Motif Analysis 基序分析
种常用基序的分析功能软件为您提供了包括约165 同时也提供工具让你您方便的添加其
他基序 通过从默认群组中选择或剔除基序 您可以创建一个新的群组使用 并作为当前群组
来进行基序分析 基序分析可以采用以下几种格式显示 列表 图谱或序列
这一功能板块有下列两个部分 Motif Analysis Window 基序分析窗口
Edit Window 编辑窗口
Motif Analysis 基序分析 窗口
PRIMER PREMIER 为您提供的基序分析功能包含约165种基序 您可以启用群组编辑从
All Motif 全部基序 中添加或删除一些基序作为当前使用的群组 Selected Motif 框显 示了当前使用的群组包含的基序 它是全部基序的子集 被用来做基序分析 可以用下述方法 来选择当前群组
从 All Motif 框中选择您想添加的基序 添加到当前群组中 对于windows或Power Mac 系统而言 在点击同时按住CTRL键即可选择多个基序 按住SHIFT 可以选择两 键同时点击
次点击之间范围内的所有基序 使用 按钮将选中的基序加入到当前群组 在 Selected Add
按钮可以从当前群组中剔除特定基序 Motif 框中选择基序并点击 Delete 同样在 All Motif
框中双击某个基序即为添加 在 Selected Motif 框中双击某个基序即为剔除
Motif Sites 基序位点 窗口
按钮可以打开 OK在Motif Analysis窗口点击Motif Sites窗口 可选显示方法有
Table 列表 基序序列和数量 以及在分析序列上的位置 以表格形式列出基序
Sequence 显示所有基序在分析序列上的位置 序列 Map 图谱 在其中使用竖线表示所有的基序的位点 以长条形式显示序列Motifs Absent 列出所有在序列上没有或不符合预设参数的基序 不存在的基序
数字框 您通过指定基序数量限制 来有选择的显示基序分析结果 例如您点选 4 出 现多于或等于5次的基序将不会被显示
注意 如果某个基序出现多于50次 将只显示前50个 其余的则被忽略
Edit Motif 基序编辑 窗口
使用菜单的File >Print 您可以打印以Table Sequence 或Motif Absent 形式的分析结果
想要在All Motif群组中修改某一种基序 选择该基序并点击 Edit 按钮 可以激活 Edit Motif
点击 Add 按 基序编辑 窗口 识别位点和基序说明都可以修改 在这里 基序的名称
钮可以激活新基序窗口 其名称和识别位点采用默认设置 点击 Delete 按钮则可删除选定
基序分析窗口 的基序 点击 按钮则保存所有修改并返回Motif Analysis Window OK
注意 您无需每次修改都点击 OK 按钮 软件能记住您这一次的所有修改 可以保存所有修改 而点击 Cancel按钮则放弃所有修改
点击 按钮 OK 26
Menu Commands 菜单命令
以下功能板块都有自己的主菜单
GeneTank 主菜单
Primer Premier 主菜单 Enzyme Results 主菜单 Motif Results 主菜单
GeneTank 主菜单
File
New Sequence 重新打开一个序列空白的GeneTank 窗口 Open Sequence 提示您使用一个文件来打开已有序列
Save 将当前序列保存为一个文件 无需经过Import Sequence 窗口确认序列起始位置 您就可以打开一个这样保存的文件
Save As 将当前序列另存为指定文件
Degenerate Bases 给出所有可用多义碱基的列表及其含义 Print 使用不同格式及组合进行打印 Quit 退出 PRIMER PREMIER 最近打开的四个文件列表 Edit
通常的剪切 cut 复制 copy 和粘贴 paste 选项 Preferences 让您选择软件种使用的各种参数File主菜单下 某些版本该选项在 View
Show Header 显示在 GeneTank窗口打开的当前序列的文件题头 Sense Strand 显示当前序列的正链 Anti-sense Strand 显示当前序列的负链
ds DNA 显示当前序列的双链 Grouping个碱基一组的显示方式 选择 3个碱基一组或10
5’ Seq no 5 端起始位置并重新排序 某些版本没有该选项 指定序列 捷按钮
但在窗口上有快
Search 注意 相应选项在Edit主菜单下 某些版本没有该主菜单
Find 从当前位置开始在序列中查找特定序列段 Find Next 在序列中查找特定序列段的下一个出现位置 Go To Position 将指针移动到序列的指定位置
Function
Primer Design 选择该功能即根据预设参数开始设计引物
