一段端粘序列和一个选择记号。
反应II：选用一种切割位点稀少的核酸内切限制酶，
对高分子量的真核基因组DNA作局部消化
↓
经过脉冲电场凝胶电泳或密度离心除去分子量小于200kb的DNA
↓
收集余下的大分子量的DNA片段(经纯化后与YAC臂连接)
反应Ⅲ：分离纯化的大分子量DNA片段与YAC臂连
接
↓
再经过一次脉冲电场凝胶电泳，把含有插入序列的YAC载体分离出来
↓
转化已去掉细胞壁的酵母细胞，即原生质球
↓
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应用存在于两臂上的选择基因，筛选含有YAC两臂的酵母克隆
(d) 大尺度物理图谱的构建——利用脉冲电场凝胶电泳技术，
将连锁标记的遗传图距转变为物理图距，这是基因定位克隆的一个重要步骤。
在遗传图中，分子标记间的距离即遗传图距是以厘摩(cM)为单位表示，它是根据重组频率测算的。由于同一基因组中不同区段的重组率是不一样的，因此遗传图距是不能可靠地标示同一染色体DNA上不同基因间的物理距离。 正确的物理图谱，其分子标记间的物理图距是以核苷酸数目表示的。这种图谱现在可以应用PFGE法构建。通过测定携带分子标记的DNA限制片段的大小，便可计量出两个分子标记间的物理图距。
从原理上讲，构建全基因组物理图谱的过程是十分简单的：
分离大量的基因组克隆
↓
构建每个克隆的详细限制图
↓
鉴定出重叠的基因组克隆
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↓
构建全基因组的物理图谱
然而实际上要构建一个全基因组物理图却是相当困难的，尤其是对于那些具有大量重复DNA序列的超大型基因，其工作量更是可怕。以拟南芥菜基因组DNA长度为7×107bp计算，如果每个基因组克隆大小为40000bp，相邻克隆之间的重叠序列的平均长度为5000bp，那么要完全覆盖全部的染色体DNA，则至少需要分析2000个克隆。 但由于这些克隆之间并不会以最小的重叠序列长度平均分布的，所以事实上我们得筛选数千个克隆，才能够完成一个完整的拟南芥菜全基因组物理图谱(见图9-15)。
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