现在EditSeq窗口的顶端附近。
DNA序列翻译
这一节中我们介绍如何翻译我们的ORF，不过任何序列中的读框内部分都可以用下面的方法进行翻译。如果你的选择是在三联码的读框内，三联码指示棒显示为实心黑线（如左图）。如果你的选择是不在三联码的读框内，左边的箭头和右面的箭头显示向左或向右移动一个bp，以使所选序列成为三的倍
数。
? 选定ORF，从GOODIES MENU菜单中选择翻译
（Translate）。
? 翻译的蛋白质序列出现在一个新的未命名窗
口中（如右图）。它是使用标准的遗传密码翻译的。
使用其它遗传密码 根据你的序列的来源，你可以选择使用非标准的遗传密码进行翻译等操作。在这节中，我们将标准的遗传密码转换成Ciliate Macronuclear密码 。
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