分子生药学
对应，又可是部分对应。它们可以看成是同一性状的不同状态，是一个基本状态的变形，这样就形成了同源性假设。 同源性假设表现为一个变形系列，即相对原始的性状状态衍变为相对进化的状态。 外类群是位于所研究类群(内类群)下侧的类群(或谱支，即分支图上一分枝)，比内类群较早起源。 和外类群共有的性状确定为祖征；该类群存在而外类群不存在为衍征。 由于被子植物平行演化极为普遍，不论选取怎样的外类群，它也不可能在所有的性状上都处于原始状态，这样外类群对比原则就不会总得出正确结论。 作为外类群对比原则的补充，系统学家还提出其它方法，如选取很多外类群，以这些外类群中最常见的状态为祖征等。 从化石中可以发掘出真实的(时间的及形态的)生物演化系列，由此得出的假设较其他假设可靠。 在单系类群中，若一特定的性状状态仅见于较老的化石中，另外的见于较年轻的化石，则可推论前者为形态变形系列之祖征状态，而后者为衍征状态。 在地层上居间的化石中，如果发现了形态上过渡的中间类型，则形态变形系列假设就获得了强有力的支持。 如果不考虑时间的因素，古生物学资料完全可以看成是现存生物性状而进行外类群对比分析。 某一生物的幼年阶段类似于其他生物的成体时，说明第一种生物可能是由类似于第二种生物的祖先演化而来，即个体发育简短而迅速地重演系统发育。 生物发生律在动物学中取得了很大的成功，但在植物学研究中不适用。因为植物个体发育历史非常简单。个体发育中几乎得不出任何有意义的系统发育结论。 假定性状最常见的状态为原始状态。 如果对具体情况不作具体区分，普遍性原则很容易导致错误的结论。 在一个类群中确立一个原始类型并假定这个类型的所有特征都同时是原始的。 性状相关原则还可以表述为，如果某些性状稳定地相互联系出现，则当其中一个性状的极性得以确定，与之相关的性状极性也相应确定。 目前使用的分支系统学计算机程序主要有：Hennig 86、PAUP 4．0、和PHYLIP 3．4。PAUP 4．0是目前最受欢迎的一个程序 。 分支分析运算的结果可获得若干分支图，根据简约性原则可获得最佳分支图。 经过分支分析运算产生的分支图可以与分类系统之间建立对等关系，因为二者具有一致的逻辑结构。 由分支图转化为分类系统应遵循以下两个原则： 从一分支点产生的分支必须都包含在同一个类群中 同一分支点发出的所有分支门（即姐妹群)属于同一分类等级。 由于不知道真实的系统发育关系，对分支图可靠性的评价只能本身的结构特点，再根据一定的进化和统计学原则，判断什么样的数据及分支图的结构更可能较大地反映真实的系统发育。
评价整个分支图可靠性的标准是一致性指数(consistency index，CI)和保持性指数