支出远远高于登记收费，往往是入不敷出。这也会在一定程度上影响工作的正常开展。
三是大量的历史遗留问题制约了宅基地的初始登记。宅基地的管理有一个逐步规范的过程。在宅基地管理制度不规范不健全的时期，产生了大量没有经过审批就占用宅基地、一户多宅、多占宅基地等遗留问题。实践中，宅基地超面积的现象尤其突出。对这些问题如何处理，如果没有明确的指导意见，地方很难进行登记发证。另外宅基地权属界限不清等因素也客观上制约着初始登记工作的顺利进行。惠州市国土资源局惠城分局地籍股股长刘新山所提出的“三合一”房子问题、规划问题、宗地问题等就是地方在实践中碰到的现实困难。
四是无法对宅基地的实际流转及时进行变更登记。宅基地使用权的特征决定了其移转受到限制。但由于宅基地使用权人对宅基地上所建的房屋享有完整的所有权，其可以对房屋采取包括转让在内各种合法的处分行为，因此在实践中经常出现宅基地随房屋发生转让而实际发生移转的现象，有的甚至随房屋进行了多次移转，而房屋的受让人又不符合取得宅基地使用权的条件，导致无法进行变更登记。另外宅基地的可继承，导致实践中通过合法的继承而出现的一户多宅、城镇居民取得宅基地（如子女通过上学、参军等成为了城镇居民）等现象，也因为没有政策依据无法进行变更登记。
以《通知》的颁布为契机，推进宅基地使用权登记发证工作
为推进宅基地使用权登记发证工作，《通知》规定了一系列的措施，如要求在征地拆迁时，要依据宅基地使用权证书进行补偿；要求开展集体建设用地流转试点和集体建设用地整理工作，必须首先完成宅基地使用权登记发证工作；要求将宅基地使用权登记发证完成情况作为国土资源管理特别是地籍管理考核的一项重要依据等。
对于存量的宅基地，《通知》要求有条件的地区将宅基地使用权的调查纳入到第二次全国土地调查工作中，查清宅基地的权属、界址和面积，为宅基地使用权登记发证提供地籍调查成果。对实践中存在的“超面积”问题，《通知》分三个不同的时间段分别规定了不同的处理方法等。
对于新增的宅基地，《通知》要求将宅基地的登记发证与审批结合起来。对当事人在办理宅基地用地审批的同时申请土地登记的，要求国土资源行政主管部门做到即批即办，在住宅建成并实地检查合格后，报人民政府核发土地权利证书。
对宅基地变更的，《通知》规定要严格落实农村村民一户只能拥有一处宅基地的法律规定。除继承外，农村村民一户申请第二宗宅基地使用权登记的，不予受理。
为此，各地应当以《通知》的颁布为契机，按照《通知》的要求完成宅基地使用权登记发证工作任务。
一是提高认识。要站在贯彻落实科学发展观、切实保护广大农民群众合法权益的高度，充分认识加快宅基地使用权登记发证工作的重要意义。宅基地使用权登记涉及农村千家万户，关系到广大农民群众的切身利益。加快宅基地使用权登记发证工作，是依法保护宅基地使用权人合法权益的重要措施，是加强农村宅基地管理的重要手段，也是集体土地使用制度改革和土地统一登记的重要基础和保障。通过开展宅基地使用权登记，可以有效规范农村住宅建设，防止乱占滥用耕地，推进社会主义新农村建设，维护社会的和谐与稳定。
二是加强领导。要积极争取地方政府及相关部门的重视和支持，切实加强对本地区宅基地使用权登记工作的组织领导，把宅基地使用权登记工作作为当前一项重要工作，认真部署落实。要按照2009年底前基本完成全国宅基地使用权登记工作的要求，结合本地区实际情况，制定工作计划，明确工作目标和任务，层层落实责任制。如惠州市委书记黄业斌、市长李汝求亲手将《集体土地使用证》交到村民手中，表明了市领导对宅基地登记发证工作的高度重视，将大大促进惠州市宅基地使用权的登记发证工作。
三是加强宣传。采取多种形式，加大宣传和工作力度，争取广大农民群众和社会各界的理解和支持，增强登记发证工作的紧迫感，集中力量，克服困难，确保宅基地使用权登记发证工作如期完成。
四是调动国土资源所工作人员的积极性，更好的促进宅基地使用权的登记发证工作。因为宅基地使用权登记的大量的事务性工作，具体如提供咨询、接受申请材料、询问当事人、实地查看以及填制发放土地证书等，都将由国土资源所承担，经过县级人民政府国土资源行政主管部门委托或授权，具有土地登记上岗资格证书的国土资源所工作人员甚至可以从事土地权属审核和登记初审工作。总的来说，宅基地登记发证的许多具体工作需要国土资源所来完成，国土资源所将在宅基地登记发证过程中发挥不可替代的作用。因此在开展宅基地登记发证的过程中，充分发挥国土资源所的作用，调动国土资源所工作人员的积极性，对顺利完成宅基地使用权登记发证任务十分必要。
五是采取多种渠道，开源节流，解决登记发证经费问题。如争取地方政府及相关部门的重视和支持，争取财政经费支持；采取批量登记发证和结合新增宅基地的审批来加快进度、节省登记费用支出等。
六是要严把宅基地使用权登记关口。严格依照法律、法规和政策规定进行登记，严禁通过登记将违法用地合法化，尤其是不能为城镇居民在农村购买和违法建造的住宅发放土地使用证。
七是要对宅基地使用权登记发证工作中发现的问题加强研究，探索创新，积累经验，
为出台新的政策和规定奠定实践基础。