MegAlign的使用方法 MegAlign提供6列队(aligment)方法，进行DNA和蛋白质序列的配对和多序列比较(multiple aligment)。多序列比较(multiple aligment)可以在MegAlign 的worktable进行查看和编辑。可以根据队列(aligment)的结果制作进化树（Phylogenetic trees），并且，有关序列距离的数据和残基替代可以容易地作成表格。一般多序列比较(multiple aligment)的结果展示于队列(aligment)窗口，相似性和差异用彩色的直方图展示。和全部Lasergene的应用程序一样，MegAlign也提供整合的BLAST查找功能。
创建队列文件
MegAlign提供两种基本的队列方法：配对比较和多序列比较。配对比较可以比较任何2个选定的序列的相似性，而多序列比较对在Worktable中所有序列进行比较。在我们入门的第一个部分中，我们将介绍使用2不同的种类的配对比较方法。我们将从创建一个MegAlign文件，输入两个histone序列开始。 ? 从文件菜单，选Enter
Sequences打开Enter Sequences对话框。 ? 从你DNASTAR文件夹中的“Demo
MegAlign,”文件夹，双击打开“Histone Sequences.”文件夹，左上两个序列是我们选用的序列。
? 单击TETHIS21，点击Add钮。单击TETHIS22，点击Add钮。现在2序列将出现
于右面的窗口。
? 单击Done把序列输入Worktable。
? 从OPTIONS MENU，使用Size 命令增加Worktable的字形大小直到可以看清楚。
序列设置
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下面我们练习subranging输入的histone序列。设置序列的末端在我们这个例子中并不重要，但是当两个序列匹的全序列匹配不太好，或是蛋白质和DNA的混合序列时就变得非常重要了。后者要求每个DNA序列都必须是给出正确的翻译读框。序列设置可以通过给定末端位置手动操作设置，也可以通过特定标注的feature进行。这里，我们将使用histone H2B-1的CDS进行操作。 ? 点击选中（TETHIS21）。 ? 从OPTIONS MENU，选Set
Sequence Limits，接着，从Feature Table打开右面的序列末端设置窗口。
? 顶端的histone H2B-1-- CDS
feature已经选定。下面显示的是选定序列的特点名字和范围。
? 单击Change the Rest用相同
的feature设置第二histone序列。你将自动回到Worktable，这时，设置后的序列就出现了。
配对比较（Pairwise Alignment）
MegAlign提供各种配对比较方法。我们序列是DNA，我们可以用的方法是
Wilbur-Lipman，Martinez-Needleman-Wunsch和Dotplot。在这入门中，我们在使用Wilbur-Lipman的方法。 ? 同时选中两个序列。 ? 从ALIGN MENU中的One
Pair选择Wilbur-Lipman方法。
? 使用默认参数进行比较，
点击OK。
? MegAlign计算队列，然后在另一个窗口显示比较结果。
窗标题展示相似指数（所右匹配残基的百分比），缺口数目，全的缺口长度和一致序列长度。我们可以改变标志颜色来区别匹配和不匹配的序列。
? 单击队列调色板工具（有“x”方框图标），打开下面的队列颜色编辑读化
框。
? 单击深蓝色的方框，接着点击Match Color右面的黑色
方框，他就变蓝了。所有和一直序列一样的碱基都立即变成深蓝色。如此重复可以改变不匹配的序列的颜色。 ? 另外，还可以通过选定或不选彩色选择方框下面的方框
查看队列窗口中队列的变化。如你单击Vertical Bars，则匹配序列间的碱基变成了垂直的棒。 使用点划分方法（Dot Plot Method）
点划分方法是先把要比较的序列叠加起来，然后计算匹配不当的数目。
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? 同时选定两个序列。
? 从ALIGN MENU中的One Pairl里选择Dot Plot打开右面的窗口。
? 单击OK用默认的参数进行比较。MegAlign计算结果会在另一个窗口显示出
来。
每个匹配都与特定的一组残基有特定的相似性（两个都设计在参数对话框中），Dot Plot窗口中展示为蓝色。从左侧末端开始的红色斜线，表示两个序列比较的位置。
? 双击任意一条蓝色的线会打开左面的窗口，其中显示所选定的序列的比较结
果。
多序列比较
为了在MegAlign中进行多序列比较，我们选择一个含有十四个相关的钙调蛋白序列的文件进行操作。使用这个大的数据库我们可以制作进化树，了解MegAlign的其他特性。 首先，我们要创建一个包括14
calmodulin序列的新文件：
? 从文件菜单，选Open打开DNASTAR文件夹的“Demo MegAlign”的文件夹。 ? 双击打开“Calmodulin Alignment”。
