主要保护对象：中华鲟、白鲟、江豚、麋鹿、珍稀鸟类及其生境，水蕨、粗梗水蕨、芡实等珍稀湿地植物，以及湿地生态系统。
本区域包括华容县、南县全部，以及汉寿县、常德市辖区、澧县、安乡县、岳阳市辖区、岳阳县、汨罗市、沅江市、湘阴县、益阳市辖区的部分地区，总面积约9659平方公里。
该区域地势低平，由西北向东南微有倾斜，除赤山、明山、桃花山等几个岛状凸起外，海拔一般在30～35米之间，其间湖泊众多，河港纵横，四水三口沉积物联成宽广的湖积平原。
该区内生物资源丰富，保存着较为完整的湿地生态系统和结构。该区域淡水湿地面积1.878万平方公里，是长江中游最重要的调蓄区，在维护长江水系生态系统的健康、平衡和保护生物多样性具有独特的意义。该区域是全球重要的珍稀候鸟越冬地，是亚太地区唯一的、最大的小白额雁越冬区，也是该物种全球东部种群的全部，世界上近30%的罗纹鸭在该区越冬。
已记录的维管束植物900余种，其中湿地植物400余种，国家重点保护野生植物有水蕨、粗梗水蕨等。目前发现的脊椎动物共有432种，国家I级保护动物有中华鲟、白鲟、白鹤、白头鹤、白鹳、黑鹳、大鸨、中华秋沙鸭、白尾海雕等9种，国家II级保护动物有江豚、小天鹅、鸳鸯、白枕鹤、灰鹤、白额雁等37种，列入CITES公约附录59种，被列入国际“红皮书”指定保护的有39种。
区域内现有国家级自然保护区1处，即东洞庭湖国家级自然保护区；省级自然保护区5处，即湖南汉寿西洞庭湖自然保护区、湖南沅江南洞庭湖自然保护区，湖南湘阴横岭湖自然保护区、湖南华容集成麋鹿自然保护区、湖南临湘黄盖湖省级自然保护区。6处自然保护区总面积为445104公顷。到目前为止，区域内有3处湿地列入了国际重要湿地。区内有国家级水产种质资源保护区5处，即“南洞庭湖草龟中华鳖国家级水产种质资源保护区”、“南洞庭湖三角帆蚌银鱼国家级水产种质资源保护区”、“南洞庭湖大口鲶青虾中华鳖国家级水产种质资源保护区”、“东洞庭湖鲤鲫黄颡鱼国家级水产种质资源保护区”、“城陵矶铜鱼刀鲚国家级水产种质资源保护区”。
（三）湘南山地优先保护区域
7、桃源洞-八面山区域
主要保护对象：云豹、金钱豹、林麝、黄腹角雉、水鹿等珍稀动物，资源冷杉、银杉、南方红豆杉、伯乐树、华南五针松、福建柏、白豆杉等珍稀植物，以及森林生态系统。
本区域包括桂东县的全部，以及炎陵县、资兴市、汝城县的部分地区，总面积约6255平方公里。
该区域位于湖南省东南部，以罗霄山脉的武功山、万洋山和诸广山为主体，以纵谷脊岭为主的中山地貌。
该区域是湘江流域最重要的水源涵养区域，其中东江湖水库对湘江流域用水安全起着重要的调节作用。资源冷杉、银杉在本区资源最多。动物区系具有典型性和过渡性特点，国家重点保护野生动物种类多。
已记录的维管束植物2100多种，有国家重点保护野生植物74种，其中国家I级保护植物有资源冷杉、银杉、南方红豆杉、伯乐树、莼菜等5种，国家II级保护植物68种，汝城县南部有大量的华南植物区系成份渗入，植物区系价值重大；已记录的陆生脊椎动物212种，有国家重点保护野生动物29种，其中国家I级保护动物有云豹、金钱豹、林麝、黄腹角雉等4种，国家II级保护动物有25种，列入CITES附录19种。
