生产有机肥、深度处理等方法，针对不同的养殖品种开展治理措施。猪和肉牛养殖可采取“干清粪+粪便生产有机肥+污水厌氧+好氧+深度处理”、“垫草垫料+生产有机肥”等，奶牛养殖可采取“干清粪+干粪生产有机肥+污水厌氧+好氧+深度处理”、“干清粪+干粪生产沼气+污水厌氧+好氧+深度处理”等方式，蛋鸡和肉鸡养殖可采用“干清粪+干粪生产有机肥”、“干清粪+干粪农田直接利用”等。
3、分散式生活污水
二级保护区内不得修建渗水的厕所、化粪池和渗水坑，现有公共设施应进行污水防渗处理，并应尽量远离取水口（井）。
应根据生活污水排放现状与特点、农村区域经济与社会条件，按照《农村生活污染防治技术政策》（环发〔2010〕20号）及有关要求，尽可能选取依托当地资源优势和已建环境基础设施、操作简便、运行维护费用低、辐射带动范围广的污水处理模式。
农村生活污水按照分区进行污水管网建设并收集，以稍大的村庄或邻近村庄的联合为宜，每个区域污水单独处理。污水分片收集后，采用地埋式等中小型污水处理设备、人工湿地或氧化塘等形式处理村庄污水。
4、农村生产生活固体废物
二级保护区内不应设立粪便、生活垃圾的收集、转运站，不应堆放医疗垃圾，不应设立有毒、有害化学物品仓库。
二级保护区内公共厕所应达到国家卫生厕所标准，与饮用水水源保持必要的安全卫生距离。水源保护区以外的粪便应实现无害化处理，防止污染水源。对无害化卫生厕所的粪便无害化处理效果进行抽样检测，粪大肠菌、蛔虫卵应符合现行国家标准《粪便无害化卫生标准》（GB7959-87）的规定。
遵循“减量化、资源化、无害化”的原则，倡导水源保护区内农村垃圾就地分类，综合利用，应按照“组保洁、村收集、镇转运、县处置”模式进行收集。对于厨余、瓜果皮、植物农作物残体等可降解有机类垃圾，可用作牲畜饲料，或进行堆肥处理；对于医疗废弃物、农药瓶、电池、电瓶等有毒有害或具有腐蚀性物品的垃圾，要严格按照有关规定进行妥善处理处置。
（三） 流动源治理
充分利用GPS等监控手段，加强对保护区内危险化学品运输的监管及流动源穿越保护区的监控。在水源一、二级保护区周边的附近路桥及管道周边建设导流