的强免疫作用及稀土元素磁铁与顺磁性物质间的强磁性作用。mRNA的磁珠分离技术提取mRNA的原理主要为用生物素标记的Oligo(dT)与mRNA3'端的poly A退火形成杂交体,然后用带有亲和素(链菌素抗生物素)的顺磁磁珠洗涤并捕获杂交体,形成杂交体-磁珠复合体,最后用磁架将此复合体捕获,这样mRNA即可与其它形式的RNA相分开,进一步用无RNase无菌水洗涤,即可获得纯化的mRNA。
方法一:磁珠法提纯mRNA
一:仪器 水浴 离心机 取液器 分光光度计 二:试剂 mRNA 分离系统试剂盒, 异丙醇, 3MNaAC 三:磁珠法分离mRNA的原理图示如下:
四:操作
(一 )生物素标记的Oligo(dT)探针与mRNA的煺火
1:在DEPC处理过的1.5mlEppendof管中,加入0.2-1mg的总RNA和无RNase的水至终体积为0.5ml。 2:65℃加热10min
3:加入2μl生物素标记的Oligo(dT)探针和12μl的20〓SSC于RNA中轻轻混匀,室温放臵,逐渐冷却平衡至室温,此步操作一般需10min。 (二)亲和素顺磁磁珠(SA-PMPS)的冲洗
4:将SA-PMPS轻晃开后,放入磁性分离架中,使SA-PMPS集中于试管一则(约30秒), 小心去除上清(不用离心方法)用1.5ml0.5〓SSC漂洗SA-PMPS,用磁性分离架集中磁珠, 去除上清,漂洗3次。
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5:将漂洗过的SA-PMPS重新悬浮于0.2ml0.5〓SSC中。 杂交体的生成及漂洗
6:将上步\3\中褪火的生物素标记的Oligo(dT)探针,全部加到上步\管中,轻轻混匀,室温放臵10min。每隔2分钟轻轻混匀一次 7:用磁性分离架捕获磁珠,吸弃上清。
8:用0.3ml0.1〓SSC漂洗SA-PMPS,用磁性分离架集中磁珠,吸弃上清,漂洗4次。
(三)洗涤收集mRNA
9:将漂洗过的SA-PMPS重新悬浮于0.2mlDEPC水中。
10:用磁性分离架捕获磁珠,将洗脱的水相吸至一新管中。重复洗涤一次,吸取水相,两次水相合并(约0.25ml)
11:在洗脱液中加入0.1体积的NaAC,1体积的异丙醇,-20℃沉淀过夜,12000g 离心10min,75%乙醇洗沉淀,真空干燥。
12:提取mRNA质量的分光光度计检测,将所提mRAN分别在260,280nm比色,要求A:OD260%/ OD280%不小于2.0及40μg所提样品在OD260%的值为1 .
13:提取mRNA质量的电泳检测,在1%的变性胶上,EB染色后,mRNA应在0.5-8Kb间均匀着色,1.5-2Kb间着色较强。 方法二:亲和柱层析法提纯mRNA
该方法利用mRNA上的寡聚A可与较联寡聚T的纤维素柱在高盐下以碱基配对形式发生亲和吸附,而在低盐下,碱基配对能力破坏,吸附解除,而其他成分的RNA则不具该特性,因此在高盐下当RNA抽提样品流经该柱时,mRNA被挂在柱上,而其他RNA则随高盐溶液流出;当用低盐洗脱液洗柱时,mRNA随洗脱液流出。再用有机溶剂沉淀则可得纯化mRNA。 一:仪器,层析系统,其他同方法一 二:试剂,
柱材Oliga(dT)-纤维素
上样液:20mM Tris-HCL(pH 7.6) 0.5M NaCL
1mM EDTA (pH 8.0)
0.1% 十二烷基肌氨酸钠(SLS) 洗脱液:10mM Tris-HCL(pH 7.6) 1mM EDTA (pH 8.0) 0.05% SDS 三:操作
1:DEPC处理层析柱
2:0.1M NaOH处理Oliga(dT)-纤维素 3:用1〓上样液洗柱至pH< 8.0
4: 无菌水溶解RNA,65℃温浴5分钟后,迅速冷却至室温,加等体积2
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〓上样液,上样,分部收集。
5:1倍体积1〓上样液洗柱,分部收集。
6:OD260沉淀收集液,确定收集液的该值是否接近0,如该值仍很大,则上样液继续洗柱,直至该值接近0。
7:2-3倍柱床体积的洗脱液,洗柱,分部收集。 8:测定各收集管的OD260,将有吸光值的各管合并。 9:进行方法一的“11-13”步。