区域内现有国家级自然保护区2处，即炎陵桃源洞国家级自然保护区，桂东八面山国家级自然保护区；省级自然保护区1处，即湖南资兴顶寮自然保护区。3处自然保护区总面积为35713公顷。另有汝城县野生兰花自然保护点，面积8公顷。
8、莽山区域
主要保护对象：莽山烙铁头蛇、黄腹角雉、云豹、金钱豹、华南虎、梅花鹿等珍稀动物，南方红豆杉、伯乐树、马蹄参、华南五针松、福建柏等珍稀植物，以及南亚热带常绿阔叶林、中山针阔混交林生态系统。
本区域包括宜章县的部分地域，总面积约309平方公里。
该区域位于南岭山脉北麓，宜章县的南端，地形复杂，山峰尖削，沟壑纵横，境内的长乐河是珠江的发源地之一，森林覆盖率高，是湖南省重要的生物基因库和“天然动植物博物馆”之一。
该区域有地球同纬度地区保存最完好、最具代表性的亚热带湿润地区原生型常绿阔叶林地，同时是重要的生态旅游区。
已记录的维管束植物2659种，有22种是莽山特有植物或模式产地，国家I级保护植物有南方红豆杉、伯乐树、莼菜等3种，国家II级保护植物有华南五针松、长柄双花木、福建柏、半枫荷、金毛狗蕨等24种，特有物种多样性明显，特有植物有湖南杜鹃、大果安息香、莽山野桔、莽山绣球、莽山紫菀、莽山谷精草、细叶小蓬草、湖南水玉簪等22种；已记录的陆生脊椎动物326种，其中国家I级保护动物有黄腹角雉、云豹、金钱豹、华南虎、梅花鹿、蟒蛇等，国家II级保护动物有红面猴、穿山甲、小灵猫、水鹿、雕枭、虎纹蛙等26种，列入CITES附录54种，其中莽山角蟾、莽山烙铁头蛇、莽山后棱蛇为特有种，珍稀濒危种莽山烙铁头蛇为国家优先保护野生动物。
区域内现有国家级自然保护区1处，即湖南莽山国家级自然保护区，总面积为19833公顷。另有宜章县野生莼菜自然保护点，面积48公顷。
9、九嶷山区域
主要保护对象：林麝等珍稀动物，伯乐树、南方红豆杉、报春苣苔、白豆杉、黄连、福建柏等珍稀植物，以及大面积中山常绿阔叶林生态系统。
本区域包括宁远县、蓝山县、江华自治县、临武县、道县的部分地区，总面积约4369平方公里。
以九嶷山和萌诸岭为主体的周边区域，区内孤峰林立挺拔，呈现亚热带残遗峰林景观，该区域是湘江潇水和珠江支流的发源地。
该区域的九嶷山区域，保存了湖南南部最大的原生阔叶林片区，临武县南部也保存了较大面积的原生阔叶林，这些以常绿阔叶林为主体的原生林，极具保护价值，也是重要的水源涵养区域。动植物种类，有南岭山脉的典型性和代表性。
已记录的维管束植物2000多种，国家重点保护野生植物有伯乐树、南方红豆杉、报春苣苔、白豆杉、黄连、华南五针、松建柏等27种，其中国家I级保
护植物有南方红豆杉、伯乐树、报春苣苔 等3种；已记录的野生动物240多种，其中国家I级保护动物1种（林麝），国家II级保护动物有22种，“三有”保护动物161种。
区域内现有省级自然保护区1处，即湖南宁远九嶷山自然保护区；县级自然保护区2处，即湖南蓝山板塘自然保护区、湖南江华大龙山自然保护区。3处自然保护区总面积为26579公顷。
10、阳明山-都庞岭区域