Restriction Enzymes 即根据预设参数进行限制性内切酶分析
Motifs 即根据预设参数进行基序分析
Bias majority by 当某一碱基不保守时 倾向以哪一序列为准 Speaker 语音校读
这一主菜单下的选项 除了当前使用的功能外都可选
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Translate
To DNA 从当前蛋白序列反推DNA序列
To Protein 将当前DNA序列翻译为蛋白序列
Change Parameters 改变翻译的阅读框或密码子列表
Edit Codon Table 添加 删除或修改密码子列表
Window
这一主菜单列出除当前窗口外 已打开的所有窗口
选择其中一个将切换到对应窗口
Help
使用这一菜单查阅帮助文件 帮助文件中的信息与本说明大致一样 帮助以屏幕格式显示 并包含超链接 便于您快速转至相关主题 也可以使用搜索功能寻找主题
Primer 主菜单
File
Preferences 让您选择软件种使用的各种参数 Degenerate Bases 给出所有可用多义碱基的列表及其含义
Print 使用不同格式及组合进行打印 Quit 退出 PRIMER PREMIER Edit
Find 在序列中查找特定序列段 Find Next 在序列中查找特定序列段的下一个出现位置
Function
Search 打开 设定参数并开始搜索引物 Search Criteria window 搜索参数窗口
搜索结果窗 Search Results 如果已实施搜索 该选项将激活Search Results window
口
Edit Primer 您可以添加 删除和修改引物序列并进行即时分析 也可以将引物移动到下 一个最适合的错配位点
Multiplex/Nested 从搜索结果中选择相匹配的一组复式或巢式PCR引物 也可以添加或
删除新引物并放在已选择引物群组中分析 Database 添加 修改其中的引物的名称 对应链 序列及起始 删除或修改引物数据库位点 也可以生成引物合成订单 在以上菜单的分界线以下 还列出了另外三个功能板块 Report
Hairpin 显示所选的正向或反向引物的所有发卡结构 Dimer 显示所选的正向或反向引物的引物所有二聚体结构 False Priming 显示所选的正向或反向引物的所有错配位点 Internal Stability 绘出所选的正向或反向引物的内部稳定性图表
Optical Activity 显示引物的分子量及比吸光度 Hybridization Time 计算杂交时间 针对特定长度和浓度的引物 Graph
Melting Temp TmTm 图表 绘出全序列的引物 GC % 绘出全序列的引物 GC含量图表
Internal Stability 绘出五聚体的稳定性图表 单位Kcal/mol
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Window
参看Gene Tank相关说明
Help
参看Gene Tank相关说明
Enzyme Results 主菜单
File
Preferences 让您选择软件种使用的各种参数 Degenerate Bases 给出所有可用多义碱基的列表及其含义
Print 使用不同格式及组合进行打印 Quit 退出 PRIMER PREMIER Function
Primer Design 选择该功能即根据预设参数开始设计引物 Restriction Enzymes 即根据预设参数进行限制性内切酶分析 GeneTank 显示窗口 GeneTank Motifs 即根据预设参数进行基序分析 Window
参看Gene Tank相关说明
Help
参看Gene Tank相关说明
Motif 主菜单
File
Preferences 让您选择软件种使用的各种参数 Degenerate Bases 给出所有可用多义碱基的列表及其含义
Print 使用不同格式及组合进行打印 Quit 退出PRIMER PREMIER Function
Primer Design 选择该功能即根据预设参数开始设计引物
GeneTank 显示GeneTank 窗口 Restriction Enzymes 即根据预设参数进行限制性内切酶分析
Motifs 即根据预设参数进行基序分析 Window
参看Gene Tank相关说明 Help
参看Gene Tank相关说明
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附
附录 附录 附录 附录 附录 附录
A B C D E F
公式法则
多义碱基表
氨基酸缩写符号
软件上限
参考文献
系统要求
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录