? 从OPTIONS MENU，使用Size命令增加字体大小到看得清楚为止。 现在我们需要选MegAlign’s的两个多序列比较方法中的一个进行操作：Clustal或者Jotun Hein。如果已知序列有一定的同源性，我们推荐使用Jotun Hein，并且，如果有关序列相关性的背景未知，可以选择Clustal。我们使用的序列已知全部是calmodulins，所以，我们使用Jotun Hein方法。
在我们实行队列之前，我们应该选择一个权重表。MegAlign’s残基权重表用于对多序列比较进行评分，这样那些虽然残基不匹配，但残基化学性质相似的序列的评分要比化学性质不相似的序列的评分要高。我们的序列是蛋白质，并且我们将使用Jotun Hein方法，所以“Structural”表是最好的选择。
? 从ALIGN MENU选择Set Residue Weight
Table打开左面的窗口。
? 从上面的下拉菜单选择Structural。单击同意。 现在我们可以比较我们的calmodulin序列了。 ? 从ALIGN MENU选择Jotun Hein Method。 ? 队列进程窗显示比较完成的百分比。
? 当队列完毕，Worktable会显示队列的结果。
? 通过VIEW MENU中的Sequence Distanc
查看序列的差别和相似性（如左）。 ? 通过VIEW MENU中的Residue
Substitutions查看残基的替代数目（如右）。
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? 为了继续，关上Residue Substitutions and Sequence Distances窗口。
Phylogenetic Tree查看
? 通过VIEW MENU中的Phylogenetic
Tree打开下面的窗口。默认为Balanced Branches调色板（从顶端第3）。在phenogram中，距离长度近似。
? 为了用cladogram查看结果，单击Unbalanced Branches调色板工具（从顶端
第4）。在cladogram中，枝长度（branch length）是与祖先的节差异的评估。
? 为了继续这入门，关上Phylogenetic Tree窗口。
查看队列报告
队列报告以序列显示比较的结果。 ? 通过VIEW MENU中的队列报告命
令（Alignment Report）打开报告窗口。
? MegAlign允许你改变队列报告
的外观。从OPTIONS MENU中选择Alignment Report Contents打开右面的窗口，选定第3-7和第9个方框，其它不变。 ? 单击同意，更新报告。
创建Decorations和Consensi
另外，我们可以通过加入“decorations”和“consensi.”来优化展示的效果。Decorations包括加框、加阴影和隐藏。在这节中，我们将给那些与一致序列不一致的氨基酸加阴影。
? 从OPTIONS MENU选择New Decoration来打开在左边显示的对话框。
? 在题目框中，输入类似
“Shade disagreements with consensus.”的名字。 ? 下一个排包括3下拉的菜
单。选择第一个下拉菜单中
的“Shade“，中间菜单的“residues differing from”。第3个菜单不变，默认为Consensus。选择第一个下拉菜单中的“Shade“后，会激活其下面的另外两个下拉式菜单。
? 从上边的菜单选择颜色，从下面的菜单选择阴影的样式。
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? 距离单位框不变，为“0.”。
? 单击同意，现在队列报告中所有与一致序列不一样的残基全都被加上了阴影
（如下）。
Consensi是一致序列的另外一种图形展示方法，可以用来标志ambiguous残基。另外，序列中一致和不一致的残疾可以用直方图在队列报告中展示。当在某个位
置上，任何一个序列的残基与其他序列不一样时，一致序列就会以星号表示。并且用直方图的长短显示其中一致残基的多少。 ? 从OPTIONS MENU，选择New Consensus
打开右边的对话框。
? 在题目框中，输入诸如“All
sequences matching potato.”的名字。
? 下面有4个下拉菜单。在第一个菜单
选择Potato Calmodulin。其他的菜单不变：When all match； the
template residue 和 show the template residue。
? 在右边框“otherwise show,”
中输入星号（＊）。 ? 选定“Strength.”框。 ? 单击同意，就把新的一致性设
定应用于打开的队列报告了。 ? 最终的报告如左图显示。彩色
直方图可以显示新的一致序列
的强度。
保存MegAlign文件
? 从文件菜单，选保存。 ? 确定文件夹的保存位置。
? 在文件名框（视窗）或名字框（苹果计算机）中给序列命名。 ? 单击保存（苹果计算机）或同意（视窗）。 ? 对队列和队列报告的变化都被保存了。
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