主要保护对象：云豹、金钱豹、短尾猴、猕猴、穿山甲、水獭、大灵猫、小灵猫、林麝等珍稀动物，资源冷杉、南方红豆杉、伯乐树、长柄双花木、白豆杉、福建柏、黄杉、铁杉、长苞铁杉等珍稀植物，以及森林生态系统，野生稻及其原生境。
本区域包括江永县、道县、双牌县、宁远县、祁阳县、新田县、永州市零陵区、常宁市的部分地区，总面积约4913平方公里。
该区域地处南岭山地中部，由都庞岭和阳明山构成，处于我国中亚热带向南亚热带过渡地带。
该区域植被及森林生态系统保存较完整，拥有华中、华东、华南及滇黔桂等多种区系成分，珍稀保护动植物种类多、保护价值大，是湖南植物资源最丰富的地区之一和中亚热带向南亚热带过渡区的重要生物基因库。
已记录的维管束植物1949种，国家I级保护植物有资源冷杉、南方红豆杉、伯乐树、报春苣苔等4种，国家II级保护植物有福建柏、黄杉、长柄双花木、白豆杉、翅荚木、观光木等29种，本区有大量的地方特有种，华南热带性植物分布较多，石灰岩植被及种类富有特色；已记录的脊椎动物226种，其中，陆生脊椎动物202种，有国家重点保护野生动物21种，其中国家I级保护动物2 种，国家II级保护动物白鹇、红腹角雉、勺鸡、雕鸮、蛇雕等42种，湖南省重点保护动物76种。
区域内现有国家级自然保护区2处，即湖南阳明山国家级自然保护区、湖南都庞岭国家级自然保护区；省级自然保护区1处，即湖南江永源口自然保护区；县级自然保护区6处，即湖南祁阳大江自然保护区、湖南祁阳内下自然保护区、
湖南双牌泷泊自然保护区、湖南双牌水库水源自然保护区、湖南道县桥头黄枝油杉自然保护区、湖南道县牛路口自然保护区。9处自然保护区的总面积为60711公顷。
另有江永县野生稻自然保护点、道县野生柑桔自然保护点，面积104公顷。该区域江永县石江镇等地分布的野生稻，是国家农业部野生稻原生境保护点，其中野生稻原生境核心区3个，应加强野生稻及其原生环境的保护，扩繁种群数量。
（四）湘东、湘中山地丘陵优先保护区域 11、幕阜山-连云山区域
主要保护对象： 金钱豹、云豹、黄腹角雉、白颈长尾雉、草鸮、白鹇、大鲵、穿山甲、红腹角等珍稀动物，伯乐树、南方红豆杉、鹅掌楸、黄连、香果树等珍稀植物，以及森林生态系统。
本区域包括平江县、浏阳市的部分地域，总面积约3520平方公里。 该区域地处湘东北，属罗霄山脉北段，地貌类型主要是由侵蚀剥蚀构造形成的丘陵和山地为主，还有部分山地湿地，湿地环境独特。
已记录的高等植物1865种，国家I级保护植物有伯乐树、南方红豆杉等2种，国家II级保护植物有鹅掌楸、香果树、榉树、楠木等17种；已记录的野生动物300余种，国家I级保护动物有金钱豹、云豹、黄腹角雉、白颈长尾雉等4种，国家II级保护动物有草鸮、白鹇、大鲵、穿山甲、红腹角雉等44种，湖南省重点保护动物有棘胸蛙、豹鼠、竹鸡、野猪、鼬獾、红嘴相思鸟、华南兔、黄麂、豹猫等。
区域内现有省级自然保护区2处，即湖南平江幕阜山自然保护区、湖南浏阳大围山自然保护区，总面积为12953公顷。
12、衡山区域
主要保护对象： 穿山甲、林麝等珍稀动物，绒毛皂荚、南方红豆杉、伯乐树等珍稀植物，以中亚热带植被类型为主要保护对象的森林生态系统，名树古木。