森林保护1993年获硕士点，森林经理学和水土保持在1998年学科调整时获得硕士点。园林植物和观赏园艺是林学中发展最快的学科，1995年开始招本科，2001年获硕士点。2006年，林学获一级学科硕士点，林木遗传育种和野生动植物保护才考试培养研究生。林学总体发展速度较快，2009年还获得了林学一级学科博士后工作站，这实际上可能传达出一个信息，林学可能成为川农第四个一级学科博士点。
就目前的情况来看，川农的林学也确实不错，在专门的林业院校之外保持着第一的位置。但与森林培育的发展一样，困惑川农林学的问题，同样是师资力量匮乏的问题。
除了森林培育之外，森林保护最强，带头的朱天辉是四川省学术与技术带头人后备人选，作为博导却没有招收博士生的权利，这确实比较悲剧；森林经理学以前由胡庭兴主导，后来改为黄从德，黄是学校青年学术骨干，但经验远远不足胡的积累；水土保持一直人才吃紧，由森林培育方面的罗从德帮忙带，此外水土保持还有宫渊波、邓玉林两位硕导，但在省内都谈不上什么影响，更别说国内了；园林植物和观赏园艺是最近的明星学科，房地产和建筑学推动了园林园艺的发展，加上陈其兵强大的开拓能力，学科已经有了省重点实验室风景园林重点实验室，并建立了园林研究所，走上了市场化的道路；林木遗传育种是个弱小的学科，周兰英一名副高领军，后来从西南林学院引进了罗建勋作为兼职教授，但也正是兼职而已；野生动植物保更是可怜，只有叶萌一人苦撑局面，从外部引入了李少英和刘炎兼职，但没给学科带来更好的思路。
受制于农业院校的大环境，川农林学的大发展可能是个奢谈。就目前来看，川农的林学要想跟畜牧学、兽医学、作物学等领域平起平坐还需要很长的时间，要外向发展的话，西南林学院和西北农林科技大学也是几乎无法撼动的强大对手。
N0.4 农林经济管理
农林经济管理是四川省重点学科，集中了川农全部人文社科精英（包括马克主义、土地资源管理、技术经济学、产业经济学、区域经济学）的农村发展研究中心为四川省教育厅人文社科重点研究基地。
农业经济管理1986年获得硕士点，2006年获得博士点，同年农林经济管理获批一级学科硕士点，林业经济管理才成为硕士点。由于学科倾斜的影响，农业经济管理得到了最大限度的扶持，而林业经济管理这个部分基本上没怎么搞，甚至也没有招硕士生。
川农的农业经济管理在国内没什么影响力，尽管斥巨资引进了一大批师资力量，但由于学术水平的差异，并未能取得重大突破。期望农林经济管理成为一级学科博士点，基本上只能够成为一个美好的幻想。
N0.5农业资源利用
农业资源利用是一个古老的专业。其前身是 1936 年四川大学农艺系设的农业化学组。 1944年招收本科生，当时的学科大师云集。土壤农化学界泰斗彭家元、知名学者陈朝玉、侯光炯、曾慎等均执教于此。1959 年招收独立建院后的首届本科生，1990年成为硕士点，接近30年过去了，川农的土壤学还是个硕士点，30年的时间都没有取得一个突破。
虽然在农业资源利用的领域既有中央与地方共建实验室（资源环境基础实验室），又有四川省重点实验室 (土地资源信息实验室)，但难以想象一个学科如此老化和堕落的学科如何让彭家元等先辈瞑目。
如今的土壤学的“三驾马车”乃是邓良基、王昌全和张世熔。邓为学校党委书记，80年代中期曾留学德国，但水平委实一般，尤其在区域视角方面较为欠缺；王昌全为资环院院长，80年代中期留学英国，水平较邓高，省学术技术带头人，获得过第一届全国青年土地科技奖；张为教授级工程师，毕业于中国农大，曾主持过中澳合作项目，并参与过西藏资源调查工作，视界较为宽广，但他转型走向GIS,反倒限制了自己的优势。陈强、李廷轩均不算是学科的好手，基本上只能作为补充。
植物资源利用在2001年成为一级学科硕士点，植物营养学也成为硕士点。但川农的植物营养学没法谈什么发展，充其量只能够谈生存。植物营养学的带头人陈远学，一名副高，虽曾在日本广岛大学学习，但水平确实不怎么样。至于张锡洲，创新能力甚至比不上陈。八年过去，植物营养学依旧处于“摸着石头过河”的阶段。
N0.6 环境科学与工程
环境科学与工程与农业资源利用是一对孪生儿。但环境科学这个方面的说法比较晚，所以川农的环境科学与工程起步也比较晚。环境科学与工程下面有环境科学和环境工程两个二级学科，川农的环境学科均以农业环境为核心。
环境工程相对较强，有一个农业环境工程四川省重点实验室，2003年拿到硕士学位授予权，但水平一般。学科带头人邓仕槐在教学方面是个好手，但在科研方面水平不高，属于教学型的老师。但这不能怪邓，整个环境工程均属于教学型，离科研还很远。环境科学更弱，2006年拿到硕士点。一开始无师资。后从事土壤学的伍均转行做环境科学，使得环境科学有了一名硕导。另外一名硕导，倪福全，一位水平比较高，思维比较开放的学者，但也由水工转型而来，主要工作领域是水安全和人畜饮水。
面向农业环境的环境学科，应该是川农环境的出路。面向教学的环境学科，不不应该被诟病。近年来本科的农业资源与环境发展迅速，已经成为国家级特色专业，是值得欣慰的。但适当加强科研创造能力，确实环境学科要想突破的首要瓶颈。
