基因克隆
1. 查找目标基因的基本信息,查找相关文献,设计克隆基因方案。利用DNA处理软件和引物设计软件设计引物,将引物序列送公司合成,根据合成引物的退火温度确定PCR退火温度。
2. 查询该基因有表达的细胞株,培养细胞,采用Trizol法提取总RNA。 3. 反转录。
4. PCR:首先进行预实验,跑胶初步判断大小,摸索最佳退火温度和体系。然后进行回收目标片段。
5. 连接18T vector:载体和插入片段的比例为1:3。 6. 转化感受态细胞,筛选单克隆。
7. 挑取单克隆至1ml LB液体培养基(含抗生素)中,37℃,300rpm,约10~12 h,小抽并且进行酶切验证。
8. 测序:挑取酶切验证正确的阳性克隆送测序。
9. 根据测序结果,将测序正确的片段连接入真核表达载体。实验室有多种表达载体,根据需要选择。连接体系参考T4Ligase 说明书。
10. 连接产物转化感受态,挑选阳性克隆进一步酶切验证,挑取阳性克隆中抽质粒并纯化,瞬转真核细胞(根据课题的方向选择细胞株),Western Blot验证所构建的表达载体是否在该细胞株中表达。 11. 大抽,操作步骤详见说明书。
中抽质粒(基因克隆时酶切验证时所用方法)
1)6000 rpm,离心5 min(4℃),弃上清;
2)重复步骤1),收集3~4ml菌液至1个EP管中;
3)加入2.5 ml 预冷的solution Ⅰ,吹打混匀,充分悬浮细菌; 4)加入2.5 ml 现配的solution Ⅱ,轻柔颠倒几次,充分混匀 (solution Ⅱ配置:0.4 M NaOH:2% SDS=1:1);
5)加入3.5 ml预冷的solution Ⅲ,轻柔颠倒几次,充分混匀,中和裂解液的碱性;
6)冰浴10 min,使杂质充分沉淀;
7)12,000 rpm 离心10 min(4℃),轻轻吸取上清800 μl/管,转移至干净的1.5 ml离心管中;
8)加入2/3 体积的异丙醇(530 μl),混匀后冰浴5 min; 9) 12,000 rpm离心10 min,弃上清;
10)预冷的70% 乙醇溶液 750μl/管洗涤DNA沉淀,12,000 rpm离心10 min(4℃);
11)弃上清,晾干,每管加入30 μl TE(含20μlg/ml RNase),65 ℃,5 min;去除RNA;
12)将几管合并至一管,加等体积酚、氯仿混合液(成品),剧烈振荡10 s; 13) 12,000 rpm离心10 min,取上清;
14)加入1/10体积的3 M NaAc 和2倍体积的无水乙醇沉淀DNA,即1ml; 15)12,000 rpm 离心10 min,弃上清;
16)70% 乙醇水溶液洗涤DNA沉淀,12,000 rpm离心10 min,弃上清; 17)用适量ddH2O或者TE溶解DNA沉淀,得比较纯净的DNA,测浓度。
琼脂糖凝胶电泳
1) 2)
配制足量的电泳缓冲液(1xTAE 或0.5xTBE)用以灌满电泳槽或配制凝胶; 根据欲分离DNA片段的大小用电泳缓冲液配适宜浓度的琼脂糖溶液:准确称量琼脂糖干粉加到盛好电泳缓冲液的玻璃瓶中; 3) 4)
玻璃瓶松松盖住,沸水浴或微波炉内加热至琼脂糖溶化;
用隔离手套转移玻璃瓶到55℃箱内后,待溶化的凝胶稍冷却后加入EB,终浓度为0.5 ug/ml,轻轻旋转以充分混匀凝胶溶液; 5)
琼脂糖冷却时,用一合适的梳子形成加样孔,梳齿的位置应在托盘底面上0.5-1.0 mm,这样琼脂糖浇灌到托盘时将形成符合要求的加样孔; 6) 7) 8) 9)
浇灌温热的琼脂糖溶液进入模具;
让胶完全凝结,室温下30-45min,小心拔出梳子,将凝胶安放到电泳槽中; 向电泳槽中加入电泳缓冲液,刚好没过凝胶1 mm;
混合DNA样品和0.2倍体积的6xloading buffer,用微量移液器将样品混合液缓慢加至加样孔中;
10) 1关上电泳槽盖子,接好电极插头,设好电压和时间,按Run键,DNA应
向阳极移动;
11) 当DNA样品或染料在凝胶中迁移了足够距离时,关上电源、拔下插头和打
开电泳槽盖,取出胶放入凝胶成像仪中拍照。
RT-PCR
1)
根据所测的RNA的浓度,计算上样500 ng的RNA样品所需的体积,用DEPC 水补至5 ul,加入1 ul的6xloading buffer进行电泳:120V、15 min。
2) 根据所测的RNA的浓度,计算上样2 ug RNA样品所需的体积,用DEPC
水补至5 ul
随机引物 dNTP RNA 1 ul 4 ul 5 ul
65℃ 5min
5 x buffer Inhibitor RTase DEPC水
30℃ 10min 42℃ 50min 70℃ 15min 4℃ forever
4 ul 0.5 ul 1 ul 4.5 ul
PCR产物胶回收
1)
按照普通琼脂糖凝胶DNA回收试剂盒说明书步骤,制备含大加样孔的1%琼脂糖凝胶电泳,将PCR产物加入加样孔。 2)
电泳结束后,在320nm波长紫外灯下根据Marker指示快速切取目的片段,用纸巾转移至Ep管,秤取其重量。 3)
加入相应体积的溶胶液Buffer DE-A,水浴锅75℃加热至凝胶完全融化(约6-8min)。 4) 5) 6) 7) 8) 9)
加入Buffer DE-B,混合均匀。
将上步骤的所得液体加入DNA制备管中12,000×g离心1min,弃滤液。 加入500ul Buffer W1,12,000×g离心30s,弃滤液。 加700ul Buffer W2,12,000×g离心30s,弃滤液。
以同样的方法再用700ul Buffer W2洗涤一次,12,000×g离心1min。 将制备管置于洁净的1.5ml离心管,在制备膜中央加25-30ul Eluent Buffer,室温静置1min。12,000×g离心1min洗脱DNA。