嘧啶环间的重迭面积在不同形式的排列中不同。
2.2.1.5 DNA双螺旋结构是动态的
在DNA双螺旋结构中，配对碱基之间的氢键处于连续不断的断裂和再生的动态平衡之中。
甲醛变性试验证明在DNA中各碱基上的氨基总是形成氢键的，而甲醛只能和自由氨基起反应。甲醛能和DNA的氨基起反应使DNA发生不可逆变性，是因为当碱基之间氢键断裂时，甲醛才有机会与氨基起反应。由于断裂的氢键又可能立即恢复，甲醛要与全部氨基起反应需经过相当长的时间。配对碱基间的氢键不但处于断裂和再生的平衡状态中，氢键上的氢原子还能和水发生交换，可用重水（3H2O）作溶剂得到证明。这进一步证明氢键的迅速地断裂和再生过程。特别是在富含A－T的节段更明显，经常发生瞬间的单链泡状结构，这对于某些特殊的蛋白质与DNA发生反应并阅读DNA链内部储藏的信息具有重要作用。
2.2.1.6 双螺旋结构的意义
① 确立了核酸作为信息分子的结构基础； ②提出了碱基配对是核酸复制、遗传信息传递的基本方式；
③确定了核酸是遗传的物质基础，为认识核酸与蛋白质的关系及其在生命中的作用奠定了基础。
DNA的二条链是一对互补的模板(亲本)，复制时两条链分开， 每条链都作为模板指导合成与自身互补的新链，最后从原有的两条链得到两对链而完成复制。
在严格碱基配对基础上的互补合成保证了复制的高度保真性。复制得到的每对链中只保留了一条亲链，称为半保留复制(semi-conservative replication)。
在满足二条链碱基互补的前提下，DNA的一级结构并不受限制。这一特征能很好的阐明DNA作为遗传信息载体在生物界的普遍意义。
实验证明半保留复制是生物体遗传信息传递的最基本方式。
2.2.2 DNA二级结构的多态性
DNA结构的研究手段主要是X射线衍射技术，它是通过间接观测多个DNA分子有关结构参数的平均值而获得的。1953年Watson和Crick提出的DNA右手双螺旋模型基本上相当于B型。
B型是用生理盐浓度的DNA溶液抽成纤维，在92％的相对湿度下进行x光衍射测定出来的。除了B构象外人们还发现了A构象、C构象、D构象和E构象等右手双螺旋构象以及左手双螺旋的Z构象。
2.2.2.1 A-DNA和B-DNA
B-构象最常见的DNA构象，大量的工作证明了在溶液中的DNA确实是采取B构象。细胞中含有大量的水分，据信细胞DNA也是主要采取B构象。然而，细胞并不是均一的溶液，而且细胞中的DNA常常与蛋白质紧密结合，在某些区域发生构象上的改变是完全有可能的。
DNA的结构是可变的。 在以钠、钾或铯作反离子，相对湿度为75％时，DNA分子的X-射线衍射图显示的是A-构象。A-构象不仅出现于脱水DNA中，还出现在RNA分子中的双螺旋区和DNA-RNA杂交分子和RNA-RNA双链中。
B-DNA与A-DNA的比较
DNA锂盐在相对湿度为66％，其构象为C-构象。这种构象仅在实验室中观察到。D构象和E构象仅适用于缺少G－C对的DNA分子，每圈螺旋的碱基对数分别为8和7.5。人工组建的poly(dA)、poly(dT)仍然是B构象，但其小沟明显变狭，这可能妨碍与组蛋白八聚体形成核小体结构。DNA的构象是可变的，在不同的条件下构象不同。但这些DNA都是右手双螺旋；这些螺旋中都有两个螺旋沟，分为大沟与小沟，只是它们的宽窄和深浅程度有所不同。
2.2.2.2 Z-DNA
Wang和Rich等在研究人工合成的d（CGCGCG）单晶的X-射线衍射图谱时，发现这种六聚体的构象不同于B-构象。它是左手双螺旋，在主链中各个磷酸根呈锯齿（Zigzag）状排列，因此称Z-构象。Z-构象中的重复单位是二核苷酸；Z-DNA只有一个螺旋沟，它相当于B构象中的小沟，它狭而深，大沟则不复存在。
B-DNA与Z-DNA的比较 ①Z-DNA的结构特点
糖磷酸骨架呈―之‖字形（Zigzag）走向。 Z-DNA的形成是DNA单链上出现嘌呤与嘧啶交替排列所成的。这种排列方式会造成核苷酸的糖苷键的顺式和反式构象的交替存在。
当碱基与糖构成反式结构时，它们之间离得远；而当它们成顺式时，就彼此接近。
嘧啶糖苷键通常是反式的，而嘌呤糖苷酸键既可成顺式的也可成反式的。
嘧啶的糖苷键不能采取顺式构象，是因为嘧啶的第2位酮基不允许顺式糖苷键的存在，否则距离太近，不符合立体化学原理。
在Z-DNA中嘌呤碱是顺式的。因此在Z-DNA中嘧啶的糖苷链离开小沟向外挑出，而嘌呤上的糖苷键则弯向小沟。嘌呤与嘧啶的交替排列就使得糖苷键也是顺式与反式交替排列，从而使Z-DNA主链P-G-P行经与转轴平行，而P-C-P的行经与主轴垂直而呈锯齿状或―Z‖字形。
左旋。因G的糖苷键呈顺式（syn），不仅使旋转方向发生改变。而且使G残基位于分子表面。
分子外形呈波形。这是由于碱基对向螺旋的外表面前移，中轴不再像B-DNA位于碱基对，而移向小沟。
虽然Z- DHA左手双螺旋-周有12个碱基对，但形式上只有6个重复单位，每个重复单位是两个碱基对。
Z-DNA与B-DNA连接处的结构，韩国人发表在2005年10月20日《nature》上。
②Z-DNA存在的条件
DNA分子中存在有Z-DNA区。而且有一些因素可以促使B-DNA转变为Z-DNA。