打开GeneQuest文件后，下一步是选择应用方法。应用方法后，结果的图形显示可以帮助你了解序列上感兴趣的features。打开序列后，你会发现只有几种方法应用后的结果展示在窗口内。在下一部分中，我们将学习如何把其它方法用于我们序列的分析。
? Title——给文件取名。
? Ruler——在文件中加入标尺。 ? Sequence——显示文件中的序列。
? Patterns-Matrix——方法的运算参数。
? Patterns-Signal——转录因子结合位点数据库。
? Patterns-Type-In Patterns——使用键盘输入运算所需的Pattern参数。 ? Repeats-Inverted Repeats——寻找反向重复序列。
? Repeats-Dyad Repeats——寻找Dyad重复和palindromes。 ? Repeats-Direct Repeats——寻找正向重复序列。
? Gene Finding - DNA Finder————在打开的DNA序列中寻找指定DNA序列。
分别显示正义连和反义连的寻找结果。
? Gene Finding - Protein Finder——在打开的蛋白质序列中寻找指定DNA序
列的翻译序列。显示结果为全部6个读框。
? Enzymes-Restriction Map——用DNASTAR酶目录中的酶分析打开的序列，并
以图形方式展示。
? Coding Prediction - Borodovsky——用Borodovsky’s Markov方法来识别
潜在的基因编码区，并以图形方式展示。
? Coding Prediction - Starts Stops ORFs——根据指定的ORFs的最小长度，
寻找可能的开放读框，可以选择是否需要起始密码子。读框的启始和中止点分别展示。
? Coding Prediction—Local Compositional Complexity——根据Shannon信
息学原理寻找有基因编码提示信息的区域。
? Base Contents-Base Distribution——序列上4种碱基、A+T和G+C的频率、
分布，以及AT和gc分布区域。
? Bent DNA - Bending Index——DNA折叠预测。 用分析方法操作
调用新的GeneQuest方法的步骤是：从More Methods中选择方法，加入方法帘（method curtain），待方法运行完毕后，选择性的拖取结果放入分析界面（assay surface）即可（见右图）。在本节中，我们使用Bent DNA - Bending Index方法进行分析。 ? 从ANALYSIS
MENU选择Show Available Methods可以打开方法帘，也可以通过拖动分析界面左上角的小环的打开方法帘。方法帘中包括已经用
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?
?
? ?
于分析的全部方法。
你将注意到方法帘没有Bent DNA - Bending Index method。在方法帘的顶端，点击More Methods打开一个下拉菜单，其中尤可以用于分析的所有方法，点击Bent DNA - Bending Index method，该方法就进入了方法帘。
若查看方法帘中的方法是否已经被应用，点击其右边的三角形。如果图标前有数字表明该方法已经使用，数字表示应用的次数。因为我们还没有应用Bent DNA - Bending Index，所以点击三角形，会发现图标前没有数字。 点击白颜色的位置去除对图标的选择。
单击选定“Bend Region,”，将其拖到分析界面，释放鼠标。序列中可能会折叠的区域就会以小盒子的形式显示出来。
方法参数改变
下面我们改变方法的参数，然后将分析结果与参数改变前的结果进行比较。 ? 重复前面的操作，在方法帘中加入一个新的Bent
DNA - Bending Index，并把它拖如分析界面。现在你应该有2个完全一样的折叠区分析结果。
? 双击方法帘中任何一个结果，将打开一个参数对话框。
? 改变弧长度参数为30，单击OK。分析界面上就会出现根据此参数计算得到的
结果。
（注：如果你再次拖入新的方法时，参数的改变会自动应用到新的方法上）。
结果展示优化
? 组合或移动展示的结果：单击位于GeneQuest窗口左侧的调色板工具中的的
选择器（手图标），在分析界面中可以随意拖动任何展示的结果到任何位置。 ? 改变方法格式：单击目的选择器（手图标），可以选择分析界面上的任何方
法。从OPTIONS MENU菜单选择Line Color，打开彩色选择子菜单。选定颜色后，方法题目和结果显示都将变成那个颜色。另外，你可以用类似的指令进行操作：Line Weight、 Fill Color and Fill Pattern。
? 去除方法：单击选择方法帘中显示的方法，用退位或删除键去除应用的方法
即可。
注意任何你除掉的方法都是能从Methods menu菜单再一次被使用。 注释Features
当你用Genbank输入序列时，序列中标注的Features会自动转换为图形命令显示在方法帘中。这些Features 可以象任何别的方法那样拖到分析界面上显示。 GeneQuest也允许你为你的DNA序列制作新Features：
? 单击位于GeneQuest窗口的左侧的调色板工具（箭图标）。 ? 然后点击选定2641-4257的
Informative Region。
? 点击调色板工具（铅笔图标），
或者从SITES & FEATURES MENU选择New Featur，打开一个
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Feature Editor对话框（如右图）
? 你打开Feature Editor时，首先进入Location设定。点击“Info region”
进入Title box，点击“Segment A”进入Segment Name box，接着，在对话框的底部选择标题和区段名字的位置。
? 点击Description按钮进入新的Feature Editor窗口。如果你愿意，可以在
note中对Feature做标注，在key种选择Feature的种类。
