到目前为止，真正的科研型学科均以研究所的方式运行，来避免行政化对学科的分割和阻碍。如果川农的动物遗传育种沿着既有的思路，不形成一个简明扼要的中心，那么行政分割必将成为学科长远发展的票房毒药，而我们注定为之买单。因为长此以往，动物遗传育种越来越微弱的创新活力必将渐渐熄灭。
资料：动物遗传育种与繁殖学科简介
动物遗传育种学为学校优势学科。1965年邱祥聘教授即开始招收研究生，改革开放后，从1982年至今，动物遗传育种专业招收的研究生一届也没有中断。1984年本学科点被批准为全国畜牧领域第一批博士学位授权点，1992年进入四川省首批省级重点学科的建设，1995年被批准建设四川省重点实验室——动物生物技术中心，1998年被纳入国家“211工程”重点建设学科，1999年被教育部批准为长江学者特聘教授设岗学科；所在一级学科——畜牧学2000年被教育部增列为一级博士学位授权学科，2001年设立博士后流动站。2004年本学科点被批准为四川省教育厅重中之重建设学科。学科现有专职的教学科研人员42人，其中教授（研究员）11人，副教授10人，博士生导师7人，硕士生导师14人。
(8)作物育种：英雄主义与后继无人
在川农，作物遗传育种绝对是最强的学科。在2006年的国家教育部学位中心排名中列第四位，仅次于中国农大，华中农大，南京农大，这是川农近年来学科中全国最高的排名，但与前三所学校相差较大。
作物育种是国家重点学科，2002年增列，同时又是农业部和四川省重点学科，2007年通过教育部评估考核，仍为国家重点学科，这是川农最核心最重要和最有代表性的学科，云集了川农最多最高的奖励和最高水平的师资，名列中国西部第一。
然而川农的作物遗传育种早已经埋藏着隐忧。在颜济（准院士）、周开达（院士）、荣廷昭（院士）三位大师的带领下，当年的川农在小麦、水稻、玉米三大育种领域独步天下，成为川农最具有号召力的学科之一。如今颜济教授淡出，周开达院士倒下——荣廷昭硕果仅存，川农的作物遗传育种，面对着更多不可期的未来。
有人说，自从周开达院士轰然倒下的那天起，川农的水稻育种优势就已经不复存在了。更为让人痛心的是，作为周院士的托孤者黎汉云老先生（2005年四川科技最高奖唯一候选人，曾经在著名的全国杂交水稻合肥会议和厦门会议上顶住压力将有“杂交水稻之父”之称的袁隆平提出的迅速实现“两系法”选育水稻的言论驳回，提出了“三系法”与“两系法”共存的思路，为四川省的水稻产业发展做出了拯救性的贡献）随后也逐步身体告急（黎老曾因胃出血累倒在实验室），淡出了水稻育种研究的队伍。此时仅余下两人的得意门生汪旭东一人苦撑全局，汪勤勤恳恳，兢兢业业，几乎以透支身体的方式来延续着前辈的事业，也取得了无比显赫的成果。汪27岁毕业于川农， 32岁即享受国务院特殊津贴，并领衔省水稻育种攻关组组长，并在2003年获得含金量极高国家科技进步二等奖，此时汪年仅40岁。可以说，他的成绩远远超出了同时期他的两位恩师的成就，假以时日，他将成为我国乃至世界水稻育种方面的将星。然而人生无常，命运跟我们开了一个玩笑。就在2003年，汪在北京参加会议时与周院士一样，以同样痛苦的方式退出了育种界。汪的陨落，让我们倍感痛苦，顿足长叹，天妒英才。
此后的川农水稻育种开始没落，从2003年以来，再没能取得一项能够拿得出手的成果，再没有获得过一项高水平的攻关项目，再没有拿下一项高水平研究基金——眼下的水稻所，主要是邓晓建、李平、李仕贵、吴先军、徐正君、朱建清五人在统领。不可否认，包括其他的后备人才在内的川农育种队伍依然有着突出的水平，然而，自从周院士、黎老先生和汪旭东三人淡出之后，川农的水稻育种突然失语，陷入一种无以名状的尴尬境地。群龙无首之后，他们再难找出一个重要的创新点和突进点，从而尴尬地陷入到了整体的沉默当中。
