王伟奏孝廉来曹溪问候师。
秋八月，一年一度的纪念六祖慧能大师的祖师会结束之后，师派侍者前往省城感谢方伯吴。侍者临行时，师嘱咐说：“佛祖弘法，贵在时机因缘，如果因缘与时机不合，该依托什么来弘法呢？我这一阶段的事务已经完成了，我要回去了。”大家听了不知所措，都以为师所说的“回去”是指回归庐山。师作了《中秋无月有感》诗一首。重阳节后，师为侍者深光撰书《山居诗跋》，说：“老人家虽然懒动笔墨，怕的是一口气上不来，又要欠来生的债。你若仅仅当成诗句文字来看，那就太过辜负我的苦心了。”
冬十月初一日，弟子通炯从庐山来到曹溪，师详细询问了五乳寺常住僧众和庐山中各寺院长老高僧的情况，心里非常高兴。那天，弟子净泰请师作《自赞》一首，对自己的一生作了全面概括总结。初三日，少宰萧玄圃[pǔ]到曹溪山中来拜访，他们不停地交谈，连续谈了三昼夜，十分欢喜。萧公向师请求法语，师作了法语二则、诗三首送给他。初六日，萧公离开曹溪山，师嘱咐说：“国家和百姓都寄希望于您，希望您珍重自己的前途！”当时萧公想预订会晤之期，师说：“山僧我老了，即将离开这个世界。与您再次见面的机缘，应当在未来弥勒佛的龙华会上了。”与萧公分别之后，师回到方丈室中。初八日，师觉得微微不适，众人前来问候，师只说：“老人倦了，不是病了。”初九日，侍者请师用药，师不肯进药，说：“我要走了，药有什么用呢？”侍者广益听到这话很吃惊，问师说：“和尚如果有万一，有什么嘱托么？”师批评他说：“你侍候我也有几年了，如何还是这般见识？你们应该考虑的是生死事大，无常迅速，应当切实念佛。”广益又说：“和尚不给我们留下一句话，我们依据什么来遵行您的教导呢？”师说：“金口宣讲的法，尚且成为故纸，我说的话又有什么用呢？”就这样，师没有留下一个字。
十二日，这一天是师的生日，出家和在家的弟子们齐聚曹溪。韶阳知府张三星进山来，送来紫叵[pǒ]罗禅衣为和尚拜寿，师和张公整天坐在一起谈话。到了傍晚，张公才走出来。夜里，师三次叫侍者打水沐浴。第二天早上，师招呼侍者拿来张公所送的禅衣，披在身上向张
公道别。张公再次来到禅榻前，师说：“山僧要走了。多谢大护法的盛情！”张公说：“大师身体没问题。我是一方长官，也就是一方主人，一切都是我的本分。”师微笑合掌道谢。中午，张公告辞别去。师便招呼侍者取来净水漱口，说：“今天要截断葛藤了。”再次招呼打热水沐浴、换衣。大众围绕师念佛。师嘱咐说：“你们不要惊惶，要按照佛门制度，不要披麻戴孝，不要哭泣，要一心念佛。”正申时，师端身正坐，就这样圆寂了。当天夜里，曹溪上空光芒映天，鸟群悲哀地鸣叫着。僧俗二众悲伤哀哭，声震山谷。
师圆寂后三天，依然面色白晳，嘴唇红润，手足柔软，如入禅定一般。寺中派人向张公报告，张公随即派遣官员前来吊唁，封闭龛口。当时，萧公辞别登程才五天，还在雄州城内，听到消息，整天沉浸在悲哀之中。稍后他又仔细询问了师化去的前后因缘，转悲为喜，说：“大师是圣位之人，如果不是彻悟了生死之关，怎么可能做到这样！”随即撰写挽章，派人前来曹溪吊唁。又捐银百两，写信嘱托南雄州和韶州两州知府，为师建造影堂。
庐山五乳寺弟子们接到讣[fù]告，弟子福善等人遵照师的遗命，随即来到曹溪，准备扶送大师灵龛回归五乳寺，在师生前自己选定的地方修建塔墓。当时曹溪影堂已经建成，曹溪弟子们坚持要留师在曹溪。福善等人便向庐山青莲社中的吴太史、吴中丞、盛方伯、王孟夙、缪[miào]慕台等长官们报告，请他们专门写信给何武我总制、王善长知府，行文通知韶州府护送大师灵龛回归庐山，并发放邮符路费。大师的灵龛于天启五年乙丑正月二十一日登程，二月二十八日抵达庐山五乳峰法云寺。