? 点击Style按钮进入最后的Feature Editor窗口，选择字型，大小和颜色，
以及你喜欢图型用于新建的feature。
? 点击OK关闭Feature Editor窗口。一个图形化展示的“Info region”就会
出现在分析窗口的底部。
下面我们把新建的feature与另外一个feature整合起来。
? 单击调色板工具（箭图标）。选定你刚做好的feature，单击工具调色板工
具上的（链图标）。
? 然后点击名为“R01H10.4——CDS.”的feature，再点击连接（链图标）。 ? 这样你的“Info region”featur将继续作为没有联系的方法而存在，但是，
它的拷贝将作为R01H10.4featur的一部分出现。
BLAST检索
GeneQuest为你的序列在因特网或企业内部互联网数据库上进行相似性检索提供2不同的方法。BLAST Selection指令允许你使用序列的任何一部分进行检索。BLAST ORF需要你首先选择序列的ORF，然后他就可以自动翻译，在蛋白质数据库中进行检索。在这一节中，我们用BLAST在NCBI上检索与Nematode R01H10相似的序列。
注意必须保证您的计算机与因特网相连。否则，跳过这一部分。 ? 单击范围选择器调色板工具（箭图标）。
? 如同在右边被显示的那样，单击任何“R01H10.5”的feature。注意此时选
定的仅仅是外显子部分（exons），内含子部分被自动去除。
? 从网络检索菜单，选BLAST Selection。会出现左面的BLAST对话框。
? 不做参数改变，这样，程序是
blastn，数据库是nr。 ? 单击同意开始查找。
寻找结果显示为两部分（如下）。上边的部分是按可能性的顺序显示检索到的序列的名字，下面的部分显示
上面部分选定序列与提交序列（上边序列）比较的具体结果。有关\和\的详细的信息在NCBI's网点
--http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST.--可以找到。一般来说，更主要的score和更低的expectation提示较好的相似性。BLAST结果窗最上边的4钮被用来打开，
或者保存检索到的序列，或者让你了解更多的有关信息。“Put In Document”按钮相当于Gene Finding - DNA Finder，在打开序列中寻找检索到的序列。（如果我们使用
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blastp或blastx，则相当于Gene Finding-Protein Finder） ? 在BLAST结果窗口中选择一个检索结果。 ? 单击Put In Document。保存对话窗将打开。 ? 选定保存位置，并命名。单击保存。
? 你选的序列将象应用方法那样以短的垂直的竖线自动出现在分析界面的底
部。垂直的竖线显示BLAST结果的位置。
? 可以选择Zoom in/OUT来放大或缩小视野。直到你能清楚地查看序列。 ? 其他按钮与EditSeq中介绍的功能相同。
Entrez Database检索
GeneQuest允许你在因特网或企业内部互联网的Entez数据库上进行检索。检索到的结果可以输入GeneQuest（或者EditSeq），或者保存为序列文件。在这一节中，我们将检索与狨视觉色素（visual pigment in marmosets）序列有关的序列，然后学习GeneQuest或EditSeq是如何打开其中的一个序列的。
? 从网络检索菜单（NET SEARCH MENU)，选择新正文查找（New Text Search）
来打开Entrez Query窗口（如右）。 ? 在文本框中敲入
“visual
pigment.”。 ? 从默认为“All
Fields”的下拉菜单中选择“Text Word.”。
? 用鼠标从右面再拖
入一个检索框（New Term）。
? 在文本框中敲入“Callithrix”，从“New Fields”菜单中选“Organism”。 ? 单击查找。查找结果出现于Entrez Results窗口（如下）。
? 双击任何Entrez Results窗口里的序列，就可以查看其详细信息。
如果你想在GeneQuest或EditSeq里打开其中的一个序列： ? 从Entrez Results窗，单击你想打开的序列。
? 从网络检索菜单，选择用GeneQuest或者EditSeq打开（Open with
GeneQuest/Open with EditSeq）。
? 选定文件保存的位置，并给文件取名。单击同意（视窗），或者保存（苹果
计算机）。
如果你选择以GeneQuest打开文件，GeneQuest将打开文件并且将其默认的方法自动应用到序列上。如果你做选择以EditSeq打开文件，Entrez序列将在主窗口中显示。
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GeneQuest的其他特点
以RNA折叠形式查看序列的一部分：
? 选定目的序列，在ANALYSIS MENURNA菜单中选择Fold as RNA命令。 序列酶切，模仿agarose凝胶电泳判定大小： ? 打开方法帘（method curtain）。
? 从More Methods中选择Enzymes - Restriction Map 加入方法帘。
? 单击图标左边的蓝色三角形，打开内切酶一览表。注意方法帘仅仅显示那些
最少切割一次DNA序列的酶。刚打开酶一览表时，所有的酶都被选中了，在空白处单击一下去除选定。
? 选定特定的酶，拖入分析界面，即可以看
见该酶的酶切位点在序列上的位置。 ? 从SITES & FEATURES MENU菜单选泽
Agarose Gel Simulation。 ? 新窗口即显示酶切片段在
electrophoretic的分离情况（如图）。
保存分析文件
? 从文件菜单，选保存。
? 选定文件的保存位置。给文件命名。 ? 单击保存。
? 你所应用和展示的所有信息都会被保存。
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