小麦所成立于1984年，主要工作领域为小麦分子遗传与基因工程育种、小麦细胞遗传与染色体工程育种、小麦族系统学与资源利用。在小麦所的成绩单上，有一个国家技术发明奖一等奖、一个国家自然科学奖二等奖。小麦所的主要精神领袖和开拓者颜济是个极具个性的学者。国家杰出高级专家，国际小麦族协作组成员，中国南方小麦的权威专家之一，川农国家重点学科作物遗传育种学科的第一名博士生导师，培养了川农的第一名博士——郑有良。曾担任联合国粮农业组织有关小麦种质资源研究课题中方负责人，创建了中国最齐备的小麦种质库。在小麦研究领域成果丰硕，获得过国家发明一等奖，自然科学二等奖，何梁何利奖，其成绩在获何梁何利奖时的介绍，评价极高。在国家自然科学奖这个几乎没有一等奖的奖项里，颜济教授作为全国唯一两位非院士参评者， 凭借自己的创新、研究实力在2000
年的评选中与20多位院士激烈较量，最终数位院士落败，而他捧回了含金量极高的自然科学二等奖。教学严谨，授徒极严，高徒不少。如留校的郑有良、张新全、刘登才，在复旦大学的长江学者特聘教授卢宝荣，出国的孙根楼等。此外，2009年候选院士当中，任正隆教授和许为钢研究员均曾间接受泽于颜济教授。2001年，颜济教授候选院士，未能成功——科学网为此发文，称颜济为“81岁仍保持高度创新，不是院士却胜似院士的学者”。
落选院士之后，颜济先生决计前往北美潜心著书，以期完成自己在小麦族方面的最后作品。自此淡出小麦所，将旗帜交给了水平很高的任正隆、郑有良两人。但两人的高水平并未将小麦所带入到合理的境界。值得一提的是，郑、任二人与颜一样，都是很有个性的学者。后两人均进入学校领导班子，科研能力却逐步荒废。传郑、任不和，任出走电子科大，郑升任校长，周永红、傅体华、刘登才领衔小麦所的复兴之路，但现在看来，收效甚微。
玉米所是前身是前身是著名玉米遗传育种学家杨允奎教授1963年创建的数量遗传教研室（文革中被付之一炬），到1997年成立玉米研究中心正式成立，2000年更名为玉米研究所。玉米研究所主要带头人为荣廷昭院士，这也是三所当中现在仅存的大师。
在荣院士的带领下，玉米所依旧保持着良好的创新势头。在后起的人员当中，黄玉碧和潘光堂水平比较高。研究所先后获国家技术发明二等奖2项，四川省科技进步特等奖1项、一等奖、二等奖、三等奖各3项，发明专利3项。其中2008年获得的国家技术发明二等奖是川农近年来唯一取得的重大突破。在丢失了水稻、小麦两个阵地之后，玉米所算是为川农挽回了一些颜面，值得肯定。
此外，在作物育种群内，近年引入了油菜育种（牛应泽）、马铃薯育种（王西瑶）作为新兴学科，但油菜发展缓慢，倒是马铃薯育种发展速度较快，值得关注。无论如何，今天的作物遗传育种实际上依旧保持着庞大的学科力量和较好的学术环境，只要注重避免近亲繁殖对育种学科的影响，川农的作物遗传育种，依旧存在着较大的上升空间。
但问题在于，人才是最重要的因子。汪旭东离开后的水稻所，居然再也每一个制高点，小麦所也同样如此——我们担忧的是，玉米所会这样吗？如果荣廷昭院士有一天真的倒下了，我们的下一个接班人在哪儿？失去了英雄的川农还敢号称南方小麦研究中心吗？还能继续号称西部水稻研究中心吗？
资料：水稻所简介
水稻所的前身为创建于1936年四川大学农学院稻作室，1988年经省政府批准成立研究所。历经杨开渠教授、李实贲教授和周开达院士等前辈及全体教职工的共同奋斗与发展，现已成为我国重要的水稻专业研究与人才培养单位。在岗专家中，有中国工程院院士1人，正高9人，副高8人，具有博士学位的15人，现有博士生导师7人，硕士生导师11人四川省学术和技术带头人7人，享受政府特殊津贴专家5人，国家百千万人才第一、二层次人选2名。获得国家级、部省级各种奖项共38项，其中国家发明一等奖一项、科技进步二等奖二项、三等奖一项，四川省科技进步特等奖一项、一等奖六项。
