不灭，是净法：无明妄念幻起生灭，是染法。两者截然不同，有区别，是“二”。但无明没有自性，依真如而起，是真如不变而随缘引起的，宛如大海水湿性不变而因风扬波，水之与波，互不相离：因而真如与无明，心真如门与心生灭门两者又是相即不离，“二而不二”的关系。
《起信论》以“一心二门”为中心层层展开它的哲学思辨，虽也继承、沿袭了以往佛教经论所习用的概念、范畴和命题，却讲出了许多富有独创性的新意。诸如，由“一心开二门”而对“如来藏”、“阿黎耶识”等所作的新的解释。说“依如来藏故有生灭心，所谓不生不灭与生灭和合，非一非异，名为阿黎耶识”。把人人皆有佛性具体化为“众生心总摄一切法”（“含融净、染”，既具足“净法”，也为一切“染法”所依），所以称为“如来藏”。这与传统将“如来藏”仅归结为清净佛性有所不同。至于“阿黎耶识”，更明确地区别于传统的唯识学所谓“虚妄唯识”（偏于把阿黎耶识作“杂染根本”，称为“染八识”）而肯定为“染、净同依”。据此，能更好说明真如法性受染随缘与沿流而返的“染、净互熏”义和“自信己身有真如法，发心修行”的证悟“成佛”义。 又如，由“染、净互熏”所显示的“觉”与“不觉”的双向运动。《起信论》把真如法性规定为“本觉”，而就“心体离念”的觉义，作了详细的分疏：“始觉”，是就“本觉”在无明位中的“自觉”而言，是“本觉”的自我复归的开始：
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就离念而复归“本觉”的程度不同又分：“不觉”、“相似觉”、“随分觉”、“究竟觉”等，从而凸显和完善化了“心性本觉”的义理，而与印度佛学传统的“心性本寂”的说法迥然有别。此外，《起信论》所立的“体用不二”义、“色心不二”义，以及“止观俱行、智悲双运”的修习法等，均有其别有会心、异于旧说之处。这种种独特创见，正是通过历次争论，特别是通过某些坚持旧说的贬评而得到显扬。
3、关于《起信论》思想在佛学发展中的历史定位，也基于历代褒贬各异的评论和互诤而得以逐步阐明。《起信论》继承了印度佛学中的如来藏系的思想而又有所发展和新的开拓，形成与中国传统哲学有所融通的中国化的大乘教义。一方面，中国化的大乘教义，诸如“真如缘起论”等，在印度如来藏系经论——如《大般涅盘经》、《胜鬘师子吼一乘大方便方广经》、《楞伽经》、《究竟一乘宝性论》中，也可以找到某些依据。但在印度，如来藏系没有发展成中观、唯识那样庞大、独立的学派，只是在一些观点上与中观、唯识都有歧异。而这些如来藏系经论在南北朝时期译介到中国，却受到特别重视和阐扬，进而发展成为与中观、唯识两派鼎立而三，并试图统会而超越之的独立体系。《起信论》就是这一理论体系的完成。
另一方面，《起信论》以其与中国传统哲学的会通而有新的开拓，故虽源于如来藏经论而又与印度如来藏思想迥然
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异趣。有的论者，经过深入考辨，指出《起信论》所讲的真如缘起之说，与《胜鬘》、《楞伽》等如来藏学说实有差异，因而判定《起信》之说，“圣教无征”。但《起信论》的早期研究者，却从判教的角度二日定了《起信论》思想属于如来藏系而给予了很高的评价。如元晓法师在《大乘起信论别记》中认为《起信论》的“性、相不二”思想超越了中观与瑜伽，而成为“群诤之评主”。
法藏在《大乘起信论义记》中，综述了印度中观、瑜伽二系的激烈论争，而以“会通”之法，“随教辨宗”，认定“现今东流一切经论，通大小乘，宗途有四”，除小乘诸部的：“随相法执宗”外，大乘软义可判为三宗：（一）“真空无相宗，即《般若》等经、《中观》等论所说是也”。（二）“唯识法相宗，即《解深密》等经、《瑜伽》等论所说是也”。（三）“如来藏缘起宗，即《楞伽》、《密严》等经，起信》、《宝陆》等论所说是也”。法藏特对“如来藏缘起宗”的理论给以肯定，许为“理事融通无碍说』。
