FAST/APPROXIMATE模式的序列比较参数
这种同源性评分是由一种快速粗略的通用比较方法计算得来的 方法用以快速获得序列比较结果
1 只计算准确配对的部分 k-tuples
2 只计算最佳配对的情况
它包括4项参数
有两种
K-TUPLE SIZE 这是默认的准确配对的片段长度 增加这一数值可以提高运行速度 对 于蛋白序列最大值为2 减少这一数值则可以增加灵敏度 对于较长的 对于 DNA最大值为4 序列 例如大于1000字符 您可能需要增加默认值
GAP PENALTY 这是快速比较种每个空隙的罚分 影响不大
若非设定成很大的值
对比较的速度
TOP DIAGONALS 在一个虚拟的点划分分析法中 需要计算的在每个对角线上使用的k-
tuple配对数量 在比较中 只有最佳配对的情况才会被使用 由这项参数指定其数量 增加 这一数值可以提高运行速度 减少这一数值则可以增加灵敏度 多序列比较参数
这些参数控制最终的多序列比较 每个多序列比较包括多个双序列比较的过程 按照预定
顺序依次进行 相应的基本控制参数有两种空隙罚分 gap penalty 以及位置同源或替代的 权重系数 scores for various identical/nonidentical residues 1 和2 GAP PENALTY由菜单选项1和2控制
它们设定空隙以及空隙长度造成的罚分增加空隙罚分可以减少比较结果中空隙的数量
加空隙长度的罚分可以使空隙更短 末端的空隙不会被罚分
3 DELAY DIVERGENT SEQUENCES 打开这一选项将会先比较同源性高的序列 后
比较同源性较低的序列 该项数值即将特定同源性百分数设定为阀值 低于该同源性的序列将 会推迟比较 4 The TRANSITION WEIGHT 为碱基转换 A< >G或C < >T 即嘌呤之间和嘧啶之 间的替换 设定从0到1的权重系数 系数0意味将碱基转换看作一个完全的错配 系数1意味 将其看作一个完全的配对 对于远源序列 建议将其设置为0 而对于同源性较高的序列 将
这一系数适当增加会有好处
增
5 PROTEIN WEIGHT MATRIX 该 选 项 可 以 打 开 一 个 让 你 选 择 权 重 矩 阵 weight
matrices 的菜单 对于蛋白质分析默认的矩阵是由Jorja和Steven Henikoff 创建的BLOSUM 系列矩阵 请注意 是使用一系列矩阵 因为到底使用哪一个矩阵取决于序列之间的同源程度
进化差异不同所使用的矩阵也不同
6 DNA WEIGHT MATRIX 该选项打开一个菜单 选择一个 而不像蛋白分析那样是一
系列 核酸权重矩阵 默认的一个是BESTFIT用来比较核酸序列的矩阵
7 在权重矩阵中 如果您愿意 可以使用正值也可以使用负值
系统将默认使用正值 负值权重矩阵 选项MATRIX
蛋白序列空隙参数选项 PROTEIN GAP PARAMETERS
8
11
如果不使用NEGATIVE
可以打开一个菜单让您可
以设置蛋白序列比较结果的空隙罚分参数 该选项仅在蛋白序列比较中可用 更多信息
如果您想得到关于设置参数和ClustalW法则的更多信息 请从以下网址获取由原作者提供
的完整文件 www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalW/clustalw.html
序列翻译
激活序列
在GeneTank窗口的一个列表框内显示了原始序列以及由它翻译出的其他序列
产生翻译序列的机制如下
Translated DNA 从原始的蛋白序列推导DNA序列 由蛋白序列反推出的DNA 序列
注意 如果您多次翻译一段序列 忽略
或由原始DNA翻译出蛋白序列
再
只有最后一次的翻译结果才能被保留 而以前的翻译结果将被
Translated Protein 从原始DNA序列 DNA翻译而成蛋白序列 或原始蛋白序列翻译出
再由DNA序列反推出蛋白序列 推导DNA按钮
当前序列为原始或推导DNA时 该按钮不可用 当前序列为蛋白序列时 点击该按钮将会
激活一个Codon Table Selection窗口 您可以选择密码子列表和阅读框架 翻译结果中的多义 碱基请参照说明书的附录
可选操作
Translate > To DNA
翻译蛋白质按钮
当前序列为原始或推导蛋白序列时 该按钮不可用 当前序列为DNA序列时 点击该按钮
同样将会激活Codon Table Selection窗口 您可以选择密码子列表和阅读框架 如果原序列中 存在的多义碱基使密码子无法翻译成为蛋白残基 该残基位点会用*号代替
可选操作
Translate > To Protein
Edit Codon Table窗口
使用这一窗口 您可以创造新的密码子列表 删除或编辑已有的密码子列表 但PRIMER
PREMIER 提供的标准密码子列表是不能编辑的 使用 ADD 按钮创建新的密码子列表会
