植物生理生化领域主要由作物遗传育种方面的队伍组成，如荣廷昭、任正隆；
动物生理生化领域则是由动物遗传育种和动物营养学方面的队伍，如李学伟，陈代文；生物信息、基因工程方面则由兽医、育种方面构成，如文心田、李晚忱。
生物物理是发展了20多年的硕士学科，但一直没能有较大的进步，目前有教授、博导2名。微生物学中的学术带头人张小平教授是个有较高水平的学者，但该学科发展并不理想，虽集中了农学、动科、资环3大院的力量，但仍未获得博士点。
就全国来看，川农的生物化学与分子生物学只能算是个小弟，根本没有比较合适的位置供给川农选择。不过，如果按照现在的思路，走一条具有川农大特色的，以育种、医学为目标的生物生化学，也未必不是一种比较好的思路。
N0.6植物病理学
川农的植物病理学建立较早，最早的奠基人当然是杨志农了。他1901 出生，14岁就进入清华大学，毕业之后留在清华大学任教。23岁留学美国，学习研究植物病理及植物生理，在美国威灯康华大学发表了《植物的结晶体及其在生理上的作用》论文，获得专家的极力赞许。归国后先后在浙江农大、沈阳农大、齐鲁大学等地工作，与川农三度结缘，并在1950年正式担任四川大学植物病虫害系主任。
1956年川农迁建雅安；杨志农成为农学院最具人格魅力的教授。然而在1957年，杨志农因由出国经历遭受到不公正的待遇，最后入狱，并于狱中病故。1980 年6 月，四川省高级人民法院决定正式给其平反昭雪。
川农的植物保护为一级学科硕士点，最强的则是植物病理学。植物病理1986年获批为硕士点，2006年获得博士点。叶华智教授是西南地区第一位植物病理博导，但植保学科而言，川农是西南地区最弱的一个学校了，云南农大的植物病理2003年获博士点，2006年获植物保护一级学科博士点，贵农和西农也有植保一级学科博士点。
植物病理学现有马均、黄富、黄云、朱天辉、龚国淑五位博导，文成敬教授和叶华智教授均已退休。不过水平较高的是黄富和黄云，其他三位在科研方面的水平难堪重任。
全国共有37所院校拥有植物病理学博士点，川农处于中游偏上的位置，但已经落后本区域内很多。虽以四川省农科院植保所与川农保持着密切的关系，但合作培养的方案和机制都没有。
N0.7基础兽医学/临床兽医学
由于重点发展预防兽医学的关系，川农的基础兽医学发展一直比较缓慢。虽然基础兽医学在1986年获批为硕士点，但发展速度远远落后于预防兽医学。基础兽医学在2006年才被批准为博士点，此时已经过去了20年。
现在的基础兽医学有三名博导，殷中琼、崔恒敏和汪开毓，传汪、崔不和，基础兽医学发展步调极为缓慢。一位基础兽医学内副高曾直言：“基础兽医学就是一个不好不坏的由头，丢了吧，有点可惜，但呆在这儿实在找不到太多的事情做。要想真正做出成绩，就要到外边的世界去看看，要想留在川农，干脆去预防兽医吧。”
基础兽医面临的难题，实际上是“鸡肋困境”——弃之可惜，食之无味。一个长达20多年的硕士点，居然没有取得一项突破性的进展，甚至在人才培养方面都让人惭愧——那么，一个既不能出良好教学成果，也不能出重大研究成果的博士点，确实让人比较郁闷。
川农的临床兽医学跟基础兽医学的处境别无二致，临床兽医学在2001年才获批为硕士点，在2006年就获批为博士点，完全是沾了预防兽医学强势下的兽医学一级学科博士点的光。现在的三名博导是崔恒敏、曾宪垠、程安春，明眼人都能够看的清楚，其实对于基础兽医学和临床兽医学这样的花边学科，更多地是为了保证学科的存在而进行了技术处理。
兽医学因为有了基础兽医学、临床兽医学的存在才会变得完整，真正的“兽医学一级学科才会有意义。但我以为，川农的兽医学科不应该有衰落，因为目前我们呢还没有一个国家一级重点学科，只有两个二级。
真正的学科强大是全方位的强大，而非一个学科的单独芬芳。
N0.8 特种经济动物饲养
历史上川农的特种经济动物饲养很棒，但那已经是很久很久以前了。川农早期领导人杜用选毕业于日本东亚蚕桑学校，在他的任上，将川农的蚕桑发扬光大。后52年院系调整将川农的蚕桑专业调整到西南农大，川农从此再没有进行蚕桑方面的研究。现在的西南大学的蚕桑已经世界第一。
今天的川农的特种经济动物饲养学科，川农基本上是空白，原无本科专业，也无研究生点。后来在2001年被批准为硕士点，再后来后因畜牧学获一级学科博士点，2006年批准为博士点，但校内没有导师。
于是川农从山东农大聘请蚕桑专家牟志美兼职博导招生，后动物生理学专家周定刚老教授也在该学科招博士、硕士生，马恒东、李志琼也曾在本专业招收博士、硕士生，但总体学科力量几乎空白。
值得注意的是，2010年，川农并没有在这个领域招收新的博士研究生，只有李志琼一名副高在水产方面招收硕士研究生，这基本上可以视为这个博士点的最终命运——不过，在2008年，学校开始招收动物科学（特种经济动物养殖方向）的本科生，也许是在为特种经济动物饲料的复兴做新的尝试和准备。
