分子生药学
与5.8S、5.8S与26S间的基因间区分别称为内转录间隔区ITS1和ITS2。 rDNA基因高度重复，以串联的方式排列于核染色体上，由于拷贝间足够快的一致进化，使核糖体RNA基因拷贝表现出高度的均一性。 在高等植物中，rDNA的编码区序列高度保守(不同纲、目间的同源率可达90％以上)，序列差异主要表现在ITS等非编码区上。 rDNA的编码区(18S、5.8S及26S)序列一般用于高级阶元的系统发育研究。 非编码区(ITS)序列常用于较低分类阶元的系统学研究。 18S基因编码核糖体小亚基的18S RNA，其序列长约1850bp。 18S序列适用于被子植物内高级分类水平()的系统发育研究。 由于不同类群间18S序列的变异程度有所差异，18S有时也可用于关系的重建。 18S~26S核糖体DNA的内转录间隔区被5.8S分为ITS1和ITS2，ITS可能是分子系统
学研究中应用最为广泛的序列之一。
ITS区在裸子植物中的变异复杂，仅ITS1区的长度变异可相差几kb，不适用于裸子植
物的分子系统学研究。
在被子植物中，ITS区既具有核苷酸序列的高度变异性又有长度上的保守性，很容易在
近缘类群间排序。而且丰富的变异可在较低的分类阶元上(如属间、种间)解决植物系统发育问题。
2．叶绿体基因组(cpDNA)
叶绿体基因组为闭环双链DNA。
长度一般为120～220 kb(多在120～160kb之间)。
长度变异主要由2个反向重复序列(IR)引起。这2个反向重复序列长约22～25 kb，将
整个cpDNA分为一个大单拷贝区(LSC)和一个小单拷贝区(SSC) 。
①基因组较小
②差异明显
③编码区和非编码区序列进化速率相差较大，适于不同分类阶元的系统发育研究。 （ ：用于远缘属间及科级以上分类群的研究。
用于科内、属间、甚至种间、种下关系的研究。
解决属下，特别是近代分化类群的系统关系。
适应于近缘科间、亚科间、族间或属间，但在大多数情况下，
这一区域的序列变化并不足以解决种间关系。
多用于科间，族间或属间
组间及种间
3．线粒体DNA（mtDNA）
线粒体DNA呈双链环状，不同生物体的mtDNA的大小也不同，植物的mtDNA比动物大得
多，而且植物之间大小的差异变异很大，但动物之间差异较小。
由于植物线粒体DNA重排率高而突变率低的特点，加之在植物组织中，mtDNA的拷贝数
低，难于提取与纯化，使其在植物系统学上的应用受到限制，但广泛应用于动物系统学及动物居群生物学研究。
植物分子系统学的最大贡献是它只用了近20年的时间就对过去200多年根据形态性状
建立起来的植物分类关系作了比较令人信服的评价。
分子系统学的快速发展，并不说明形态分类就不重要了。分子性状与形态性状所推导的
系统发育关系仍都建立在比较的基础上，如果要从更深层次上探讨植物的系统发育和进