MapDraw的使用方法 根据实验设计，分析和实验结果的展示需要的不同，MapDraw可以制作6种类的酶切图。从简单的线性图到有注释的环形图，在展示限制性酶切位点的同时，还可以同时展示序列的feature，六个读框及其翻译结果。MapDraw也以自动展示从GenBank输入序列的features。
你可以按照位置、酶切频率等来排列你的酶切位点。另外， 你可以用手工选任何酶切位点的结合。酶切位点过泸器（filters）也可以使用Boolean operators联合使用。
MapDraw工具能使你规划酶切位点和克隆实验，产生详细，充分地结果概括。和全部Lasergene应用程序一样，MapDraw也提供整合的BLAST查找功能。
新酶切图制作
我们以组氨酸DNA序列“TETHIS21MA”（苹果计算机）和“tethis21.seq”（视窗）为例。首先我们寻找能够切割组氨酸DNA序列的酶切位点。 ? 从文件菜单选择New打开右边的对话框。 ? 打开“Demo Sequences.”文件夹。 ? 双击打开TETHIS21（见下）。
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过滤器类型
过泸器（filter）是你定义的可以使用的酶切位点的集合。在你自定义过泸器之前，所有酶切位点都会用于序列分析。你可以用和／或来组合过泸器。 MapDraw内置的过泸器如下：
? Overhang过泸器是根据一套你定义的Overhang准则归类的酶切位点。这些准
则包括3’和5’端突出，与别的酶切位点互补以及兼并的末端突出。克隆试验中，可以使用这个过滤器寻找互补末端。
? 频率（Frequency）过泸器是指根据出现于指定的范围序列上的频率归类的
酶切位点。我们将在本节的下一部分中使用这个过泸器型。
? 种类和复杂性过泸器（Class & Complexity）是根据酶切位点种类归类的酶
切位点。这些种类包括：I型（随机）把II型（明确），或者I型+II型。这过泸器也可以根据位点复杂性、价钱和来源进行归类。
? 手动选择过泸器（Manual Pick）允许你按需要选定酶切位点。在随后的一
部分中，我们学习使用手动选择过泸器的方法。
? Must Cut Here/Don’t Cut Here调色板工具也是一种过滤器，随后进行阐
述。
频率过泸器应用
首先让我们用频率过泸器来删除任何可以两次切割我们序列的酶。 ? 从ENZYME MENU，选New Filter，然后Frequency打开参数对话框。
? 在Min和Max对应的框中输入数字1和2，其他的参数不变。这个设定将我们序
列中切割多于两次的位点自动删除。
? 在过泸器名字框中，输入“Two-cuts-max.”。
? 单击Apply将过泸器用于序列分析——然后OK退出参数对话框。你将注意到
在图上酶切位点的数目现在大大地减少了。
应用手动过泸器
虽然减少了大约3分之2的位点，但是还有100以上的酶存在。我们还可以设定一些更严紧的命令进行限制。看一看我们的酶是否能整齐地用来切割TETHIS21序列的编码区。
? 从MAP MENU选Linear Minimapp。打开的窗口显示每个限制酶切割位点的位
置。
? 滚动窗口，直到你看到大的向右的箭头，上写“histone”。“Histone”是
在最初的Genbank入口被注释的序列特点。当我们打开它的时候，这个特点和序列一起输入。 ? 单击选定它。 ? 在屏幕的左上
单击种类调色板工具（Sort），接着选择Sort by Cuts Close to Selection。酶切位点即刻分类，这样，距
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特点最近而且超出选定范围的酶切位点将会排在最上面。
? 滚动到窗口的最顶端。你将注意到，在histone基因的左和右有2酶切位点：
Acs I和Apo I。两个酶切位点对我们来说都是理想的。
现在我们将制作仅仅包括Apo I酶切位点的Manual Pick filter。
? 从ENZYME MENU，选New Filter——然后Manual
Pick。打开酶切位点过泸器编辑器。
? 把Apo I从右边的窗口拖进左边的窗口。给过泸
器取名。在这我们把过泸器叫做“Apo I.”。 ? 点击Apply——然后OK，就保存并应用“Apo I.”