(11)预备学科：老而不强下的尴尬
除了前文所探讨的重点学科和博士点之外，第二层次的学科单位便是硕士点。硕士点作为博士点的预备学科，经过长期的建设和发展之后可以发展为博士点甚至是国家重点学科。一般而言，具有一级学科硕士点的单位总体发展较为全面，或者说单学科发展较为强劲，可以带动整个学科群的发展。
在川农的资料中，介绍说川农有73个硕士点，除去10个一级学科名称，余下63个，此外还有15个硕士点是在一级学科名义下自主设立的，就余下来48个真正的二级学科硕士点。这其中包括36个国家批准设立的硕士点，12个四川省批准设置的硕士点。
拥有一级学科硕士学位授权意味着学校在某个领域有着较好的科研水平，也是最有可能取得突破的学科。
川农拥有一级学科硕士授予权的学科包括生物学（12个非自设硕士点）、环境科学与工程（2个非自设硕士点）作物学（2个非自设硕士点）、园艺学（3个非自设硕士点）、农业资源利用（2个非自设硕士点）、植物保护（3个非自设硕士点）、畜牧学（4个非自设硕士点）、兽医学（3个非自设硕士点）、林学（7个非自设硕士点）、农林经济管理（2个非自设硕士点）一共10个，总计覆盖55个二级学科硕士点（其中非自设40个，自设15个）。
这其中畜牧学、兽医学、作物学同时又是博士一级学科授权单位，也成了学校最为强大的三个又是主干学科；园艺学、植物保护、林学、农林经济管理三个学科均有一个博士点，是最有希望发展为博士一级学科授权店的学科；农业资源利用则是以土地资源管理为主体的老硕士点，发展十分缓慢；环境科学与工程是进入新世纪之后新发展起来的学科。
因为在之前的优势学科层次上，我们已经分析了前面三个学科的发展情况，下面我们重点注目后面六个学科。
N0.1园艺学
园艺学包括果树学和蔬菜学、茶学三个学科点，川农的园艺学科创建于1934年，但建立在林学的体系内，因此发展速度一直较为缓慢。其中果树学是四川省重点学科， 1993年成为硕士点， 2003年成为博士点，蔬菜学和茶学则在2003年获批为硕士点。
川农的蔬菜学的师资力量一直单薄，即便是在进入211工程之后也是如此。寒碜时只有一名快退休的老教师和一名刚从西农毕业的助教，后果树学李焕秀改行从事蔬菜研究才使得蔬菜学逐渐稳定下来，但依旧薄弱。
现在的队伍中也还是只有李焕秀一名正高，甚至副高都没有一名，后来从西南农大引入严泽生，送秦耀国到华南农大读博，加上实验方面的郑万刚，算是基本保证了4个人规模的师资队伍。
茶学是个老专业，在被誉为“中国茶文化发源地”的雅安，川农的茶学居然长期没有发展，要到2003年才申请到硕士点，这确实是一种悲哀。拿到硕士点之后，川农开始注重建设茶学专业。齐桂年和杜晓先后从湖南农大和川大获得博士学位，但整个学科实力太弱，只有2
名正高，3名硕导。随着学校刚刚进行了院系调整，茶学系的师资队伍得到了进一步扩容，现在的茶学系的师资力量已经基本上能够满足茶学系教学科研的需要。最近正传雅安市有意与川农合作开办蒙顶山国际茶学院，可能是学科建设的转折点，但校地关系依旧是需要首先克服的障碍。
N0.2 植物保护
植物保护也是一个历史比较悠久的专业，独立建校初期领导人为刘志农，后刘志农蒙冤后一度停摆。1993年，川农设立了植物保护专业。植物保护一级学科下包括植物病理学、农业昆虫与害虫防治、农药学三个二级学科硕士点。
其中植物病理学最强，1986年获得硕士点，2006年成为博士点，但总体实力较弱，在国内没什么影响。叶华智、文成敬以及张敏三人淡出后，主要由黄云和龚国淑、黄富三人负责植物病理学的工作，黄云曾在美国农业部贝尔维兹农业研究中心和斯里兰卡国家水稻所工作过，四川省学术带头人后备人选，创新能力不错，但受限于学校的条件，并没能将植物病理学带上新的巅峰。
黄富是中国植病学会青年委员会委员、西南植病委员会理事，中国植保学会、中国昆虫学会、中国菌物学会会员，四川省植保学会理事、植病专业委员会副主任。省学术和技术带头人后备人选；省突贡优秀专家。龚也是四川省学术带头人后备人选，但在方法论方面的创新水平不高。近些年川农的植物病理学落后得厉害，在西南地区都处于二流领域。
农业昆虫与害虫防治学科的中坚是李庆教授，四川省学术带头人后备人选，四川省植物保护学会常务理事、副秘书长，农业部农药检定所农药认证药效试验杀虫剂项目技术负责人。农业昆虫与害虫防治学在2001年获批为硕士点，近些年来发展较快。至于农药学，川农基本上没怎么发展，基本上一片空白。
N0.3林学
林学是农业领域内部最大的一级学科之一。林学一级学科下设7个二级学科，其中森林培育是川农林学中最强的二级学科，1986年获得硕士点，2001年获得博士点，成为农业院校（除专门的林业院校）中第一个获林学博士点。