? 从GOODIES MENU菜单选择Genetic Codes打开，子菜单显示如下。
? 单击“Ciliate Macronuclear”就实现了遗传密码的转换，EditSeq现在使
用的就是Ciliate Macronuclear的遗传密码。 ? 同样可以将遗传密码转换为其它类型。
遗传密码的编辑
这一节中我们修改Ciliate Macronuclear的遗传密码。
? 从GOODIES MENU菜单选择Edit Selected Code。这将打开右面的窗口，窗
口显示遗传密码是怎样翻译DNA和RNA序列的。 ? 如以DNA形式展示密码，点击DNA按钮。
? 编辑时，单击任何要编辑的密码，从其目前的位置拖到新氨基酸对应的位置
则可。
? 如使用不同的启始密码子，单击Set Starts按钮。第二的遗传密码窗就会
被打开，可以进行起始密码子选择。 ? 单击任何氨基酸（或者codon位置），该密码子就会变成绿色，而且旁边出
现一个箭头，它就被设定为起始密码子了。如要去除，只需单击它即可。如不保存，则单击取消；如要保存，单击保存为。
序列的反向互补及反向转换
下面的步骤可以用于反向测定的序列的正确输入。 ? 选定序列。
? 从GOODIES MENU菜单，选反向互补序列（Reverse Complement），或者把序
列颠倒过来（Reverse Sequence）命令，则被选定的序列就被翻转互补或翻转过来了。
BLAST检索
下面我们将在NCBI的BLAST服务器上对TETHIS21序列进行相似性比较。注意为了进行BLAST查找必须保证因特网的连接。如果你没有连接因特网，跳过这部分，继续下一部分。
? 选定序，或者从EDIT菜单中选择Select All。 ? 从网络检索菜单（NET SEARCH
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? ? ?
?
MENU），选择BLAST查找。BLAST对话框就会出现。
程序默认为blastn，数据库默认是nr，参数转换请参照帮助。 单击OK开始查找。
寻找结果显示为两部分（如下）。上边的部分是按可能性的顺序显示检索到的序列的名字，下面的部分显示上面部分选定序列与提交序列（上边序列）比较的具体结果。有关“score”和“expectation”的详细的信息在NCBI’s网点——http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST.——可以找到。一般来说，更主要的score和更低的expectation提示较好的相似性。
BLAST结果窗最上边的3钮被用来打开，或者保存检索到的序列，或者让你了解更多的有关信息。
下面我们从用“Create Document”钮来打开评分最高的5序列开始： ? 单击Create Document。一个小的对
话框出现。
? 在左上角有一个下拉菜单显示默认（default）。单击下拉菜单，选顶端（Top）。
并在右面的文本框中写入5。
? 单击OK，EditSeq自动查对多余序列。如果EditSeq提示至少2序列是同一
个，请点击OK。EditSeq将从因特网数据库下在单一的序列，并分别打开一个单独的EditSeq窗口。
下面我们用“Batch Save”钮将3-10序列保存为EditSeq文件：
? 选定从顶端起第3个序列。单击Batch Save。小的灰色的对话框出现。 ? 单击下拉菜单，选Next。并在右面的文本框中写入8。 ? 点击Set Location，显示文件夹对话框。
? 选定你要保存序列的位置。单击OK回到灰色的对话框。 ? 单击OK保存序列，文件扩展为“.seq”。在下载过程期间，EditSeq自动查
对重复的序列。如果EditSeq提示至少2序列是同一个，请点击OK。 ? 除非你收到错误信息，否则可以认为你的序列已经成功下载。
最后我们可以使用“Launch Browser”钮查看序列的详细信息 ? 选定序列。 ? 选择Launch
Browser。
? 你的网络浏览器将
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打开右面的窗口。
序列信息查看
现在我们要使用EditSeq菜单指令查看有关打开的TETHIS21序列的信息。 ? 选定序列的一部分。如果你倒是希望全选序列，从EDIT MENU菜单，选择
Select All。
? 从GOODIES MENU菜单，选DNA
Statistics。就会出现右面的窗口，显示序列信息。
序列校读
在我们学习保存和输出序列之前，下熟悉一下EditSeq的校读功能
这功能能帮助你校正测序胶中的错读。 ? 选定序列。
? 单击校对发音图标（序列窗口底部张
开的嘴），或者从SPEECH MENU，选Proof-Read Sequence。
? 电子的音声就会开始朗读所选的序列。（注：如果你听不见任何声音，检查
你的计算机的喇叭是否已经打开。） ? 要改变音声read-back的速度，从SPEECH MENU菜单，选择Faster or Slower。 ? 要停止校读，点击图标（手），或者从SPEECH MENU菜单，选择Proof-Read
Sequence。
序列的保存与输出
首先创建一个用于保存的序列。从文件菜单，选New中的New DNA，或者New Protein。
? 将序列写入出现的窗口。
? 如果你输入非法字符，计算机会发出警告。 然后，我们将序列保存为EditSeq文件： ? 从文件菜单，选Save。 ? 选定保存位置。 ? 给序列命名。 ? 单击保存则可。
以GenBank或GCG格式保存序列： ? 从文件菜单，选Export。 ? 选定保存位置。
? 为sequence(s)选格式。 ? 给sequence(s)命名。 ? 单击保存则可。 以FASTA格式保存序列：
? 从文件菜单，选Export（1个序列），或者Export All As One（多个序列）。
当使用Export All As One的时候，如果DNA和蛋白质文件同时存在，激活窗口的序列类型与你保存的类型是一致的。EditSeq仅仅将写入的序列保存为FASTA格式。
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? ? ? ? 选定保存位置。 选FASTA格式。
给sequence(s)命名。 单击保存则可。
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GeneQuest的使用方法 GeneQuest可以帮助你发现和注释DNA序列中的基因，并帮助您操作生物学所关心的DNA的其他feature：包括ORFS、拼接点连接，转录因子结合为点、重复序列、限制性内且酶酶切位点等。通过应用“methods”到序列，序列的feature可以以图形的形式展示出来。你可以在序列上注释任何你发现的feature。和其它的Lasergene应用程序一样，GeneQuest也提供整合的BLAST和Entrez寻找功能。
GeneQuest能直接打开DNASTAR，ABI和GenBank文件。其他格式的序列文件也可以使用EditSeq改为DNASTAR格式。如果你知道Genbank序列的登录号或名称，你可以直接打开序列。另外，你还可以在Entrez数据库进行序列查找和输入。
如果在使用这软件中需要帮助，可以和DNASTAR联络。电话：（608）258-7420，传真：（608）258-7439，电子信件：support@dnastar.com，或者经http://www.dnastar.com.
打开已有分析文件 在这一节中，我们将对已有的GeneQuest文件（也叫做GeneQuest分析）“Nematode R01H10.”进行操作。
? 从文件菜单，选择Open打开一个和右边相似的窗口。 ? 在苹果计算机上，从Show菜单中选择GeneQuestDocument文件。在Windows上，
从文件类型菜单(Files of Type)的中选择GeneQuest Documents。
? 用文件管理系统打开名为“Demo Sequences.”的文件夹。双击Nematode
R01H10，就可以打开下面的窗口。
GeneQuest的DNA分析方法
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