N0.7生物学
因为有遗传学的强大，所以川农的生物学发展较快。生物学一共有12个二级学科硕士点，其中生物学中分子生物学是川农发展最快的学科，集中了川农作物遗传育种学科的精英力量，1996年申请到硕士点，2001年便争取到博士点。生物物理学跟土壤学一样，在1990年成为硕士点，今天已经接近30年过去了，却一直未有取得突破，目前有教授、博导2名。生理院的曾宪垠是个“三栖人群”，在动医院、生理院、资环院均带学生，但水平较低。微生物学中的另一名学术带头人张小平教授是个有较高水平的学者，曾经拿到过教育部优秀年轻教师基金。但该学科发展并不理想，虽集中了农学、动科、资环3大院的力量，但仍未获得博士点。微生物学在1998年成为硕士点，同样也师资缺乏，由张小平也在这个方向招收硕士研究生，另外有四川省农科院的郑林用在方向上兼职带研究生。
植物学和细胞生物学在2003年获批硕士。植物学由丁春帮领衔，丁也属于教学型的学者，在科研创新上建树稀缺；细胞生物学则由于师资不足，基本上处于空白状态。动物学、生理学、水生生物学、发育生物学、生态学、神经生物学、遗传学均是在2006年生物学一级学科硕士点获批之后设立的硕士点，基本上由兽医、畜牧、作物等学科方面的老师兼任，本身的学科水平一般，发展也并不快。
(12)补充学科：找不见真正的希望
上文所谈到的，是整个川农的王牌和优势学科。除了这些之外，川农还剩下除一级学科覆盖下的其余独立二级学科硕士点，这些学科基本上属于后来新兴的学科点，由于川农的院系结构进行了调整扩容，这些学科或将成为新的院所的支柱，更是院所得以立足乃至整个川农的未来所在。
拥有单个硕士点意味着某个学科具有一定的学术科研水平，具有一定的发展潜力。也是未来可能进一步发展为单个博士点的有时补充学科。除去自己设置和一级学科覆盖设置的硕士点，余下来的独立硕士点中间，有政法院的马克思主义理论下的马克主义中国化、思想政治教育硕士点；食品学院的食品科学与工程下的食品工程和农产品加工及贮藏工程硕士点；资环院的地理学下的自然地理科学硕士点；动科院的水产养殖学下的水产养殖；经济管理学院的行政管理下的土地资源管理硕士点、应用经济学下的产业经济学硕士点和工商管理学下的技术经济管理，一共9个。
在这9个硕士点当中，水产养殖在国内最具影响力，2003年获得硕士点，在09年教育部学科评估排名中，水产名列全国第八；其次是农产品加工及贮藏工程硕士点，2001年获得硕士点，拥有一个农产品贮藏与加工四川省级重点实验。其他学科水平一般，没有比较出彩的地方。
NO.1马克主义中国化
川农的马克思主义中国化起步很晚，2006年获批为硕士点，师资力量一直薄弱。评为硕士点后，殷焕举、高淑桃两位学科带头人逐步将学科思路理顺，基本界定了一个比较合理的目标，也就是注目马克思主义中国化与三农问题——实际上就是研究基层民主与执政。
后方玉媚、舒永久、李毅弘、赵晓霞、赵国友、颜怀坤均获得了带硕士研究生的资格，马克思主义中国化的学科队伍基本上稳定下来。但刚刚过去的院系调整再度将学科队伍形成的基本框架打乱，学科的建设需要再次重启。
NO.2思想政治教育
思想政治教育源自于思想政治工作，在学校副书记秦自强的领导下，2006年拿得硕士点，随后以党政、学工系统的师资组建了学科队伍。学生处何临春和党政办的庄天慧调到本方向招收硕士研究生，但水平和知名度均十分有限。
虽然庄被评为四川省学术与技术带头人后备人选，表面上看实现了师资的突破，但依旧是汤药不换。后心理学的欧居湖和马克思领域的付新禾转向思想政治教育招收硕士研究生，基本上稳定了学科的队伍，但发展情况十分严峻。
NO.3食品科学
川农的食品科学由著名学者陈一资开拓，她是四川省学术和技术带头人、全国动物检疫标准化委员、中国兽医食品卫生学会常务理事、四川省食品营养学会常务理事、四川省卫检学会理事。陈的接任者秦文是个很不错的研究者，为四川省学术和技术带头人后备人选、川农学术委员会成员，同时又是农产品贮藏与加工四川省级重点实验的主任。
食品科学的学术队伍相对稳定和纯正，除陈、秦外，另外一名正高邬应龙式中国魔芋协会会员、中国食品科技学会会员，水平也不错。此外，刘书亮也是四川省学术和技术带头人后备人选。食品学科总体发展较快。
NO.4农产品加工及贮藏工程
农产品加工及贮藏，是一个比较古老的专业了。川农的农产品加工及贮藏，可以追溯到上世纪30年代，川农开设殖边科，并开设食品的加工和贮运课程，为长途贩运提供技术支撑。农产品加工及贮藏工程发展较快，有一个省重点实验室。
虽然学科带头人蒲彪、李诚都还不是正高，但水平比较高，均是四川省学术和技术带头人后备人选。总体来看，院系调整之后，对于食品科学的发展是一件好事，食品科学与工程领域还是有希望在规划期内建设为一个博士点。
NO.5自然地理科学
川农的自然地理科学建立在气象与生态学系的基础上，其前身是，成立于1948年的农业气象教研室。