资料：小麦所简介
小麦所是省人民政府1984年批准建立的专业研究机构。小麦研究所设有小麦分子遗传与基因工程育种、小麦细胞遗传与染色体工程育种、小麦族系统学与资源利用3个研究室。博士导师7人，正高8人，副高2人，具有出国留学或国外合作研究经历的教师11人。国务院政府特殊津贴4人，国家百千万人才工程一二层次2人，教育部新世纪优秀人才计划3人，四川省有突出贡献的优秀专家4人，四川省学术和技术带头人4人。 获省部级以上科技奖励12项，其中, 国家技术发明奖一等奖1项、国家自然科学奖二等奖1项，四川省科技进步奖一等奖2项。江泽民曾视察小麦所，小麦所曾培育出2篇优秀博士论文。
资料：玉米所简介
玉米所的前身是著名玉米遗传育种学家杨允奎教授1963年创建的数量遗传教研室，1997年成立玉米研究中心，2000年更名为玉米研究所。现有正高7人，副高5人，副研究员1人。队伍中有国家杰出高级专家1人，国家有突出贡献的中青年专家1人，四川省中青年优秀专家1人，四川省学术技术带头人4人，四川省学术技术带头人后备人选3人，享受国务院政府津贴专家5人，博士生导师6人、硕士生导师9人。玉米研究所是西南地区玉米遗传育种人才培养的中心。玉米所所先后获国家技术发明二等奖2项，四川省科技进步特等奖1项、一等奖、二等奖、三等奖各3项，发明专利3项。
(9) 森林培育：师资匮乏下的动力饥渴
森林培育是川农最古老的学科之一，早在建校之时，林业就已经作为主干学科之一。佘耀彤、程复新、邵均、李相符、李荫桢等著名学者曾在林学专业执鞭，所以川农的林学专业一直在业界享有盛誉。正是因为历史的悠久，川农的林学发展也较为坎坷。
除了跟随川农与川大几分几合并迁移雅安独立建院之外，林学专业一度颠沛流离。1959年，四川林学院在雅安独立建院，1962年迁址西昌，1973年四川林学院撤销，1976年原四川林学院部分教师重回川农恢复林学专业，1977年设林学系，1993年林学系、园艺系合并成立林园院，前不久林园院又拆分为林学院和园艺院。
而川农的森林培育也就是在这样的颠沛中逐步成长壮大。森林培育是川农传统优势，为国家林业局重点学科，四川省重中之重建设学科，有1个四川省林业生态工程省级重点实验室。1983年起开始招收造林学硕士研究生，2000年起招收森林培育学博士研究生。下面的林学本科专业为国家级特色专业。
川农的森林培育至今依旧在全国有一定的影响，在全国非林业类类高校当中排名第一，如果算上林业类高校，也仅次于北京林大、中南林大、西北农林、南京林大、东北林大排名第六。2007年，陈其兵等人参与了与南京林大合作开展的“四个南方重要经济林树种良种选育和定向培育关键技术研究及推广”项目获得了国家科技进步二等奖，从而避免了2006年川农在国家三大奖项方面颗粒无收的尴尬局面。
但川农的林学学科队伍人员老化，青黄不接，缺乏杰出学科带头人。在森林培育的队伍当里，老三架马车胡庭兴、张健、罗承德中，从瑞典农业大学归国的胡庭兴水平最高，但不能与专门的林业院校相比。
由于农业院校的缘故，川农的林业学科极难向外引进到水平较高的科研学者。在后来的森林培育的接班人当中，李贤伟、陈其兵、王永清水平在川农勉强维持，但在对外的竞争当中处于弱势地位。
近年从外引进了几名博士，杨万勤博士入选取教育部新世纪优秀人才支持计划，成为川农林学唯一入选的教师。林学学科发展步伐过慢，令人忧心，不知何年才能争取到一级学科博士点。