此后，如明代的通润，在其所撰《大乘起信论续疏》中，继承法藏的判教思想，更将大乘教义判为三宗：“法相、破相与法性”而凸显了《起信论》所代表的法性宗，在佛学逻辑发展中超越空有的最高地位。其言曰：“宗法相者，谓真如不变，不许随缘，但说万法皆从识变而事事俱有，其弊也流而为常、为执着：宗破相者，谓缘生之法不入法性，故说
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三界唯是一心，而法法皆空，其弊也流而为断、为莽荡：宗法性者，谓真如为变随缘而能成一切法，故无法法俱空之弊：由真如随缘不变而能泯一切法，故无事事俱有之偏。此则空有迭彰，执荡双遗，故知即万法以显有者为妙有，离万法以显空者为真空，不即不离以显中者，即真空以显妙有，故虽空而不空，即妙有以显真空，故虽有而不有。然前之二宗，虽建立不同，各有妙旨，而马鸣总以一心九识统之，若鼎之三足，伊之三点。……此马鸣一论，尤为圆通无碍，独出无对者也。”此类评价，似乎褒扬过高。
及至近世，唯识独盛，一些论者基于唯识学立场，揭示了《起信论》与印度大乘佛学，乃至与印度如来藏系的思想差异，因而或认定“真如缘起之说出于《起信论》”：或把《起信论》斥为“梁陈小儿”所作的“伪论”。但另一些论者，为辩护《起信论》的理论价值，仍承继中国佛学判教理论的优势以确定其历史地位。如杨文会即肯定《起信论》具有兼宗性、相的特点：梁启超赞扬《起信论》“盖取佛教千余年间在印度、中国两地次第发展之大乘教理，会通其矛盾，撷集其菁英，以建设一圆融博大之新系统”。
太虚依教理分大乘佛法为三宗：法相唯识宗、法性空慧宗、法界圆觉宗。印顺继承太虚思路也分别称之为：虚妄唯识论、性空唯名论、真常唯心论。前二宗相当于印度的中观、瑜伽二派，而后者乃渊源于印度如来藏系思想而以《起信论》
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为完成标志之真如缘起论。这一中国化了的大乘教义，就这样通过争论而逐步确立了它在佛学发展中的历史定位。 走向世界
《大乘起信论》于公元六世纪在中国问世后，以其义理圆通，文字简洁，受到佛学界的高度重视，随即由元晓（公元六一七——六八六年）等高僧传入朝鲜，继之流传到日本，注家蜂起，蔚为汉文圈内最有影响的大乘佛法论着。 稍后，由唐玄奘译为梵文，远播五印度。此事被学风严谨的僧史家道宣郑重记入《续高僧传〃玄奘传》中，云：“又，以《起信》一论，文出马鸣，彼土诸僧思承其本，奘乃译唐为梵，通布五天。斯则法化之缘，东西互举。”道宣曾参加玄奘译场，所记当非妄语。日本学者笠臵贞庆（公元二五五——一二一三年）等人所撰《唯识论同学钞》中，则进一步地申说，实叉难陀的新译《起信论》，乃是依玄奘的梵译本重译的。此类记载，虽难确证，但当时中印文化学术正常交流，所谓“法化之缘，东西互举”，如鸠摩罗什、玄奘先后将《老子》译为梵文，传入印度。则玄奘将《起信论》“译唐为梵，通布五天”，并非全无可能：且此类传闻，更加表明《起信论》乃中国撰著，讬名马鸣，故本无梵本。玄奘译布《起信论》的历史功勋，实不应轻易抹煞。
《起信论》走向世界的传播，主要是通过朝鲜、日本的佛学界。如七世纪元晓将《起信论》传入朝鲜，给以疏解，
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