实验十二:cDNA文库构建技术-cDNA链的反转合成 构建cDNA文库是一种获得目标基因并进一步进行基因重组,基因克隆的重要方法,而在该文库构建中有mRNA 逆转录出cDNA是一步极为关键的操作。mRNA的逆转录主要由MMLV、AMV两种逆转录酶催化合成cDNA,在这个逆转录过程中,模板mRAN及逆转录酶是两个最重要的影响因素。对于mRNA来讲,一是丰度,二是纯度,丰度愈高,纯度越好,合成效率越好。在逆转录酶作用下,以Oligo(dT)或寡聚6核苷酸(随机)为引物,进行cDNA第一链的合成。而第二链的合成有自身引物合成,外加引物合成及臵换合成,本实验采用臵换合成法进行,即在RNaseH作用下,部分降解RNA,再用DNA多聚酶Ⅰ产生的DNA片段取代,以合成第二条链。
一:仪器:恒温水浴,离心机、电泳仪、电泳槽、紫外观测仪
二:试剂: cDNA合成试剂盒、饱和酚、氯仿/异丙醇、EDTA、乙醇、3M NaAC pH 5.2、TE缓冲液 三:操作
1:第一链的合成:
a:在灭菌的DEPC处理Eppondef管中,分别加入: 模板 样品mRNA 1μg
引物 (0.5μg/μl) 1μl (6碱基随机引物 或oligdt) 加水至 10μl b:70℃5-10分钟,冰浴冷却5分钟
c:在上管中,根据下表依次序分别加入 5〓第一链缓冲液 4μl 核酶抑制剂 40μ 40mM焦磷酸钠 2μl AMV反转录酶 20 μ 加水至 20μl d:敲打混合,离心后放于37℃或42℃60分钟。
e:反应完毕后,将反应管臵于冰浴。用于第二链合成。
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注:引物可为特异引物(构建特异文库)、olig0(dt)15引物或6核苷酸随机引物,但不同引物RT时温度不同,前两种在42℃下进行,而随机引物则在37℃下进行。 2:第二链的合成
a:第一链合成完毕后,直接进行第二链的合成。在第一链合成体系中分别加入 2.5〓第二链缓冲液 40μl, DNA聚合酶Ⅰ 23μ RNase H 0.8μ 加水至 100μl
b: 14-16℃下放臵2小时。(>3Kb时反应时间延长至3-4小时) c:70℃,10min,点动离心,臵于冰浴
d: 在样品管中加入T4DNA聚合酶2μ,37放臵10分钟。 e:加入 4μl 500mM的EDTA到该样品管中,然后臵于冰浴上. f: 等体积加入酚\\氯仿\\异戊醇抽上清,12000g,3min。
g: 上清液转移至一干净试管,加2V乙醇,1/10V乙酸钠,-20℃30min沉淀,12000g,15min收集沉淀,70%乙醇洗沉淀,干燥,TE复溶。
合成后的cDNA链既可经与一定的通用接头连接后,生成末端序列,也可通过一定的内切酶处理,形成一定序列的末端片断,然后(1)与未端有互补序列的λ臂-DNA连接,形成重组λ-DNA,再经体外包装形成完整λ噬菌体,经转染后,生成噬菌体cDNA文库.(2)与未端有互补序列的质粒载体连接,形成重组质粒DNA, 生成质粒cDNA文库。目前经常使用的一些载体已经商品化,商品化的λ载体主要有噬菌体左右臂、复制原点及启动序列构成,其在连接酶作用下,可直接于具相同末端序列的cDNA互补连接。cDNA末端序列的产生可通过1)可添加核苷酸后酶切;2)直接加商品接头而形成与相应噬菌体左右臂相互补的序列。不同载体有不同的末端序列,有不同的宿主菌,有不同的筛选方式,因此在进行文库包装时,一定要搞清楚这些情况,以有的放矢的进行工作.
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cDNA合成模式图
cDNA文库构建流程
实验十三-1:cDNA链的连接、包装及转染 一:仪器:同实验十二
二:试剂:EcoRⅠ连接子试剂盒 三:操作: 1:cDNA加接头反应 a:按下表准备反应体系
10〓缓冲液T4DNA连接酶 3μl BSA 3μl cDNA 2.5μl 连接子 1μl T4DNA连接酶 1μl
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