过泸器了。
? 注意到现在线性的minimap仅仅由Apo I酶切位点
和histone特点构成。
使用过泸器一览表
现在我们已经应用了2个过泸器：一个叫做“Two-cuts-max”的频率过泸器和叫做“Apo I.”的手动过滤器，MapDraw会自动把两个过泸器的结果用“AND,”联合起来应用，这样，展示的结果需要满足两个标准：切割一或两次，用Apo I切割。我们手动过滤器包括频率过泸器的单一切点的内容，所以他自动的覆盖了频率过泸器的结果。下述过泸器一览表允许我们随意编辑、组合各个过泸器。
? 从Map Document，单击过泸
器调色板工具（在窗左上的漏斗图标）打开过泸器一览表（如下）。当前应用的所有过泸器都出现于窗口的左边。
? 为了除掉Apo I过滤器，点
击选中它，从左窗口拖到右
边的窗口，单击应用即可。现在由于只有Two-cuts-max过泸器被应用，所以序列上的酶切位点数目立即增加了。
? 把Apo I过滤器拖回，放在And旁，单击Apply再次应用Apo I过滤器，序列上
的酶切位点数目又立即减少了。（如果把Apo I过滤器拖回，放在Or旁，单击Apply再次应用Apo I过滤器，序列上的酶切位点数目不会改变，因为Apo I过滤器是Two-cuts-max过泸器的一部分）。 ? 按上面的方法把两个过滤器都去除。
使用Must Cut Here / Don’t Cut Here调色板工具
Must Cut Here / Don’t Cut Here工具是另一种酶切位点过滤限制方法。我们将用这个方法再次重复上面的操作。 ? 从MAP MENU，选Site & Sequence。
? 向下滚动，直到你看在大的向右指的箭头，上写“histone”。
单击选中。点击Don’t Cut Here调色板工具（红色园圈起的剪刀样图标），去除所有切割选定区的酶切位点。（点击Must Cut Here工具——剪刀样图标——序列上将展示所有切割选定区的酶切位点。） 这样，仅仅剩下那些不切割选定区的位点。
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显示酶信息
内切酶编辑器（Enzyme Editor）使你能够查看内切酶的各种相关信息，包括其名字，识别序列，isoschisomers，种类，价格，销售公司和有效性等详细的信息。你对这些信息可以进行添加或删除操作。
? 打开酶编辑窗（如左），双击任意一个酶的
名字。
? 箭头显示酶识别序列和切割位点。
? 你可以按照“GeneQuest”上的方法在序列
上添加新Feature，并作注释。
环形展示
你可以以环形图展示环形或线性序列，但是，如果序列是线性的，MapDraw会提示你。如果你
想在环形序列上进行酶切位点限制，那末，我们前面提到的Don’t Cut Here filter完全可以做到这一点。
? 通过点击过滤器调色板工具检查当前是否只有Don’t Cut Here过泸器应用。
如果已经应用，则Don’t Cut Here过泸器应该在过泸器一览表的左边的窗
口里，而其他的过滤器在右边。如果这不是这样，请进行调整。
? 从MAP MENU，选择Circular
Illustration，打开左边的窗口。（如果此时有太多的酶切位点，你可以加入其他的过泸器）。
? 通过OPTIONS MENU的Drawing
Size调整图画的大小。2条红线相会的角是你可以做的最小图画的范围。在窗口内点击任何位置，图形大小将显示为那末大。
? 单击同意。
ORF图
? 从MAP MENU，选ORF Map打开右边显示的六读框的开放读框窗口。默认的终
止和开始
codons可以使用指定的遗传密码。方法见EditSeq。 ? 从OPTIONS
MENU中选择ORF Criteria可以设定参数。你能
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调整最小的ORF长度，定义上游启动子和距上游启动子的距离，选定后单击同意即可。
? 放大ORF以查看翻译的序列。方法是点击调色板工具中Zoom In
（有＋的图标），接着，单击分析界面。重复这些2步直到你能看翻译。
显示选择
MapDraw’s OPTIONS MENU提供各种指令允许你做下面的事情： ? 选择1个或3个字母的编码。
? 显示不同的读框组合（Reading Frames 或 Line Layout）。
? 编辑用于翻译的遗传密码（Genetic Codes and Edit Selected Code）。酶
显示可以选择垂直或者水平展示。
? 线性化环形序列（Linearize Sequence）。 ? 显示不确定位点。
保存退出
? 从编辑菜单（EDIT MENU），选保存地图（Save Map）。 ? 选择保存位置，命名。
? 单击保存（苹果计算机）或同意（视窗）。
? 从文件菜单（FILE MEN），选择放弃（苹果计算机）或者退出（视窗），电
脑提示保存或放弃；选择保存，则你操作的所有结果都会保存起来，否则结果会全部丢失。
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