> 使用 Edit Codon Table Name对使用标准列表 并初始命名为 12 按钮则删除当前列表 话框可以编辑列表名称 使用 要改变某一密码子对应的氨 DELETE 基酸 只需要用鼠标将其拖放到相应位置就可以 点击密码子时鼠标指针会发生变化 提示您 正对其操作 任何拖放操作会改变两行内容 一行 即某种氨基酸 得到一个密码子的同时 另一行失去这个密码子 13 Primer 引物设计 Primer功能板块包括了设计引物的搜索引擎 软件包含了强大的自动搜索法则 只需要简 单的操作就可以得到合适的引物 PRIMER PREMIER 也提供了人工控制搜索引擎的方法 便 于根据您的特殊要求制定标准 输出的引物通过全面的即时分析工具计算出引物的多种参数和 二级结构 关键参数如Tm值 GC含量和自由能 G还能以图形显示 还有另一个窗口来显示 引物的比吸光度 activity 还可以将当前引物输 单位 nmoles/OD和ug/OD 及引物的分子量 入数据库打印或填写引物合成定购单 为设计用于定点突变的引物 该项功能板块也提供包括即使分析和限制性酶切位点分析的 引物编辑工具 您可以通过输入碱基或氨基酸残基来手动修改引物 为分析多对反应引物 如在复式及巢式PCR中 使用function菜单下Multiplex/Nested选项 您可以分析所有想用到的引物 软件提供将引物储 可以选择事先搜索的引物或手动添加引物 存到数据库的功能 也提供填写引物合成定购单的功能 定购单上会自动填入引物序列和其他 重要信息 Primer Premier 引物设计 窗口 Primer Premier 窗口是分析引物的关键 即点即选 Direct 引物设计 Select 引物性状列表和二级结构显示 具体介绍如下 Direct Select 即点即选 框 当您将鼠标指针移至该框中 指针将变为铅笔型 点击框中任何一处 会产生一条起始位 置最接近点选位置并与原序列互补的引物所有引物性状将即时更新 引物5 和3 末端也会标 记上以区分引物的扩增方向 如果点选一组序列比较结果 这使得您很容易知道引物 引物序列将依据保守序列来确定 与某一特定序列有哪些错配位点 在序列比较中应用即点即选功能 在利用高保守序列区域设计引物时 Primer Premier会在引物窗口显示序列比较 这样您 很容易知道引物与每一特定序列有哪些错配位点 点击序列任一地方将根据保守序列产生一条 引物并加以分析 引物也可以被编辑以便同某一特定序列匹配 这些可以用来设计针对等位基 因的引物 通过 View Majority or Minority 菜单选项可以切换显示多数倾向和少数分歧碱基 切换到显示少数分歧碱基可以看出哪些核苷酸不能很好的与所有序列匹配 Consensus 该项功能板块由以下部分组成 Preferences 参数设置 窗口 Primer Premier 引物设计 窗口 Edit Primer 引物编辑 窗口 Search Criteria 窗口 搜索标准 Search Parameter 搜索参数 窗口 Search Results 搜索结果 窗口 Multiplex/Nested Primer 复式及巢式PCR引物设计 窗口 Database 引物数据库 窗口 Synthesis Order Form 生成引物合成订单 Reports 结果报告 Graphs 图表 14 性状列表 这一列表显示了当前引物对的各种性状 您可以通过以下三种方式选择一对引物作为当前 引物对 Direct Select框 根据上述使用Direct Select的方法选择一条引物 切换到另一条互补链 选择反向引物 得到一对引物对 在Search Results 搜索结果 窗口里选择一对引物对 使用输出命令在数据库窗口里选择一对引物对. 注意 如果您想使用上述方法选择一条例如如正向引物而不是一对引物 反向引物来和新引物配对 您需要手动回复原来的 性状列表能自动更新正反引物的长度 起始位置 融链温度GC多 Tm 含量 GC% 义性 比吸光度 Optical Activity 单位ug/OD 长度条显示了 对于引物对来说 PCR产物的 长度 而PCR反应适宜的退火温度 各种引物性状计算公式请参阅附录A Ta Opt项显示了 二级结构 PRIMER PREMIER能即时分析引物二级结构 在左下的两排按钮可以想您显示发现了哪 些二级结构 而按下的按钮表明相邻的图框里显示的是何种二级结构 除了二级结构 图框里 也显示二级结构的自由能数值 G 单位kcal/mol 注意 如果有至少连续三个碱基配对 就会被认为能形成发卡 二聚体或错配之类的二级结构 在PRIMER PREMIER窗口内的图框里显示的是最稳定的二级结构 连续碱基配对用实线 就会给出当前二级结构的报告 您选 显示 而不连续碱基配对用虚线显示 按下按钮 All 择正向引物的发卡结构 并点击 All 就会显示以下内容 可能出现的二级结构按照稳定性大小自动排序 看到未显示的部分 除了上述功能 这一板块还具有激活以下功能的快捷按钮 Search Criteria 搜索参数 如果已经实施过搜索 窗口以及Edit Primer 引物编辑 搜索结果 窗口 Search Results 点击按钮可以使相应部分伴随引物对以图形显示 窗口 最稳定的一种排在最前 使用卷动条可以 15