污染控制指对种植业、畜禽养殖业、农村生活污水、农村固体废物等的综合治理工程，其建设宜遵循系统、循环、平衡的原则并与生态修复工程相结合；流动源治理工程主要包括可能对水体造成威胁或污染的公路、铁路、船舶等交通要道进行管理和防护治理工程。
（一） 点源整治
1、排污口关闭
应全面取缔二级保护区内的所有工业及生活排污口。
2、生活污水截污工程
建设人工排污通道、污水截流管网等将污水引出保护区，纳入城镇污水管网集中收集和处理，达标排放。污水处理出水要求达到GB8978-1996“污水综合排放标准”一级标准。污水处理工艺单元一般采用：粗格栅及进水泵房、物化预处理、细格栅及曝气沉砂池、生化处理单元、二沉池、鼓风机房、深度处理单元、巴氏计量槽、加氯接触池、储泥池、污泥浓缩池、污泥浓缩脱水机房。
3、生活垃圾收集与处置
建设垃圾收集中转站、垃圾处置装置(填埋场、焚烧厂)、渗滤液处置设施、生活垃圾资源化利用设施。建设垃圾填埋场渗滤液收集系统、渗滤液中转运输装置及渗滤液处理系统。
（二） 面源污染控制
1、种植业
二级保护区内取缔集约化农作物种植，农作物种植面积应严格控制并大力发展有机农业，选用低毒农药和缓释肥，推广测土配方施肥技术。在农业生产中鼓励采用免耕、少耕、间套复种等保护性耕作技术，通过坑、塘、池等工程措施，减少径流冲刷和土壤流失，降低污染物进入水体中的概率。
有条件的地区采用退耕还林还草还湿、建设生态缓冲带等措施，有计划地停止耕种易造成水土流失或土地沙化的耕地，因地制宜地造林种草、建设生态缓冲带、恢复林草植被或开展人工湿地建设和生态恢复工程，并对其进行生态补偿。