分子生药学
(retention index，RI) 评价分支图中每一分支可靠性的指标称为靴带(bootstrap)分析。 选取39个性状进行极性分析，由于十字花科是由白花菜科演化而来，所以选择在形态
上相似的白花菜科醉蝶花为外类群，39个性状中拥有白花菜科特征的为祖征，不拥有白花菜科特征的为衍征。
祖征编码为0，衍征 编码分别为1，2 ，分别代表不同的演化程度。
药用植物分子系统学是分子生物学和药用植物系统学交叉形成的一门学科。
生物学的各种实验手段，获取各类分子性状，以探讨药用植物的分类、类群之间的系统发育关系以及进化的过程和机制。
生命是经过漫长的进化演变形成的复杂系统。 在生物进化过程中，大分子(蛋白质和DNA)演化(即随时间的变化)统称为分子进化。 的进化速率大致保持稳定。 的氨基酸或核苷酸替换的频率。 在植物细胞中，存在着核基因组(nDNA)、叶绿体基因组(cpDNA)和线粒体基因组(mt DNA) 。 （1）nDNA> cpDNA >mt DNA （2）非编码区序>编码区 （3）同一基因组内的各编码序列或非编码序列的进化速率不同 分子系统学的采样方法应有代表性，如果研究一个科的系统演化，应包括大多数的属（至少80%），其他同理。 （2直接选用） 所选片段太保守，序列都几乎相同，没有意义 所选片段变异太大，排序困难，不能产生强有力的支持率。 ①这个序列要足够长，具有足够的信息位点，且差异百分率在5％~l5％间最为合适，
这时既可使性状间的多次置换降至最低，又能提供足够数量的性状。
②此序列必须易于排序，这对性状同源性的正确评价是十分重要的。
③此序列必须是直系同源的。
提取DNA---PCR扩增---测序---序列比对
采用软件进行构建系统树。
早期分子系统学研究一般采用一个片段，现在多采用多片段。
常用的有核基因组、叶绿体基因组，线粒体基因组常用于动物的分子系统学研究。
1． 核基因组（nDNA）
植物分子系统学常用的核基因组序列主要是编码核糖体RNA的基因，它是高度重复序列
组成的多基因家族。
编码核糖体小亚基rRNA的18S基因与5.8S、26S基因共同构成一转录单位，其中18S