基本项目（23项，COD除外）、表2的补充项目（5项）和表3的部分特定项目（前35项），共63项，每年进行一次水质全分析。地下水饮用水源每月监测《地下水质量标准》（GB/T 14848-93）中的23项，每年进行一次39项全分析。湖泊（水库）型饮用水水源应加测叶绿素a和透明度，开展湖泊（水库）富营养化状态评价。
保护区水质需满足相应标准。一级保护区的水质标准不得低于《地表水环境质量标准》（GB 3838-2002）Ⅱ类标准；二级保护区水质标准不得低于《地表水环境质量标准》（GB 3838-2002）III类标准，且应保证一级保护区的水质能满足规定的标准；地下水饮用水源水质达标限值为《地下水质量标准》（GB/T 14848-93）III类标准限值。
（2）水质预警
供水人口大于500万人的地表饮用水水源地，可在主要河段及支流入库处安装在线生物毒性预警监控设备，或利用敏感指示生物实现生物预警，全面监控水源地有毒有害物质的变化。
在一些重要的集中污水处理设施排口、废水总排口应设立预警断面（井），在常规人工监测、重点流域自动监测的基础上，根据流域的特征、污染物的类型适当增加预警监测指标，监控有毒有害物质。
地下水型饮用水水源应设置污染控制监测井。定期对污染控制井进行监测，提前预警风险源对地下水的污染。一旦发生污染，应采取相应措施，必要时停止取水。
（3）水质在线监测平台建设
在水源取水口或上游建立水质在线监测系统。水质在线监测系统应包括饮用水水源上游重点风险源的在线监控、水质自动监测及视频监控业务、跨界预警系统。水质在线监测指标不仅包括常规监测、生物综合毒性监测，还应包括特征污染物监测。
（4）监控能力配置
供水服务人口超过50万的集中式饮用水水源，应具备水质全分析能力，并配备生物毒性、自动在线监控设备和预警监控平台，供水服务人口低于50万的城镇水源，应每年完成一次全分析，并根据水源水质变化状况及周边污染源的风